50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2770 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2770  putative transmembrane protein  100 
 
 
239 aa  447  1e-125  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226559 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3773  hypothetical protein  39.33 
 
 
225 aa  111  8.000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1939  hypothetical protein  36.4 
 
 
225 aa  100  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.172428  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1093  hypothetical protein  35.2 
 
 
239 aa  94.7  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1009  hypothetical protein  35.2 
 
 
239 aa  93.6  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2469  putative transmembrane protein  41.32 
 
 
229 aa  94  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.156508 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2784  hypothetical protein  36.36 
 
 
238 aa  84.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1209  hypothetical protein  37.27 
 
 
244 aa  79.7  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.86891  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1160  hypothetical protein  37.42 
 
 
197 aa  67.8  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2825  hypothetical protein  38.42 
 
 
230 aa  65.5  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00604868  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1532  hypothetical protein  33.19 
 
 
261 aa  65.5  0.0000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0945  hypothetical protein  32.43 
 
 
272 aa  58.2  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1473  hypothetical protein  32.43 
 
 
273 aa  58.2  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.068517  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2221  hypothetical protein  28.42 
 
 
230 aa  57  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.157963  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0932  hypothetical protein  29.31 
 
 
231 aa  55.8  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.748857  normal  0.699875 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1112  putative transmembrane protein  31.92 
 
 
247 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.75356  normal  0.859222 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02296  hypothetical protein  28.83 
 
 
225 aa  54.7  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2482  hypothetical protein  29.94 
 
 
221 aa  54.3  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0203  hypothetical protein  30.51 
 
 
230 aa  53.9  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2218  hypothetical protein  29.44 
 
 
230 aa  52.8  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003474  membrane protein  29.65 
 
 
225 aa  52.4  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.551919  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2418  hypothetical protein  27.87 
 
 
230 aa  51.2  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0165025  decreased coverage  0.000000160717 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1046  hypothetical protein  29.65 
 
 
224 aa  50.4  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.165842  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1992  hypothetical protein  27.57 
 
 
230 aa  50.1  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0778906  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1310  hypothetical protein  28.09 
 
 
235 aa  48.1  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2357  hypothetical protein  28.74 
 
 
234 aa  47.4  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1952  hypothetical protein  26.55 
 
 
230 aa  47.4  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1290  hypothetical protein  30 
 
 
274 aa  47.4  0.0002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1798  hypothetical protein  29.83 
 
 
230 aa  47  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.442592  normal  0.18393 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2114  hypothetical protein  28.16 
 
 
230 aa  46.6  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.141432  normal  0.255263 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0899  hypothetical protein  25 
 
 
221 aa  45.8  0.0005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1962  hypothetical protein  26.67 
 
 
230 aa  46.2  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00784562 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2013  hypothetical protein  26.67 
 
 
230 aa  46.2  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000381426 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1844  hypothetical protein  25.14 
 
 
230 aa  45.4  0.0008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.106534  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0675  hypothetical protein  29.71 
 
 
226 aa  45.4  0.0008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2017  hypothetical protein  25.56 
 
 
229 aa  45.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0771  hypothetical protein  30.73 
 
 
344 aa  44.7  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000418366  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1205  hypothetical protein  31.88 
 
 
247 aa  45.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.50447  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2119  heavy metal transport/detoxification protein  24.45 
 
 
621 aa  45.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2066  integral membrane protein  29.38 
 
 
220 aa  45.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2221  hypothetical protein  26.67 
 
 
235 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000192671  normal  0.249817 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4494  hypothetical protein  27.12 
 
 
230 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2208  hypothetical protein  27.12 
 
 
230 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0224679  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1570  membrane protein  24.7 
 
 
224 aa  43.1  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.403322  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2213  hypothetical protein  26.59 
 
 
230 aa  43.1  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.113796  normal  0.262784 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2163  hypothetical protein  26.59 
 
 
230 aa  43.1  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.434143  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2033  transmembrane protein  30.1 
 
 
251 aa  42.4  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1290  hypothetical protein  32.5 
 
 
236 aa  42.4  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02062  integral membrane protein  31.11 
 
 
219 aa  42  0.008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.157996  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2036  hypothetical protein  29.6 
 
 
255 aa  42  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.424115 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>