More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1936 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1936  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
142 aa  279  9e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.211581 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0812  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.94 
 
 
142 aa  155  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1443  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.68 
 
 
142 aa  154  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2997  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.68 
 
 
142 aa  154  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.970491  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3232  biopolymer transport protein ExbD/TolR  60 
 
 
146 aa  154  5.0000000000000005e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1714  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.06 
 
 
143 aa  147  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6364  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.06 
 
 
143 aa  147  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00896769  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1118  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.77 
 
 
142 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0690  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.07 
 
 
139 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2090  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.47 
 
 
144 aa  140  7e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0249583  normal  0.766976 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1729  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.35 
 
 
143 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.344819  normal  0.411773 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5005  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.35 
 
 
143 aa  136  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.106171 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0384  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.52 
 
 
143 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.127436 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7323  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.14 
 
 
143 aa  131  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2026  biopolymer ExbD/TolR family transporter  47.41 
 
 
142 aa  123  7e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.597145  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0998  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.36 
 
 
141 aa  123  8.000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.836829  normal  0.80542 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4693  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.41 
 
 
142 aa  123  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  47.41 
 
 
142 aa  122  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  47.41 
 
 
142 aa  123  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  47.41 
 
 
142 aa  122  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  47.41 
 
 
142 aa  122  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  47.41 
 
 
142 aa  122  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  47.41 
 
 
142 aa  122  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  47.01 
 
 
140 aa  121  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1757  biopolymer transport ExbD protein  49.26 
 
 
145 aa  121  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.289345 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.66 
 
 
140 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0120  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.76 
 
 
142 aa  117  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0436048  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.78 
 
 
138 aa  117  6e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2118  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.96 
 
 
142 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2200  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.96 
 
 
140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5529  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.96 
 
 
140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5877  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.96 
 
 
140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.96 
 
 
142 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361252  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  45.52 
 
 
140 aa  115  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3720  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.12 
 
 
139 aa  114  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.334783  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.54 
 
 
137 aa  114  3.9999999999999997e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.03 
 
 
141 aa  114  6e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0805  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.8 
 
 
141 aa  113  7.999999999999999e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00251807 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3074  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.31 
 
 
136 aa  110  5e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00262954  normal  0.170197 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.62 
 
 
137 aa  110  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 
143 aa  110  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.302049  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.28 
 
 
158 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2237  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.49 
 
 
137 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.18 
 
 
136 aa  109  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.18 
 
 
136 aa  109  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  44.78 
 
 
139 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1965  biopolymer transport transmembrane protein  48.46 
 
 
137 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2279  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.75 
 
 
137 aa  109  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.079959  normal  0.0276297 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0689  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44 
 
 
140 aa  107  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.828997  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.76 
 
 
143 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1573  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.85 
 
 
139 aa  106  8.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.320463 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1532  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.3 
 
 
141 aa  106  9.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.79 
 
 
143 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523101  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3053  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.08 
 
 
136 aa  105  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.04 
 
 
143 aa  105  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0383  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.55 
 
 
141 aa  105  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0787741 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2570  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.08 
 
 
136 aa  103  6e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00988954  hitchhiker  0.000963498 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3313  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.18 
 
 
135 aa  103  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.93238  normal  0.758523 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4624  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.22 
 
 
137 aa  102  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000994253 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  45.19 
 
 
176 aa  102  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  45.19 
 
 
176 aa  102  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1947  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.46 
 
 
139 aa  102  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.81805  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  45.19 
 
 
176 aa  102  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  45.19 
 
 
176 aa  102  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4353  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.14 
 
 
142 aa  101  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5006  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.62 
 
 
140 aa  100  8e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.108407 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  44.44 
 
 
176 aa  100  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2477  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.61 
 
 
140 aa  99.8  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0883915  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1407  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.28 
 
 
139 aa  98.6  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.757544  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0014  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.3 
 
 
146 aa  99  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0997  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.57 
 
 
141 aa  98.2  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.975721 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1730  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.4 
 
 
140 aa  98.2  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.245052  normal  0.398781 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1715  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.6 
 
 
140 aa  97.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6363  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.6 
 
 
140 aa  97.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0283531  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0878  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.34 
 
 
141 aa  96.3  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0295235  normal  0.0766117 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1022  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.34 
 
 
141 aa  96.3  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0335138  normal  0.0307792 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.98 
 
 
138 aa  96.3  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4694  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.06 
 
 
141 aa  95.9  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3233  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.76 
 
 
142 aa  95.1  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.31 
 
 
140 aa  94.7  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1794  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.48 
 
 
136 aa  94.7  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0946301  normal  0.726356 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.94 
 
 
141 aa  94  6e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0440021  normal  0.632014 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2118  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.48 
 
 
136 aa  93.6  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0526178  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1210  biopolymer ExbD/TolR family transporter  42.03 
 
 
178 aa  93.2  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3416  ExbD/TolR family transport energizing protein  43.28 
 
 
172 aa  93.2  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4354  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.4 
 
 
143 aa  92.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3451  ExbD/TolR family transport energizing protein  43.28 
 
 
176 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.141094  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2733  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.3 
 
 
153 aa  91.7  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1809  biopolymer transport protein-like protein  48.08 
 
 
120 aa  91.7  3e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.11173  normal  0.880311 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0813  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.88 
 
 
136 aa  91.7  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6111  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.73 
 
 
140 aa  90.9  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2998  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.4 
 
 
140 aa  90.1  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1442  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.4 
 
 
140 aa  90.1  9e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0751  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.57 
 
 
107 aa  89.7  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1512  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.88 
 
 
133 aa  88.2  4e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1119  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.82 
 
 
144 aa  87.4  6e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0010  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.23 
 
 
141 aa  87.4  6e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041719 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1756  biopolymer transport ExbD protein  37.01 
 
 
143 aa  87  8e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.439399 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0011  biopolymer transport ExbD1 protein  35.34 
 
 
139 aa  85.5  2e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0119  biopolymer transport-like protein  35.42 
 
 
160 aa  85.5  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0532523  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>