More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2467 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3137  extracellular solute-binding protein  78.24 
 
 
524 aa  809    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2467  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
523 aa  1061    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000299001 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  37.54 
 
 
371 aa  236  8e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  36.61 
 
 
364 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  34.93 
 
 
369 aa  231  2e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  35.39 
 
 
364 aa  231  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  35.99 
 
 
366 aa  231  3e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  35.44 
 
 
366 aa  228  3e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  37.09 
 
 
366 aa  227  4e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  36.99 
 
 
366 aa  227  5.0000000000000005e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0407  extracellular solute-binding protein family 1  37.16 
 
 
365 aa  226  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000173672 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  36.54 
 
 
366 aa  226  9e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  36.49 
 
 
369 aa  225  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  35.68 
 
 
387 aa  224  4e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  35.68 
 
 
387 aa  224  4e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  35.68 
 
 
387 aa  224  4e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  36.26 
 
 
366 aa  224  4e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  37.8 
 
 
401 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.56 
 
 
369 aa  223  8e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0935  extracellular solute-binding protein  36.26 
 
 
375 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.458503  normal  0.516167 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  38.1 
 
 
364 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1501  extracellular solute-binding protein  36.98 
 
 
371 aa  222  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  36.76 
 
 
371 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  35.44 
 
 
366 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  35.62 
 
 
366 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  35.44 
 
 
366 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.56 
 
 
369 aa  221  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  36.76 
 
 
375 aa  221  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  37.8 
 
 
364 aa  220  5e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  34.19 
 
 
367 aa  220  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4501  extracellular solute-binding protein family 1  35.07 
 
 
367 aa  219  7e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  35.16 
 
 
366 aa  219  7e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  37.8 
 
 
364 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  34.19 
 
 
367 aa  219  7e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  37.46 
 
 
364 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  37.87 
 
 
374 aa  219  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  35.16 
 
 
366 aa  219  1e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.28 
 
 
370 aa  218  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3516  putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein  35.88 
 
 
368 aa  218  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0677178  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  37.39 
 
 
365 aa  218  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.28 
 
 
369 aa  217  4e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  36.52 
 
 
362 aa  217  4e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.28 
 
 
369 aa  217  4e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.28 
 
 
369 aa  217  4e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  35.69 
 
 
362 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  33.61 
 
 
367 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4019  extracellular solute-binding protein  34.19 
 
 
367 aa  216  9e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.612389 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  35.05 
 
 
367 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2984  extracellular solute-binding protein  35.44 
 
 
362 aa  216  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.746343 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  35.29 
 
 
365 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  36.31 
 
 
371 aa  215  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2117  extracellular solute-binding protein  35.76 
 
 
365 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.428561  normal  0.337405 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4388  extracellular solute-binding protein family 1  33.9 
 
 
367 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  35.22 
 
 
365 aa  215  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.27 
 
 
369 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.99 
 
 
369 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  34.43 
 
 
365 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  34.6 
 
 
366 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  35.43 
 
 
366 aa  214  3.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  33.33 
 
 
367 aa  213  4.9999999999999996e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  35.34 
 
 
365 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  34.19 
 
 
370 aa  213  7.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  34.4 
 
 
370 aa  212  1e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  33.33 
 
 
367 aa  212  1e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.4 
 
 
370 aa  212  1e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.4 
 
 
370 aa  212  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.4 
 
 
370 aa  211  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2188  extracellular solute-binding protein  33.93 
 
 
367 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414153  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.41 
 
 
370 aa  211  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  34.4 
 
 
370 aa  211  2e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.4 
 
 
370 aa  211  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.4 
 
 
370 aa  212  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.4 
 
 
370 aa  211  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0375  extracellular solute-binding protein family 1  35.84 
 
 
365 aa  211  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00751674  decreased coverage  0.000421612 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  36.31 
 
 
363 aa  211  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.28 
 
 
369 aa  211  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2045  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 
367 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.76929  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2082  extracellular solute-binding protein  35.16 
 
 
370 aa  211  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.472813  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5390  extracellular solute-binding protein  34.52 
 
 
367 aa  210  5e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110702  normal  0.0735387 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4922  extracellular solute-binding protein  35.61 
 
 
365 aa  210  5e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3719  periplasmic polyamine-binding protein, putative  34.73 
 
 
367 aa  210  6e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0307875  normal  0.343759 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  34.1 
 
 
368 aa  209  8e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  34.52 
 
 
367 aa  209  8e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  0.0000795436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  34.52 
 
 
367 aa  209  8e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.82 
 
 
371 aa  209  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4671  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  34.08 
 
 
361 aa  209  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.728612  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.82 
 
 
371 aa  209  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.82 
 
 
371 aa  209  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03855  periplasmic polyamine binding protein  34.13 
 
 
353 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.82 
 
 
371 aa  209  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  33.23 
 
 
365 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  33.23 
 
 
365 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3360  extracellular solute-binding protein  35.33 
 
 
371 aa  208  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.421619  normal  0.0114368 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0386  periplasmic polyamine binding protein  34.82 
 
 
353 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2105  extracellular solute-binding protein  34.52 
 
 
371 aa  207  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.681994 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  35.01 
 
 
363 aa  207  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  33.06 
 
 
366 aa  207  4e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1241  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 
371 aa  206  6e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.447743  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  34.73 
 
 
363 aa  206  6e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.53 
 
 
371 aa  206  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>