More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2226 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_1925  ATP-dependent RNA helicase HrpA  43.47 
 
 		 1295 aa  1033    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1594  ATP-dependent RNA helicase HrpA  43.81 
 
 		 1300 aa  1035    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3840  ATP-dependent helicase HrpA  44.39 
 
 		 1301 aa  955    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0736  helicase, ATP dependent  35.53 
 
 		 1478 aa  749    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.336405  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1531  ATP-dependent helicase HrpA  61.81 
 
 		 1375 aa  1566    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0980  ATP-dependent helicase HrpA  40.29 
 
 		 1307 aa  669    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2430  ATP-dependent helicase HrpA  43 
 
 		 1295 aa  1038    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1911  ATP-dependent helicase HrpA  44.46 
 
 		 1291 aa  1070    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0589397  normal  0.0863094 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01368  ATP-dependent helicase  43.81 
 
 		 1281 aa  1035    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.957415  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2232  ATP-dependent helicase HrpA  43.89 
 
 		 1300 aa  1038    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.95685  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2595  ATP-dependent RNA helicase HrpA  44.04 
 
 		 1295 aa  1049    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4550  ATP-dependent helicase HrpA  66.06 
 
 		 1391 aa  1800    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331975 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4546  ATP-dependent helicase HrpA  44.61 
 
 		 1301 aa  972    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0497  ATP-dependent helicase HrpA  43.89 
 
 		 1316 aa  1005    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.663387  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1482  ATP-dependent helicase HrpA  45.93 
 
 		 1294 aa  1069    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.106212  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1251  ATP-dependent RNA helicase protein  60.03 
 
 		 1331 aa  1532    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.301256  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2243  ATP-dependent helicase HrpA  41.11 
 
 		 1375 aa  991    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1374  ATP-dependent helicase HrpA  75.29 
 
 		 1353 aa  2021    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1907  ATP-dependent helicase HrpA  44.2 
 
 		 1293 aa  1043    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2229  ATP-dependent helicase HrpA  44.43 
 
 		 1293 aa  1052    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4095  ATP-dependent helicase HrpA  44.17 
 
 		 1303 aa  1014    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2642  ATP-dependent helicase HrpA  61.73 
 
 		 1375 aa  1563    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.858126  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1750  ATP-dependent helicase HrpA  61.81 
 
 		 1375 aa  1566    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.31583  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0997  ATP-dependent RNA helicase HrpA  42.81 
 
 		 1309 aa  1022    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4053  ATP-dependent helicase HrpA  45.06 
 
 		 1301 aa  969    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.954122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1291  ATP-dependent helicase HrpA  39.18 
 
 		 1441 aa  719    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.723467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1388  ATP-dependent helicase HrpA  44.6 
 
 		 1312 aa  1013    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1940  ATP-dependent helicase HrpA  44.2 
 
 		 1293 aa  1041    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.359117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1759  ATP-dependent RNA helicase HrpA  43.89 
 
 		 1300 aa  1036    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000010565 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2683  ATP-dependent helicase HrpA  44.08 
 
 		 1291 aa  1052    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2245  ATP-dependent RNA helicase HrpA  43.81 
 
 		 1300 aa  1035    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.448406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3831  ATP-dependent helicase HrpA  44.14 
 
 		 1303 aa  1014    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.894143 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1049  ATP dependent DNA/RNA helicase  37.53 
 
 		 1423 aa  831    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.302189 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3426  ATP-dependent helicase HrpA  52.54 
 
 		 1329 aa  1347    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2317  ATP-dependent helicase HrpA  44.51 
 
 		 1324 aa  1020    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.704668  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2065  ATP-dependent helicase HrpA  59.9 
 
 		 1323 aa  1550    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.089901  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2008  ATP-dependent helicase HrpA  48.6 
 
 		 1275 aa  1175    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1815  ATP-dependent RNA helicase HrpA  43.47 
 
 		 1295 aa  1033    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.774398  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2776  ATP-dependent helicase HrpA  61.81 
 
 		 1375 aa  1560    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1301  ATP-dependent helicase HrpA  48.26 
 
 		 1281 aa  1180    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.144172  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1420  ATP-dependent helicase HrpA  45.11 
 
 		 1303 aa  1039    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170977  normal  0.854242 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1767  ATP-dependent helicase HrpA  44.02 
 
 		 1295 aa  1077    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1712  ATP-dependent helicase HrpA  45.42 
 
 		 1339 aa  1050    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5464  ATP-dependent helicase HrpA  60.49 
 
 		 1402 aa  1549    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.354164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1344  ATP-dependent helicase HrpA  44.61 
 
 		 1301 aa  975    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.291954 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3060  ATP-dependent helicase HrpA  61.81 
 
 		 1375 aa  1566    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0643813  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0950  ATP-dependent helicase HrpA  40.21 
 
 		 1342 aa  946    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1393  ATP-dependent helicase HrpA  46.38 
 
 		 1329 aa  1176    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1838  ATP-dependent helicase HrpA  61.74 
 
 		 1380 aa  1575    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00763421  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2698  ATP-dependent helicase HrpA  61.81 
 
 		 1375 aa  1561    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.897779  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3448  ATP-dependent helicase HrpA  41.48 
 
 		 1355 aa  926    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0350076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02501  ATP-dependent RNA helicase HrpA  42.63 
 
 		 1345 aa  1025    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0877  ATP-dependent helicase HrpA  67.62 
 
 		 1363 aa  1793    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0749842  normal  0.69744 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2106  ATP-dependent helicase HrpA  70.64 
 
 		 1298 aa  1857    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.426464  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1109  ATP-dependent helicase HrpA  44.12 
 
 		 1296 aa  1043    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2313  ATP-dependent helicase HrpA  67.78 
 
 		 1341 aa  1819    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2519  ATP-dependent helicase HrpA  41.87 
 
 		 1308 aa  996    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1212  ATP-dependent helicase HrpA  46.92 
 
 		 1376 aa  957    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2399  ATP-dependent helicase HrpA  67.07 
 
 		 1402 aa  1845    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1513  ATP-dependent helicase HrpA  61.6 
 
 		 1428 aa  1581    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667066  normal  0.224105 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1507  ATP-dependent helicase HrpA  44.2 
 
 		 1291 aa  1045    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1827  ATP-dependent helicase HrpA  44.75 
 
 		 1326 aa  1008    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.30937  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1469  ATP-dependent helicase HrpA  43.12 
 
 		 1325 aa  985    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3104  ATP-dependent helicase HrpA  40.86 
 
 		 1388 aa  832    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.623202  normal  0.0104399 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1419  ATP-dependent helicase HrpA  37.84 
 
 		 1421 aa  842    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.680764  normal  0.0419537 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2069  ATP-dependent helicase HrpA  59.33 
 
 		 1316 aa  1566    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1709  ATP-dependent helicase HrpA  44.49 
 
 		 1339 aa  1025    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220451 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2259  ATP-dependent helicase HrpA  61.81 
 
 		 1375 aa  1566    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5922  ATP-dependent helicase HrpA  61.53 
 
 		 1402 aa  1549    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2170  ATP-dependent helicase HrpA  41.33 
 
 		 1282 aa  963    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.299088  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5576  ATP-dependent helicase HrpA  41.75 
 
 		 1307 aa  903    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1496  ATP-dependent RNA helicase HrpA  43.89 
 
 		 1300 aa  1037    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1948  ATP-dependent RNA helicase HrpA  43.23 
 
 		 1300 aa  1017    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0992  ATP-dependent RNA helicase HrpA  41.54 
 
 		 1303 aa  1001    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2226  ATP-dependent helicase HrpA  100 
 
 		 1351 aa  2724    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0855777 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1839  ATP-dependent helicase HrpA  44.43 
 
 		 1293 aa  1053    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0262766 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2138  ATP-dependent helicase HrpA  44.35 
 
 		 1293 aa  1047    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.489982  hitchhiker  0.000558366 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1261  ATP-dependent helicase HrpA  50.54 
 
 		 1330 aa  1266    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.949394  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1627  ATP-dependent helicase HrpA  45.22 
 
 		 1341 aa  1071    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1447  ATP-dependent helicase HrpA  44.38 
 
 		 1291 aa  1078    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.236687  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2173  ATP-dependent helicase HrpA  61.3 
 
 		 1298 aa  1519    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.965299 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2192  ATP-dependent helicase HrpA  60.68 
 
 		 1222 aa  1425    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.861211  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21400  putative ATP-dependent helicase  44.92 
 
 		 1326 aa  1008    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2632  ATP-dependent helicase HrpA  40.87 
 
 		 1326 aa  954    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0107317  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2155  ATP-dependent helicase HrpA  61.53 
 
 		 1314 aa  1548    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2963  ATP-dependent helicase HrpA  41.74 
 
 		 1309 aa  789    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1511  ATP-dependent helicase HrpA  43.42 
 
 		 1338 aa  977    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.282156  normal  0.513944 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1883  ATP-dependent helicase HrpA  42.26 
 
 		 1305 aa  939    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.616216 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1933  ATP-dependent helicase HrpA  44.05 
 
 		 1293 aa  1043    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1897  ATP-dependent helicase HrpA  44.28 
 
 		 1293 aa  1050    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000161689 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1900  ATP-dependent helicase HrpA  44.43 
 
 		 1293 aa  1046    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1063  ATP-dependent helicase HrpA  43.04 
 
 		 1317 aa  920    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3692  ATP-dependent helicase HrpA  42.61 
 
 		 1282 aa  897    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.227256  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1619  ATP-dependent helicase HrpA  44.42 
 
 		 1289 aa  1053    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.752361  normal  0.176036 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1116  ATP-dependent helicase HrpA  61.88 
 
 		 1378 aa  1558    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.497244  normal  0.879417 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0995  ATP-dependent helicase HrpA  37.12 
 
 		 1438 aa  824    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000102149 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1101  ATP-dependent helicase HrpA  43.44 
 
 		 1296 aa  1055    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0458286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5766  ATP-dependent helicase HrpA  43.41 
 
 		 1310 aa  927    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.378502  normal  0.114253 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1592  ATP-dependent helicase HrpA  42.75 
 
 		 1312 aa  1007    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2556  ATP-dependent helicase HrpA  70.74 
 
 		 1341 aa  1854    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0904088  hitchhiker  0.00638433 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>