More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2214 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_1802  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  51.9 
 
 		 701 aa  712    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.310518  normal  0.710919 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4925  short chain dehydrogenase  51.62 
 
 		 707 aa  715    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000252534  normal  0.445415 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2214  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 707 aa  1452    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2532 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3572  short chain dehydrogenase  62.81 
 
 		 698 aa  878    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.375865  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5807  short chain dehydrogenase  63.97 
 
 		 698 aa  895    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.402593  normal  0.0411689 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4215  short chain dehydrogenase  52.36 
 
 		 713 aa  705    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.252283  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1724  short chain dehydrogenase  60.45 
 
 		 705 aa  764    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616533  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2592  short chain dehydrogenase  63.51 
 
 		 700 aa  876    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3884  short chain dehydrogenase  51.73 
 
 		 706 aa  686    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6708  short chain dehydrogenase  63.97 
 
 		 698 aa  911    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4610  short chain dehydrogenase  52.16 
 
 		 707 aa  733    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.11401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6264  short chain dehydrogenase  63.56 
 
 		 703 aa  908    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.340053  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0223  short chain dehydrogenase  63.65 
 
 		 699 aa  908    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133149  normal  0.171909 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2436  short chain dehydrogenase  63.68 
 
 		 700 aa  803    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2115  short chain dehydrogenase  76.46 
 
 		 702 aa  1033    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05820  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  46.92 
 
 		 689 aa  599  1e-170  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0429  short chain dehydrogenase  47.73 
 
 		 680 aa  597  1e-169  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.683758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3316  short chain dehydrogenase  45.79 
 
 		 730 aa  580  1e-164  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193646 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3046  short chain dehydrogenase  46.65 
 
 		 676 aa  576  1.0000000000000001e-163  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.854691  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3106  short chain dehydrogenase  45.99 
 
 		 685 aa  575  1.0000000000000001e-163  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29640  short chain dehydrogenase  44.16 
 
 		 683 aa  572  1.0000000000000001e-162  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2454  short chain dehydrogenase  46.74 
 
 		 694 aa  574  1.0000000000000001e-162  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.86013  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3212  short chain dehydrogenase  42.11 
 
 		 689 aa  573  1.0000000000000001e-162  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1386  short chain dehydrogenase  45.55 
 
 		 691 aa  570  1e-161  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.88189  normal  0.0321561 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3454  short chain dehydrogenase  45.72 
 
 		 730 aa  570  1e-161  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.117557 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2731  short chain dehydrogenase  45.58 
 
 		 729 aa  571  1e-161  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.550366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4771  short chain dehydrogenase  44.77 
 
 		 677 aa  569  1e-161  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4390  short chain dehydrogenase  44.48 
 
 		 677 aa  567  1e-160  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0639544  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6711  short chain dehydrogenase  47 
 
 		 677 aa  568  1e-160  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.318577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4477  short chain dehydrogenase  44.48 
 
 		 677 aa  567  1e-160  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3625  short chain dehydrogenase  45.8 
 
 		 687 aa  564  1.0000000000000001e-159  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000228222  normal  0.0356352 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4672  short chain dehydrogenase  46.78 
 
 		 679 aa  564  1.0000000000000001e-159  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.174921  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3305  short chain dehydrogenase  44.61 
 
 		 680 aa  561  1e-158  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1303  short chain dehydrogenase  45.79 
 
 		 729 aa  558  1e-158  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.851428  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2381  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  46.33 
 
 		 677 aa  557  1e-157  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0887  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  45.59 
 
 		 684 aa  557  1e-157  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1679  short chain dehydrogenase  44.76 
 
 		 696 aa  558  1e-157  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.962871  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0705  short chain dehydrogenase  43.57 
 
 		 680 aa  550  1e-155  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2254  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  44.67 
 
 		 691 aa  547  1e-154  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000658882  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3704  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  44.41 
 
 		 678 aa  546  1e-154  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.701668 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2857  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  42.63 
 
 		 701 aa  524  1e-147  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.886438 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0694  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  42.34 
 
 		 726 aa  521  1e-146  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.180727  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4810  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  44.13 
 
 		 695 aa  501  1e-140  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2988  short chain dehydrogenase  44.01 
 
 		 700 aa  497  1e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1972  short chain dehydrogenase  32.67 
 
 		 705 aa  343  5e-93  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000839125  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1803  short chain dehydrogenase  33.29 
 
 		 705 aa  336  7e-91  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2003  short chain dehydrogenase  33.15 
 
 		 705 aa  331  3e-89  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1895  short chain dehydrogenase  34.16 
 
 		 698 aa  331  3e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.196702  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0195  short chain dehydrogenase  32.82 
 
 		 705 aa  330  6e-89  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2746  short chain dehydrogenase  32.53 
 
 		 705 aa  330  6e-89  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2009  short chain dehydrogenase  32.49 
 
 		 705 aa  326  1e-87  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.333883 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2336  short chain dehydrogenase  32.96 
 
 		 706 aa  318  1e-85  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.308198  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1642  short chain dehydrogenase  31.82 
 
 		 705 aa  318  3e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4827  short chain dehydrogenase  35.23 
 
 		 684 aa  313  9e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0410  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 		 701 aa  311  2.9999999999999997e-83  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1605  short chain dehydrogenase  31.77 
 
 		 690 aa  308  2.0000000000000002e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.043834 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4460  short chain dehydrogenase  32.79 
 
 		 657 aa  307  4.0000000000000004e-82  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.134448  normal  0.127863 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4397  short chain dehydrogenase  32.79 
 
 		 657 aa  307  4.0000000000000004e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2693  short chain dehydrogenase  32.47 
 
 		 682 aa  302  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1970  short chain dehydrogenase  31.4 
 
 		 653 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2413  short chain dehydrogenase  31.96 
 
 		 688 aa  284  3.0000000000000004e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2311  short chain dehydrogenase  31.67 
 
 		 688 aa  280  5e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3516  short chain dehydrogenase  31.62 
 
 		 664 aa  260  5.0000000000000005e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.390317  normal  0.0637754 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0401  short chain dehydrogenase  31.8 
 
 		 652 aa  245  1.9999999999999999e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25371  short chain dehydrogenase  31.22 
 
 		 715 aa  243  1e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.639467 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3743  short chain dehydrogenase  27.61 
 
 		 571 aa  196  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3145  short chain dehydrogenase  32.02 
 
 		 413 aa  192  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191553 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3499  short chain dehydrogenase  31.55 
 
 		 413 aa  190  8e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.110567  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.45 
 
 		 266 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  36.02 
 
 		 259 aa  141  3.9999999999999997e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1543  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.32 
 
 		 260 aa  134  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0422  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  35.09 
 
 		 265 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0026318  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4652  short chain dehydrogenase  39.62 
 
 		 264 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.0540489 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1573  short chain dehydrogenase  37.66 
 
 		 257 aa  131  4.0000000000000003e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0631529  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3420  short chain dehydrogenase  35.63 
 
 		 256 aa  131  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0769277  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3287  short chain dehydrogenase  35.63 
 
 		 256 aa  131  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0950  short chain dehydrogenase  35.63 
 
 		 256 aa  131  5.0000000000000004e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.477872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 		 267 aa  130  9.000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.755357  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1629  short chain dehydrogenase  37.24 
 
 		 257 aa  130  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.974158  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 		 257 aa  129  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4068  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 		 257 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.625011  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2220  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.7 
 
 		 260 aa  127  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 		 261 aa  126  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1400  short chain dehydrogenase  38.37 
 
 		 256 aa  126  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0683679  normal  0.781218 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 		 254 aa  125  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.425319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 255 aa  124  5e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 262 aa  124  7e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 		 262 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2791  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 		 256 aa  123  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.298424  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 		 262 aa  123  9.999999999999999e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2835  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 		 256 aa  123  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2818  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 		 256 aa  123  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.101264  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 		 250 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 		 252 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 		 257 aa  122  3e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 		 279 aa  122  3e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.322178  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6250  short chain dehydrogenase  37.84 
 
 		 258 aa  122  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.230305  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.94 
 
 		 256 aa  122  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 		 262 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 		 275 aa  121  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>