37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1860 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1860  hypothetical protein  100 
 
 		 546 aa  1067    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2893  hypothetical protein  44.52 
 
 		 342 aa  217  5e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.213192 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0146  hypothetical protein  32.68 
 
 		 300 aa  136  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3800  hypothetical protein  32.31 
 
 		 354 aa  132  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00611211  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0085  hypothetical protein  36.73 
 
 		 546 aa  72  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2329  cytochrome c family protein  33.92 
 
 		 442 aa  65.5  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0621  hypothetical protein  34.73 
 
 		 572 aa  65.5  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0112411  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1287  hypothetical protein  36.74 
 
 		 249 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.180976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0370  hypothetical protein  35 
 
 		 525 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5746  hypothetical protein  35.45 
 
 		 229 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0879668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4558  hypothetical protein  35.45 
 
 		 229 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3810  hypothetical protein  35.45 
 
 		 229 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.3727  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1881  cytochrome c family protein  32.22 
 
 		 510 aa  58.9  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3982  hypothetical protein  35.38 
 
 		 230 aa  55.8  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.122943 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0006  hypothetical protein  31.08 
 
 		 237 aa  55.5  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3418  hypothetical protein  30.77 
 
 		 611 aa  55.1  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00172451  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2794  hypothetical protein  38.52 
 
 		 238 aa  53.9  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4446  hypothetical protein  35.26 
 
 		 230 aa  53.9  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.348408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1589  hypothetical protein  24.83 
 
 		 267 aa  53.1  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.134465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2038  lipoprotein, putative  32.14 
 
 		 247 aa  52  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000251498 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0108  putative lipoprotein  33.82 
 
 		 230 aa  51.6  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6632  hypothetical protein  33.67 
 
 		 243 aa  50.4  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0101  putative lipoprotein  33.82 
 
 		 230 aa  50.4  0.00009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.319012  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4090  hypothetical protein  41.57 
 
 		 229 aa  49.3  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.503896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0134  putative lipoprotein  33.33 
 
 		 230 aa  48.9  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1589  hypothetical protein  33.33 
 
 		 230 aa  48.9  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0560718  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0757  hypothetical protein  31.69 
 
 		 386 aa  48.1  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00827619  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3334  hypothetical protein  30.19 
 
 		 595 aa  47.8  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000666243  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3844  hypothetical protein  33.33 
 
 		 694 aa  47.8  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2022  fibronectin, type III domain-containing protein  31.87 
 
 		 683 aa  47.8  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00638663  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0006  hypothetical protein  25.87 
 
 		 270 aa  47.4  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000157652 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0768  hypothetical protein  32.38 
 
 		 385 aa  47.4  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.855521  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0512  hypothetical protein  32.16 
 
 		 239 aa  47  0.0009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2089  hypothetical protein  30.81 
 
 		 850 aa  44.7  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0645532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0504  cell wall surface anchor family protein, putative  30.72 
 
 		 667 aa  44.7  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1761  cytochrome c family protein  32.24 
 
 		 511 aa  43.9  0.007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0745977  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2143  cytochrome c family protein  26.83 
 
 		 310 aa  43.5  0.009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000152859  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>