More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3004 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0883  integrase catalytic region  100 
 
 
326 aa  671    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1557  integrase catalytic region  100 
 
 
326 aa  671    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3005  integrase catalytic region  100 
 
 
326 aa  671    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3004  integrase catalytic region  100 
 
 
326 aa  671    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0052  putative transposase  75.46 
 
 
340 aa  504  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6282  integrase catalytic subunit  72.38 
 
 
339 aa  474  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2842  integrase catalytic subunit  72.38 
 
 
339 aa  474  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4004  transposase for insertion sequence element IS1086  72.38 
 
 
339 aa  474  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2157  integrase catalytic subunit  59.35 
 
 
342 aa  372  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.100699  normal  0.0600961 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1529  integrase catalytic subunit  55.59 
 
 
342 aa  363  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.016356  hitchhiker  0.00474191 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1592  integrase catalytic subunit  55.59 
 
 
342 aa  363  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00550293  normal  0.214322 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2382  integrase catalytic subunit  55.59 
 
 
342 aa  363  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000024142  hitchhiker  0.0000200818 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4122  transposase IS1088  55.59 
 
 
342 aa  363  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.618296  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4207  transposase IS1088  55.59 
 
 
342 aa  363  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.302839  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4418  transposase IS1088  55.59 
 
 
342 aa  363  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182446  normal  0.486351 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4463  transposase IS1088  55.59 
 
 
342 aa  363  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.985118  normal  0.0492126 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5718  transposase IS1088  55.59 
 
 
342 aa  363  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5755  transposase IS1088  55.59 
 
 
342 aa  363  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.335377  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3640  integrase  56.57 
 
 
343 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0939  Integrase catalytic region  59.03 
 
 
342 aa  355  5.999999999999999e-97  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.993128  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4339  integrase catalytic subunit  59.35 
 
 
342 aa  353  2e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3055  Integrase catalytic region  54.97 
 
 
356 aa  347  1e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3165  Integrase catalytic region  54.97 
 
 
356 aa  347  1e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1990  integrase catalytic region  52.83 
 
 
339 aa  316  4e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.653928 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5954  transposase ISRme10  50.64 
 
 
336 aa  301  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0246651 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4210  integrase  50.33 
 
 
326 aa  293  3e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22920  transposase, IS30 family  50.65 
 
 
385 aa  286  2e-76  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.200558 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1276  integrase catalytic subunit  49.23 
 
 
343 aa  286  2.9999999999999996e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15120  transposase, IS30 family  50.65 
 
 
385 aa  286  5e-76  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0851499  normal  0.892726 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1270  IS30 family transposase  46.86 
 
 
423 aa  271  1e-71  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0058  IS30 family transposase  46.86 
 
 
423 aa  271  1e-71  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0255  IS30 family transposase  46.86 
 
 
423 aa  271  1e-71  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.455504  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0508  IS30 family transposase  46.86 
 
 
423 aa  271  1e-71  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0560  IS30 family transposase  46.86 
 
 
423 aa  271  1e-71  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.404036  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3459  Integrase catalytic region  47.27 
 
 
457 aa  265  5e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00200761  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3879  Integrase catalytic region  47.27 
 
 
457 aa  266  5e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2955  Integrase catalytic region  47.27 
 
 
457 aa  265  5e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0298669  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4088  Integrase catalytic region  47.27 
 
 
457 aa  265  5e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4055  Integrase catalytic region  47.27 
 
 
457 aa  265  5e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2697  Integrase catalytic region  47.27 
 
 
457 aa  265  5e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1540  Integrase catalytic region  47.27 
 
 
457 aa  265  5e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.790818  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1947  Integrase catalytic region  47.27 
 
 
457 aa  265  5e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.666461  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1842  Integrase catalytic region  47.27 
 
 
457 aa  265  5e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.112569  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1134  Integrase catalytic region  47.27 
 
 
457 aa  265  5e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.34752  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4467  integrase catalytic region  44.8 
 
 
466 aa  259  3e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03433  ISXoo15 transposase  46.28 
 
 
315 aa  259  3e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3059  integrase catalytic subunit  44.3 
 
 
342 aa  256  5e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0490355 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3475  hypothetical protein  43.98 
 
 
402 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.214234 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3368  integrase catalytic region  45.23 
 
 
466 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3807  integrase catalytic region  45.23 
 
 
466 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.123497  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2900  integrase catalytic region  45.23 
 
 
466 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1496  integrase catalytic region  45.23 
 
 
466 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1446  integrase catalytic region  45.23 
 
 
466 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4011  integrase catalytic region  45.23 
 
 
466 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2801  integrase catalytic region  45.23 
 
 
466 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0582  integrase catalytic region  45.23 
 
 
466 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00633094 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4006  integrase catalytic region  45.23 
 
 
466 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6732  integrase catalytic region  45.23 
 
 
466 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1723  integrase catalytic region  45.23 
 
 
466 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5592  integrase catalytic region  45.23 
 
 
466 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6913  integrase catalytic region  45.23 
 
 
466 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2519  integrase catalytic region  45.23 
 
 
481 aa  252  7e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.352374  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2765  integrase catalytic subunit  43.97 
 
 
386 aa  251  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.936307  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0065  integrase catalytic subunit  40.75 
 
 
479 aa  248  7e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0573  integrase catalytic subunit  40.75 
 
 
479 aa  248  7e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2030  integrase catalytic subunit  40.75 
 
 
479 aa  248  7e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21080  transposase, IS30 family  40.27 
 
 
453 aa  246  4e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.656818  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4334  Fis family transcriptional regulator  45.69 
 
 
386 aa  245  8e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4666  integrase catalytic subunit  40.53 
 
 
474 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5430  integrase catalytic subunit  40.53 
 
 
414 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal  0.270049 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5505  integrase catalytic subunit  40.53 
 
 
474 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.334264  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5603  integrase catalytic subunit  40.53 
 
 
437 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.155715  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5827  integrase catalytic subunit  40.53 
 
 
437 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.382461 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5906  integrase catalytic subunit  40.53 
 
 
474 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.872405  normal  0.876149 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5986  integrase catalytic subunit  40.53 
 
 
437 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00996112 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_6004  integrase catalytic subunit  40.53 
 
 
437 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000366902 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1238  integrase catalytic subunit  47.35 
 
 
386 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20930  transpose, IS30 family  40.48 
 
 
480 aa  242  5e-63  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00500  transposase, IS30 family  40.48 
 
 
480 aa  242  5e-63  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4203  integrase  43.04 
 
 
386 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6587  integrase catalytic region  45 
 
 
385 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1692  integrase catalytic subunit  43.04 
 
 
380 aa  238  1e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.204308  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3419  integrase catalytic region  44.59 
 
 
386 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0492382  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0907  Integrase catalytic region  42.54 
 
 
408 aa  237  2e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5361  Integrase catalytic region  45.33 
 
 
334 aa  237  2e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0690  Integrase catalytic region  46.58 
 
 
409 aa  237  2e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1754  integrase catalytic region  44.95 
 
 
386 aa  236  4e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.86382 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0859  Integrase catalytic region  45 
 
 
334 aa  236  6e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.54684 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4773  Integrase catalytic region  45 
 
 
334 aa  236  6e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1190  integrase  43.99 
 
 
386 aa  235  7e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.216917  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1433  integrase catalytic subunit  45.95 
 
 
386 aa  235  9e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3959  integrase catalytic subunit  45.95 
 
 
386 aa  235  9e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1836  integrase catalytic subunit  42.72 
 
 
380 aa  235  9e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100026  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0741  putative transposase IS30  44.41 
 
 
385 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.18405  normal  0.376382 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2225  integrase catalytic subunit  46.93 
 
 
370 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6641  integrase catalytic region  44.33 
 
 
385 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000123291 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4295  integrase catalytic subunit  43.97 
 
 
496 aa  232  8.000000000000001e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0160339  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4676  integrase catalytic subunit  43.97 
 
 
519 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.118167 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4037  integrase catalytic subunit  43.97 
 
 
519 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.389495  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4673  integrase catalytic subunit  43.97 
 
 
519 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.546671 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>