More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1927 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1927  ABC transporter-related protein  100 
 
 		 308 aa  623  1e-177  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.109839 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0978  ABC transporter, ATP-binding protein  80.59 
 
 		 309 aa  495  1e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.080297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4410  ABC transporter related  74.5 
 
 		 307 aa  469  1.0000000000000001e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.107117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0477  ABC transporter related  74.75 
 
 		 308 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.330496  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2277  ABC efflux pump, ATPase subunit  73.7 
 
 		 308 aa  467  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0775451  normal  0.282727 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6045  ABC transporter related  73.05 
 
 		 308 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.463248  normal  0.338507 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2648  ABC transporter related  72.85 
 
 		 318 aa  461  1e-129  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4685  ABC transporter related  72.82 
 
 		 315 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0550662 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1715  ABC transporter related  71.8 
 
 		 308 aa  454  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.409646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0862  ABC transporter related  68.95 
 
 		 308 aa  448  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0153083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0541  ABC transporter, ATPase subunit  72.04 
 
 		 314 aa  449  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3269  ABC transporter related  72.4 
 
 		 329 aa  450  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2740  ABC transporter related  71.9 
 
 		 306 aa  449  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6149  putative ABC transporter (ATP binding protein)  72.79 
 
 		 306 aa  448  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.397223  normal  0.143638 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4520  ABC transporter related  71.05 
 
 		 314 aa  447  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5107  ABC transporter related  71.05 
 
 		 316 aa  448  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5174  ABC transporter related  71.05 
 
 		 314 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.179652 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2361  ABC transporter, ATPase subunit  70.49 
 
 		 306 aa  445  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.112898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1331  ABC transporter related  70.98 
 
 		 340 aa  444  1.0000000000000001e-124  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3535  ABC transporter related  71.71 
 
 		 314 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0703  ABC transporter related  71.85 
 
 		 310 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0518791 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5043  ABC transporter related  71.05 
 
 		 314 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1220  ABC transporter related  69.84 
 
 		 309 aa  441  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00788547 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3261  ABC transporter related  70.82 
 
 		 317 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.768671  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0380  ABC transporter related  69.18 
 
 		 308 aa  437  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3283  ABC transporter related  69.93 
 
 		 306 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.576419 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0412  ABC transporter related  69.18 
 
 		 308 aa  437  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.173041 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3370  ABC transporter related  69.18 
 
 		 306 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00450084 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0809  ABC transporter related  71.48 
 
 		 333 aa  439  9.999999999999999e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0448  ABC transporter related  69.18 
 
 		 308 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1657  ABC transporter related  67.43 
 
 		 313 aa  438  9.999999999999999e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2019  ABC transporter related  69.18 
 
 		 306 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.778403  normal  0.141952 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03054  ABC transporter ATP-binding protein  66.56 
 
 		 314 aa  434  1e-120  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4024  ABC transporter related  68.52 
 
 		 306 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2923  ABC transporter, ATP-binding protein  66.56 
 
 		 308 aa  433  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1498  ABC transporter related  68.2 
 
 		 315 aa  432  1e-120  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.933175  normal  0.212759 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1452  ABC transporter related  67.76 
 
 		 306 aa  425  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3137  ABC transporter related protein  68.18 
 
 		 316 aa  427  1e-118  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00124665  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03370  ABC transporter, ATP binding component  69.41 
 
 		 308 aa  418  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.372663  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1608  ABC transporter related  65.58 
 
 		 308 aa  416  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.249581  normal  0.149154 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1911  ABC transporter related  66.12 
 
 		 319 aa  416  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3084  ABC transporter, ATP-binding protein  63.93 
 
 		 308 aa  412  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2407  ABC transporter related  67.76 
 
 		 311 aa  411  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2327  ABC transporter related  65.79 
 
 		 308 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2089  ABC transporter related  65.79 
 
 		 308 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0116539  normal  0.492363 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2723  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  63.4 
 
 		 308 aa  400  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3274  ABC multidrug/carbohydrate efflux transporter, ATPase subunit  62.34 
 
 		 308 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.791052  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0748  ABC transporter related  64.03 
 
 		 318 aa  392  1e-108  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.329889 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4007  ABC transporter related  62.01 
 
 		 308 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2525  ABC transporter related  60.78 
 
 		 309 aa  385  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2014  ABC transporter related  59.54 
 
 		 309 aa  369  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0638  ABC-A-subfamily transporter  60.93 
 
 		 318 aa  369  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.541118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0746  ABC transporter related  58.44 
 
 		 310 aa  365  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0835  ABC transporter, ATPase subunit  47.73 
 
 		 309 aa  277  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.594095  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0885  ABC transporter related  48.38 
 
 		 309 aa  275  9e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0881  ABC transporter-related protein  48.05 
 
 		 309 aa  271  8.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0897  ABC transporter related  50 
 
 		 309 aa  267  2e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1097  ABC transporter related  45.42 
 
 		 316 aa  254  2.0000000000000002e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0772  ABC transporter, ATP-binding protein  45.28 
 
 		 319 aa  251  1e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0067  ABC transporter related  41.94 
 
 		 319 aa  250  2e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.269646 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0069  ABC transporter component  45.18 
 
 		 336 aa  246  3e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.248175  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27770  ABC transporter ATP-binding protein  43.97 
 
 		 310 aa  246  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.109755 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2345  ABC transporter ATP-binding protein  43.97 
 
 		 310 aa  245  6e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1983  ABC transporter related  46.05 
 
 		 308 aa  241  9e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.063118  normal  0.0186324 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15500  ABC transporter, ATP binding component  43.65 
 
 		 310 aa  241  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1926  ABC transporter related  43.09 
 
 		 326 aa  241  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1859  ABC transporter related  45.28 
 
 		 307 aa  240  2e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1170  ribosomal protein S16  42.76 
 
 		 318 aa  240  2e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.36106  hitchhiker  0.000000135751 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1505  ABC transporter related  44.16 
 
 		 310 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1778  ABC transporter related  45.54 
 
 		 320 aa  239  2.9999999999999997e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.627055  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1470  ABC transporter related  44.16 
 
 		 310 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1895  ABC transporter ATP-binding protein  43.83 
 
 		 310 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000838668 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3996  ABC transporter-related protein  43.69 
 
 		 307 aa  239  5.999999999999999e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3820  ABC transporter related  43.83 
 
 		 310 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2136  ABC transporter related  40.51 
 
 		 304 aa  238  8e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00658879  normal  0.0667998 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2122  ABC transporter, ATP-binding protein  43.55 
 
 		 308 aa  238  1e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3122  ABC transporter related  43.04 
 
 		 310 aa  236  4e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2615  ABC transporter, ATP-binding protein  41.88 
 
 		 305 aa  236  4e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.762057  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1156  ABC transporter related protein  42.72 
 
 		 312 aa  235  6e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.165511  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0722  ABC transporter related  42.53 
 
 		 312 aa  235  6e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.446377  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0675  ABC transporter related  43.31 
 
 		 308 aa  235  7e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.965541  normal  0.444536 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3589  ABC transporter related  42.53 
 
 		 312 aa  235  7e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0104822  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00126  predicted transporter subunit: ATP-binding component of ABC superfamily  43.09 
 
 		 308 aa  235  8e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3475  ABC transporter related protein  43.09 
 
 		 308 aa  235  8e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0129  ABC transporter, ATP-binding protein  43.09 
 
 		 308 aa  235  8e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00125  hypothetical protein  43.09 
 
 		 308 aa  235  8e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3532  ABC transporter related  43.09 
 
 		 308 aa  235  8e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0131  ABC transporter, ATP-binding protein  43.09 
 
 		 308 aa  235  8e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0653  ABC transporter related  42.9 
 
 		 311 aa  235  8e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.860954  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0137  ABC transporter, ATP-binding protein  43.09 
 
 		 308 aa  235  8e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3520  ABC transporter related  42.53 
 
 		 312 aa  235  9e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.12948  hitchhiker  0.00888857 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0104  ABC transporter related  43.33 
 
 		 333 aa  234  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233279 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1010  ABC transporter, ATP-binding protein  42.02 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1140  ABC transporter ATP-binding protein  42.02 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000662244  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3712  ABC transporter related  42.53 
 
 		 312 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0689  ABC transporter related  42.07 
 
 		 314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0120  ABC transporter, ATP-binding protein  43.09 
 
 		 308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4185  ABC transporter related  40.07 
 
 		 320 aa  234  2.0000000000000002e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3349  ABC transporter, ATP-binding protein  42.72 
 
 		 308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0209833  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2832  ABC transporter, ATPase subunit  43.23 
 
 		 336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>