176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2504 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0466  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  58.73 
 
 
608 aa  712    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.181434  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0450  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  59.22 
 
 
608 aa  718    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.307047  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5960  CBS domain-containing protein  62.37 
 
 
617 aa  722    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2504  CBS domain-containing protein  100 
 
 
612 aa  1241    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000127678 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0480  cyclic nucleotide-binding protein  63.24 
 
 
608 aa  793    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0537  CBS domain-containing protein  56.96 
 
 
609 aa  727    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.92 
 
 
603 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612784  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2622  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  38.76 
 
 
603 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2430  signal-transduction protein  45.95 
 
 
565 aa  400  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.15974  normal  0.429408 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0827  protein of unknown function DUF294 nucleotidyltransferase putative  35.19 
 
 
601 aa  380  1e-104  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000971693  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0634  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  37.52 
 
 
604 aa  374  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0507059  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5110  signal-transduction protein  43.48 
 
 
485 aa  372  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0046  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  36.62 
 
 
605 aa  343  4e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0438  signal-transduction protein  33.89 
 
 
647 aa  340  5e-92  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0873  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  36.03 
 
 
605 aa  338  1.9999999999999998e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.563434  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1119  signal-transduction protein  32.89 
 
 
615 aa  337  3.9999999999999995e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0392  nucleotidyltransferase  33.18 
 
 
652 aa  331  2e-89  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00832974 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1543  putative signal-transduction protein with CBS domains  30.63 
 
 
600 aa  329  1.0000000000000001e-88  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00292919  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2693  hypothetical protein  32.26 
 
 
607 aa  324  4e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00167  cyclic nucleotide binding protein  33.07 
 
 
608 aa  321  1.9999999999999998e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0554  signal-transduction protein  32.75 
 
 
681 aa  322  1.9999999999999998e-86  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000263735 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2831  putative nucleotidyltransferases  31.35 
 
 
610 aa  319  1e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22370  hypothetical protein  36.05 
 
 
599 aa  318  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000015085 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0046  CBS domain-containing protein  36.17 
 
 
605 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.689982  normal  0.0185592 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1892  hypothetical protein  35.89 
 
 
599 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1453  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.5 
 
 
604 aa  313  5.999999999999999e-84  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002201  predicted signal-transduction protein  32.12 
 
 
561 aa  292  1e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1809  putative signal-transduction protein with CBS domains  31.44 
 
 
478 aa  201  3e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3713  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  28.18 
 
 
613 aa  198  3e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000235103  unclonable  0.0000000288509 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2620  putative signal transduction protein with CBS domains  30.79 
 
 
480 aa  198  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0774627  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0837  cyclic nucleotide-binding protein  26.71 
 
 
629 aa  184  3e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1043  cyclic nucleotide-binding protein  26.53 
 
 
624 aa  184  3e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2504  cyclic nucleotide-binding protein  24.76 
 
 
628 aa  184  5.0000000000000004e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2052  cyclic nucleotide-binding protein  29.25 
 
 
663 aa  183  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.19282 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02457  hypothetical protein  25.4 
 
 
626 aa  181  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3824  CBS domain-containing protein  28.87 
 
 
605 aa  179  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00664828 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0267  cyclic nucleotide-binding protein  25.2 
 
 
625 aa  179  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3753  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  29.13 
 
 
601 aa  179  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.53341  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1022  cyclic nucleotide-binding protein  29.18 
 
 
613 aa  179  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1584  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  28.48 
 
 
606 aa  177  4e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0450512 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3836  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  28.8 
 
 
601 aa  177  6e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003608  Signal transduction protein  25.76 
 
 
626 aa  176  8e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3695  cyclic nucleotide-binding protein  28.96 
 
 
603 aa  176  9e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4338  CBS domain-containing protein  24.43 
 
 
618 aa  176  9e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0554  putative CBS domain and cyclic nucleotide- regulated nucleotidyltransferase  26.67 
 
 
637 aa  173  6.999999999999999e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3158  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.16 
 
 
596 aa  171  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.664732  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2007  CBS domain-containing protein  27.65 
 
 
623 aa  171  4e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.232416  decreased coverage  0.00139706 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0051  cyclic nucleotide-binding protein  26.66 
 
 
629 aa  171  5e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01888  hypothetical protein  24.29 
 
 
629 aa  170  6e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3932  CBS domain-containing protein  27.39 
 
 
623 aa  170  6e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.177243  normal  0.11098 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1025  cyclic nucleotide-binding protein  26.03 
 
 
645 aa  168  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003141  Signal transduction protein  25 
 
 
629 aa  167  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0967  nucleotidyltransferase  24.48 
 
 
641 aa  167  4e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.151654 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1751  cyclic nucleotide-binding protein  24.75 
 
 
615 aa  167  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0246988 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0822  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  27.21 
 
 
603 aa  167  5e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1811  cyclic nucleotide-binding protein  23.88 
 
 
625 aa  167  5e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0818  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  27.21 
 
 
603 aa  167  5.9999999999999996e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.410169  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1034  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  24.02 
 
 
660 aa  167  5.9999999999999996e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0124015 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2321  nucleotidyltransferase  24.16 
 
 
627 aa  166  9e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.477711  hitchhiker  0.00895935 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4702  cyclic nucleotide-binding/CBS:putative nucleotidyltransferase  24.44 
 
 
644 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3143  CBS domain-containing protein  25.6 
 
 
601 aa  166  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1296  hypothetical protein  25.4 
 
 
601 aa  165  2.0000000000000002e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.922257  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0770  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.07 
 
 
603 aa  165  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.461269  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4543  CBS domain-containing protein  25.2 
 
 
639 aa  165  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.661781  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1697  CBS domain-containing protein  25.75 
 
 
615 aa  165  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05910  cyclic nucleotide-binding protein  24.17 
 
 
645 aa  164  4.0000000000000004e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0914238  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2369  cyclic nucleotide-binding protein  23.98 
 
 
615 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00413273 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5185  cyclic nucleotide-binding (cNMP-bd) protein  24.6 
 
 
646 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.255954  normal  0.285696 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1576  cyclic nucleotide-binding protein  24.12 
 
 
620 aa  162  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132625 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1712  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  24.39 
 
 
615 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.76121  hitchhiker  0.00000133647 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0910  hypothetical protein  24.68 
 
 
637 aa  162  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.529281  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2672  signal-transduction protein  24.55 
 
 
615 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2751  CBS domain-containing protein  24.84 
 
 
615 aa  161  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0342062 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4097  CBS domain-containing protein  24.28 
 
 
643 aa  161  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2583  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  26.22 
 
 
648 aa  161  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2637  signal-transduction protein  24.55 
 
 
615 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2835  CBS domain-containing protein  24.35 
 
 
615 aa  159  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00609535 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1515  cyclic nucleotide-binding protein  24.08 
 
 
620 aa  158  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0149843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1582  cyclic nucleotide-binding protein  24.08 
 
 
620 aa  158  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0380043 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0100  putative cyclic nucleotide binding protein  23.87 
 
 
626 aa  158  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2357  cyclic nucleotide-binding protein  25.12 
 
 
615 aa  158  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0471  nucleotidyltransferase, putative  24.12 
 
 
622 aa  158  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0302  signal-transduction protein  25.77 
 
 
648 aa  157  6e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1394  putative signal-transduction protein with CBS domains  26.07 
 
 
485 aa  157  6e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.332611  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1548  cyclic nucleotide-binding protein  24.02 
 
 
615 aa  157  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3131  cyclic nucleotide-binding domain (cNMP-BD) protein  24.68 
 
 
633 aa  156  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1266  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  23.57 
 
 
649 aa  155  2.9999999999999998e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2113  putative CBS domain and cyclic nucleotide- regulated nucleotidyltransferase  24.29 
 
 
644 aa  154  4e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3274  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  27.95 
 
 
596 aa  154  4e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.877425  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1524  CBS domain-containing protein  25.65 
 
 
618 aa  154  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0629  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.51 
 
 
667 aa  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2856  CBS domain-containing protein  23.06 
 
 
620 aa  151  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0978  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.76 
 
 
635 aa  151  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.082367  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3667  cyclic nucleotide-binding protein  25.72 
 
 
606 aa  151  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.773951  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2228  cyclic nucleotide-binding protein  24.5 
 
 
606 aa  150  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.480608  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1304  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  23.32 
 
 
650 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.333083  normal  0.600467 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0575  signal transduction protein  24.22 
 
 
606 aa  148  3e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.513215  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0264  signal protein  25.45 
 
 
614 aa  148  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0380  CBS domain-containing protein  23.97 
 
 
645 aa  147  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.488205  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3348  putative nucleotidyltransferase  28.64 
 
 
646 aa  146  9e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.351645  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>