More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3022 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3022  ABC transporter-related protein  100 
 
 
559 aa  1108    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0849  ABC transporter related protein  55.31 
 
 
529 aa  541  9.999999999999999e-153  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1372  ABC transporter, duplicated ATPase subunits  55.91 
 
 
537 aa  534  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0511609 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5239  ABC transporter related  55.31 
 
 
536 aa  535  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452847  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4624  putative ABC transporter ATP-binding protein  52.32 
 
 
509 aa  525  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0229376 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0274  ABC transporter related  55.49 
 
 
532 aa  521  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.154751  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0840  ABC transporter related  53.49 
 
 
572 aa  521  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1355  ABC transporter, ATP-binding protein  54.8 
 
 
511 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0765  ABC transporter  53.72 
 
 
534 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130828  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2025  ABC transporter related  53.07 
 
 
520 aa  496  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1706  ABC transporter related  53.07 
 
 
520 aa  497  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.76456 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1110  ABC transporter related  53.26 
 
 
520 aa  496  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.434413  normal  0.608996 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1164  ABC transporter  53.86 
 
 
511 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.345716  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4479  ABC transporter related  50.18 
 
 
516 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5652  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sugar/ribonucleotide)  50 
 
 
508 aa  482  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.027963  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6451  ABC transporter related  49.54 
 
 
516 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0328742 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1353  ABC transporter related protein  40.74 
 
 
516 aa  336  5.999999999999999e-91  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241589  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04900  ATPase component of uncharacterized ABC-type transporter  39.33 
 
 
532 aa  328  1.0000000000000001e-88  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1317  ABC transporter related  37.43 
 
 
525 aa  328  2.0000000000000001e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.522171 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0752  ABC transporter related  40.58 
 
 
551 aa  326  7e-88  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.971835  normal  0.0228656 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4192  ABC transporter related protein  39.12 
 
 
545 aa  324  3e-87  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4147  ABC transporter related  42.62 
 
 
524 aa  322  8e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08780  ABC transporter related  35.87 
 
 
513 aa  322  9.999999999999999e-87  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000334619  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3948  ABC transporter related  41.39 
 
 
504 aa  321  1.9999999999999998e-86  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00718752 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1634  ABC transporter related  37.05 
 
 
527 aa  319  7e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00487663 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2946  ABC transporter related  40.12 
 
 
527 aa  318  1e-85  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000498253 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0808  ABC transporter related  38.46 
 
 
604 aa  317  3e-85  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3151  ABC transporter related  39.45 
 
 
533 aa  317  5e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.304061 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1952  ABC transporter related  38.35 
 
 
505 aa  316  6e-85  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00677494 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25750  nucleoside ABC transporter ATP-binding protein  39.59 
 
 
522 aa  315  9.999999999999999e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.342553  normal  0.485424 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1177  ABC transporter related  37.03 
 
 
509 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1949  ABC transporter, ATP-binding protein  35.26 
 
 
507 aa  315  1.9999999999999998e-84  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.740579  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1021  ABC transporter related protein  40.7 
 
 
505 aa  315  1.9999999999999998e-84  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.728711 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1211  ABC transporter related  38.36 
 
 
524 aa  313  3.9999999999999997e-84  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000459128 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3238  ABC transporter related protein  36.82 
 
 
532 aa  312  1e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.083946  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1313  ABC transporter related  36.31 
 
 
534 aa  311  1e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.765078  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1153  ABC transporter related  33.33 
 
 
510 aa  311  2e-83  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2599  ABC transporter-like  34.42 
 
 
491 aa  311  2.9999999999999997e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.766453  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0756  ABC transporter related  34.14 
 
 
509 aa  310  2.9999999999999997e-83  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07930  nucleoside ABC transporter ATP-binding protein  36.33 
 
 
534 aa  310  4e-83  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0995  ABC transporter related protein  40.12 
 
 
534 aa  310  5e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1457  ABC transporter-like protein  40.37 
 
 
498 aa  308  1.0000000000000001e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2933  ABC transporter related  39.29 
 
 
509 aa  309  1.0000000000000001e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2069  ABC transporter related protein  36.84 
 
 
508 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1410  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  35.53 
 
 
510 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0297132  hitchhiker  0.00935726 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3652  ABC transporter related  37.82 
 
 
515 aa  307  3e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0156  ABC transporter related  39.47 
 
 
518 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2447  ABC transporter related  37.96 
 
 
533 aa  306  5.0000000000000004e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3101  ABC transporter related  37.96 
 
 
533 aa  306  6e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1138  ABC transporter related  36.55 
 
 
547 aa  306  7e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0633  ABC transporter related  36.55 
 
 
518 aa  305  1.0000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000912545 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3173  ABC transporter related  39.85 
 
 
512 aa  304  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.590502  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3889  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  35.15 
 
 
510 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.228489  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1791  ABC transporter related protein  37.11 
 
 
501 aa  304  3.0000000000000004e-81  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0245717  normal  0.194339 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4171  ABC transporter related  36.29 
 
 
503 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.339269  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2442  ABC transporter-related protein  34.83 
 
 
510 aa  303  6.000000000000001e-81  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0142053  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3550  ABC transporter, ATP-binding protein  35.03 
 
 
510 aa  302  1e-80  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0119888  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3337  ABC transporter related  36.47 
 
 
511 aa  301  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.700488 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3457  ABC transporter-related protein  38.59 
 
 
519 aa  302  1e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.244648 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0955  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  34.53 
 
 
511 aa  301  2e-80  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3532  ABC transporter, ATP-binding protein  35.03 
 
 
510 aa  301  2e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.664818  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21270  nucleoside ABC transporter ATP-binding protein  37.9 
 
 
523 aa  301  2e-80  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.255586  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3926  sugar ABC transporter ATP-binding protein  35.03 
 
 
510 aa  301  2e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0557636  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0825  ABC transporter related  37.5 
 
 
527 aa  301  2e-80  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.523889  normal  0.712495 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3176  ABC transporter related  36.36 
 
 
517 aa  301  2e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.111078  normal  0.67189 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3825  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  34.65 
 
 
510 aa  301  3e-80  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.37688  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3642  sugar ABC transporter ATP-binding protein  35.03 
 
 
508 aa  300  3e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3308  ABC transporter related  38.08 
 
 
509 aa  300  3e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.744533  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1781  ABC transporter related  33.89 
 
 
503 aa  300  3e-80  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000368661  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6358  ABC transporter related  37.89 
 
 
507 aa  301  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.189938  normal  0.105894 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3838  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  34.65 
 
 
510 aa  301  3e-80  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00178952  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2843  ribose import ATP-binding protein  37.57 
 
 
548 aa  300  4e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132709  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4459  ABC transporter related  35.73 
 
 
503 aa  300  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1607  ABC-type uncharacterized transport system, ATPase component  34.09 
 
 
528 aa  300  5e-80  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3051  ABC transporter related  36.53 
 
 
511 aa  300  6e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1407  ABC transporter related  33.58 
 
 
509 aa  299  7e-80  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00366651  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3095  ABC transporter related  35.51 
 
 
509 aa  299  8e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1947  ribose import ATP-binding protein  37.11 
 
 
514 aa  299  9e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0632394  hitchhiker  0.000243405 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3803  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  34.84 
 
 
510 aa  299  9e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000201894 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1063  ABC transporter-related protein  39.66 
 
 
512 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.83963  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3190  ABC transporter related  40.04 
 
 
514 aa  298  1e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.974403  normal  0.0223321 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5248  ABC transporter related  40.33 
 
 
542 aa  298  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3990  ABC transporter related  38.91 
 
 
530 aa  298  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.642016  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3268  ABC transporter related  33.4 
 
 
520 aa  298  2e-79  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00516012  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1066  ABC transporter related  39.66 
 
 
512 aa  298  2e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1452  ABC-type uncharacterized transport system, ATPase component  35.09 
 
 
506 aa  298  2e-79  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00705254  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5272  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sugar/ribonucleotide)  37.48 
 
 
506 aa  298  2e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.107055  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1668  ABC transporter-like protein  36.4 
 
 
529 aa  297  3e-79  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0834819  normal  0.0616705 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2173  sugar ATP binding ABC transporter protein  39.34 
 
 
508 aa  297  4e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.83271  normal  0.995047 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0527  ABC transporter related  36.76 
 
 
541 aa  296  6e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2768  ABC transporter related  33.65 
 
 
510 aa  296  6e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1976  ABC transporter related  38.31 
 
 
516 aa  296  7e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1416  ABC transporter related  36.25 
 
 
551 aa  295  1e-78  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.168356  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4427  ABC transporter related  39.21 
 
 
567 aa  295  1e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348949  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1374  ABC transporter related  37.57 
 
 
533 aa  295  2e-78  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.534066 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0749  ABC transporter related protein  32.96 
 
 
502 aa  295  2e-78  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00961204  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2176  ABC transporter related  34.64 
 
 
509 aa  293  5e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0673  ABC transporter  38.14 
 
 
517 aa  293  6e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.918882  normal  0.379725 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0037  ABC transporter, ATP-binding protein  33.77 
 
 
535 aa  293  7e-78  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1005  ABC transporter, ATPase subunit  38.92 
 
 
512 aa  293  8e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>