More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1904 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1904  silent information regulator protein Sir2  100 
 
 		 258 aa  515  1.0000000000000001e-145  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0865072 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1612  Silent information regulator protein Sir2  58.26 
 
 		 260 aa  258  6e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.391649  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2262  silent information regulator protein Sir2  58.26 
 
 		 260 aa  256  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.477016  normal  0.695636 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3017  silent information regulator protein Sir2  54 
 
 		 245 aa  251  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.234408 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4025  silent information regulator protein Sir2  54.36 
 
 		 284 aa  248  7e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.235336 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1230  hypothetical protein  51.88 
 
 		 246 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00965516  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1166  Silent information regulator protein Sir2  51.05 
 
 		 249 aa  231  7.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00563616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2070  silent information regulator protein Sir2  51.63 
 
 		 260 aa  229  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1074  Silent information regulator protein Sir2  50.42 
 
 		 249 aa  228  7e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.269668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2090  silent information regulator protein Sir2  48.78 
 
 		 244 aa  224  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.34038  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33150  transcriptional regulator Sir2 family protein  51.2 
 
 		 243 aa  214  9e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.419253  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05780  NAD-dependent protein deacetylase, SIR2 family  50.83 
 
 		 251 aa  214  9.999999999999999e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.577627 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0299  silent information regulator protein Sir2  48.37 
 
 		 249 aa  210  2e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.769715 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2870  silent information regulator protein Sir2  52.28 
 
 		 258 aa  208  8e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.921414  normal  0.0955445 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1593  silent information regulator protein Sir2  49.02 
 
 		 248 aa  204  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1341  silent information regulator protein Sir2  48.96 
 
 		 233 aa  204  2e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0895566  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3171  silent information regulator protein Sir2  46.77 
 
 		 249 aa  202  5e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1314  Silent information regulator protein Sir2  48.37 
 
 		 273 aa  202  5e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.170903  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2040  silent information regulator protein Sir2  52.05 
 
 		 241 aa  201  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1992  Silent information regulator protein Sir2  47.45 
 
 		 264 aa  200  1.9999999999999998e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4244  cobalamin biosynthetic protein  52.87 
 
 		 250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1597  silent information regulator protein Sir2  50.2 
 
 		 244 aa  193  2e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1260  silent information regulator protein Sir2  50.63 
 
 		 247 aa  192  4e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0543594  decreased coverage  0.000122982 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0033  silent information regulator protein Sir2  44.77 
 
 		 262 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.483046 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06290  NAD-dependent protein deacetylase, SIR2 family  47.15 
 
 		 306 aa  192  5e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0975292  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1627  Sir2 family transcriptional regulator  48.43 
 
 		 255 aa  190  2e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2348  silent information regulator protein Sir2  45.64 
 
 		 252 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1963  NAD-dependent deacetylase  46.34 
 
 		 246 aa  190  2e-47  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2323  Silent information regulator protein Sir2  47.54 
 
 		 256 aa  189  5e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.687351  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11175  NAD-dependent deacetylase  43.98 
 
 		 237 aa  188  5.999999999999999e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0910  Silent information regulator protein Sir2  46.44 
 
 		 248 aa  186  3e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.44654  hitchhiker  0.00105872 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5402  Sir2 family transcriptional regulator  42.26 
 
 		 262 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282783 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0457  silent information regulator protein Sir2  40.96 
 
 		 266 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.489877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4062  NAD-dependent deacetylase  45.99 
 
 		 237 aa  182  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4291  NAD-dependent deacetylase  45.99 
 
 		 237 aa  182  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4137  NAD-dependent deacetylase  45.99 
 
 		 237 aa  182  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1777  silent information regulator protein Sir2  38.37 
 
 		 242 aa  182  6e-45  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0793  NAD-dependent deacetylase  44.58 
 
 		 251 aa  181  1e-44  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000283822 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1959  NAD-dependent deacetylase  46.25 
 
 		 269 aa  180  2e-44  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49820  cobalamin biosynthetic protein  50.41 
 
 		 250 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0601  silent information regulator protein Sir2  41.22 
 
 		 249 aa  178  7e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.496175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3557  silent information regulator protein Sir2  41.98 
 
 		 244 aa  177  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.252048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0202  Silent information regulator protein Sir2  42.28 
 
 		 245 aa  175  5e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000903537  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2134  NAD-dependent deacetylase  44.92 
 
 		 236 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.626555  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0872  NAD-dependent deacetylase  44.58 
 
 		 251 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1594  silent information regulator protein Sir2  40.74 
 
 		 259 aa  171  1e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2038  Silent information regulator protein Sir2  42.06 
 
 		 245 aa  167  1e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4570  NAD-dependent deacetylase  45.34 
 
 		 236 aa  167  1e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.245056 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0952  Silent information regulator protein Sir2  42.42 
 
 		 265 aa  166  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4675  transcriptional regulator, Sir2 family  40.5 
 
 		 256 aa  165  5e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.186649  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0004  NAD-dependent deacetylase  45.15 
 
 		 234 aa  162  7e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0079912 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2173  Silent information regulator protein Sir2  46.98 
 
 		 239 aa  160  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0584  transcriptional regulator, Sir2 family  41.18 
 
 		 230 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0511686  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3938  silent information regulator protein Sir2  44.31 
 
 		 237 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.137348 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1261  silent information regulator protein Sir2  40.17 
 
 		 259 aa  160  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000136292 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3213  NAD-dependent deacetylase  42.8 
 
 		 230 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5854  silent information regulator protein Sir2  46.88 
 
 		 241 aa  158  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.589842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02284  NAD-dependent deacetylase  37.19 
 
 		 243 aa  154  9e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1406  5,6-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase  35.95 
 
 		 251 aa  154  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003486  NAD-dependent protein deacetylase of SIR2 family  37.6 
 
 		 243 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.657573  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0527  Silent information regulator protein Sir2  36.71 
 
 		 230 aa  152  5e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2058  NAD-dependent deacetylase  36.51 
 
 		 242 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1585  NAD-dependent deacetylase  38.84 
 
 		 237 aa  151  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.118792  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0751  silent information regulator protein Sir2  40.18 
 
 		 248 aa  151  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000031386  normal  0.92086 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0249  NAD-dependent deacetylase  35.18 
 
 		 243 aa  150  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.390729  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6362  Silent information regulator protein Sir2  45.87 
 
 		 237 aa  149  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2748  NAD-dependent deacetylase  44.2 
 
 		 233 aa  149  4e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.608759 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2006  NAD-dependent deacetylase  39.26 
 
 		 273 aa  149  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.423996  normal  0.175546 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2345  NAD-dependent deacetylase  39.5 
 
 		 230 aa  149  5e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.870282 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1500  NAD-dependent deacetylase  39.26 
 
 		 273 aa  149  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000250063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2203  NAD-dependent deacetylase  39.26 
 
 		 273 aa  149  5e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0442  NAD-dependent deacetylase  38.33 
 
 		 257 aa  149  5e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.869498  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01126  hypothetical protein  39.26 
 
 		 279 aa  149  6e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01118  NAD-dependent deacetylase  39.26 
 
 		 279 aa  149  6e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2527  Silent information regulator protein Sir2  39.26 
 
 		 279 aa  149  6e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000048723  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1242  NAD-dependent deacetylase  39.26 
 
 		 279 aa  149  6e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00135045  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2481  NAD-dependent deacetylase  39.26 
 
 		 279 aa  149  6e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0142081  normal  0.162011 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0285  Silent information regulator protein Sir2  35.22 
 
 		 247 aa  148  7e-35  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1372  NAD-dependent deacetylase  41.1 
 
 		 242 aa  148  7e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473909  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2147  NAD-dependent deacetylase  38.02 
 
 		 273 aa  148  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.180937  hitchhiker  0.00193472 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1321  NAD-dependent deacetylase  38.02 
 
 		 273 aa  148  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0350313  hitchhiker  0.00447864 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1336  NAD-dependent deacetylase  38.02 
 
 		 273 aa  148  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0564369 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1963  NAD-dependent deacetylase  38.02 
 
 		 273 aa  148  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.696827  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1298  NAD-dependent deacetylase  38.02 
 
 		 273 aa  148  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3172  silent information regulator protein Sir2  37.7 
 
 		 244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1116  NAD-dependent deacetylase  34.98 
 
 		 259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1968  Silent information regulator protein Sir2  41 
 
 		 229 aa  145  5e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00937822  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1096  NAD-dependent deacetylase  41.38 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1881  Silent information regulator protein Sir2  40.91 
 
 		 252 aa  144  1e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1635  NAD-dependent deacetylase  38.84 
 
 		 273 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1664  Silent information regulator protein Sir2  39.39 
 
 		 256 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.426386 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1622  NAD-dependent deacetylase  37.96 
 
 		 276 aa  143  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4163  silent information regulator protein Sir2  38.87 
 
 		 256 aa  143  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146558 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2230  NAD-dependent deacetylase  40.09 
 
 		 242 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1466  NAD-dependent deacetylase  37.08 
 
 		 235 aa  143  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0151  Silent information regulator protein Sir2  32.8 
 
 		 252 aa  142  4e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4420  silent information regulator protein Sir2  42.06 
 
 		 226 aa  142  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.910761  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08031  hypothetical protein  35.59 
 
 		 233 aa  142  5e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.580054  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1843  NAD-dependent deacetylase  36.82 
 
 		 254 aa  142  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000086586  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0687  silent information regulator protein Sir2  38.37 
 
 		 243 aa  141  8e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>