28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2188 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2188  hypothetical protein  100 
 
 		 733 aa  1451    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.47677 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5751  putative helicase  31.05 
 
 		 569 aa  69.3  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0173  Primase 2  31.76 
 
 		 637 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.214274 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0964  hypothetical protein  31.97 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  31.25 
 
 		 775 aa  56.6  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0057  DNA primase TraC  31.1 
 
 		 1557 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2008  DNA primase  30.57 
 
 		 955 aa  53.9  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.491105  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0098  hypothetical protein  27.48 
 
 		 950 aa  53.5  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0049  DNA primase, putative  31.58 
 
 		 1389 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0903  virulence-associated E family protein  31.19 
 
 		 778 aa  53.1  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2652  hypothetical protein  30.74 
 
 		 813 aa  52.4  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.442336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2983  hypothetical protein  28.79 
 
 		 271 aa  52.4  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2406  TOPRIM domain-containing protein  25.32 
 
 		 797 aa  51.6  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348772  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0931  hypothetical protein  25.62 
 
 		 818 aa  49.7  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1765  putative DNA replication primase  26.4 
 
 		 621 aa  49.7  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121744  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1754  inner membrane protein  28.9 
 
 		 958 aa  49.3  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2366  inner membrane protein  28.9 
 
 		 958 aa  49.3  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0459  putative DNA replication primase  29.23 
 
 		 644 aa  48.9  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.586117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2542  replication protein A  32.89 
 
 		 292 aa  48.9  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000605873 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2711  hypothetical protein  27.69 
 
 		 297 aa  48.9  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1288  inner membrane protein  30.11 
 
 		 953 aa  48.9  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0309  inner membrane protein  28.84 
 
 		 955 aa  47.8  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0113  hypothetical protein  28.84 
 
 		 950 aa  47.8  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2484  primase 2  29.17 
 
 		 953 aa  47.4  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  29.02 
 
 		 775 aa  47.4  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2646  putative DNA replication primase protein  28 
 
 		 620 aa  45.8  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15380  replicative helicase, RepA  31.56 
 
 		 292 aa  45.8  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  4.83585e-16  unclonable  1.14965e-21 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2601  TOPRIM domain-containing protein  29.72 
 
 		 712 aa  45.4  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>