More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1852 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1852  ABC transporter-related protein  100 
 
 
253 aa  505  9.999999999999999e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1773  putative amino-acid ATP-binding ABC transporter protein  78 
 
 
257 aa  385  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.547469  normal  0.0486237 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2931  ABC transporter-related protein  75.41 
 
 
264 aa  379  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.409418  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2927  ABC transporter related  70.36 
 
 
258 aa  367  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0722568  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2022  ABC transporter related  71.19 
 
 
260 aa  361  6e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0830509  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1682  ABC transporter related  71.19 
 
 
260 aa  361  6e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2575  ABC transporter related  69.35 
 
 
258 aa  358  4e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.114621  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1753  amino-acid ATP-binding ABC transporter protein  70.9 
 
 
266 aa  355  3.9999999999999996e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.50264  normal  0.705877 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1794  ABC transporter related  69.26 
 
 
269 aa  353  2e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1840  ABC transporter related  69.35 
 
 
266 aa  350  1e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.260615 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2388  ABC transporter related  67.49 
 
 
259 aa  349  2e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0199374  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1451  ABC transporter related  69.42 
 
 
266 aa  347  9e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0342777  hitchhiker  0.000812004 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1492  ABC transporter related  68.72 
 
 
262 aa  344  7e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.221725  normal  0.375358 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1859  ABC transporter-related protein  67.35 
 
 
259 aa  343  2e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.200968 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1402  ABC transporter related  67.07 
 
 
257 aa  340  1e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3311  ABC transporter related  69.8 
 
 
275 aa  338  5.9999999999999996e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00410965  normal  0.0296755 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1571  ABC transporter related  61.16 
 
 
249 aa  304  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.98621  normal  0.656005 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4567  ABC transporter related  60.33 
 
 
249 aa  301  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.129201  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4170  ABC transporter related  61.16 
 
 
253 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1577  ABC transporter related  60.33 
 
 
249 aa  299  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3166  ABC transporter related  64.2 
 
 
249 aa  292  4e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.219899  normal  0.262442 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0223  ABC transporter related  63.16 
 
 
250 aa  291  9e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1320  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  57.89 
 
 
250 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2815  ABC transporter related  57.09 
 
 
250 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal  0.076686 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1576  ABC transporter related  57.2 
 
 
250 aa  272  3e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1605  ABC transporter related  57.55 
 
 
256 aa  267  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0027  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  54.36 
 
 
250 aa  264  8.999999999999999e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0024  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  54.36 
 
 
250 aa  263  1e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1672  ABC-transporter  55.28 
 
 
746 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.504815  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1650  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  55.28 
 
 
752 aa  242  3e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1826  ABC-transporter  55.28 
 
 
758 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.256194  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1439  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  54.88 
 
 
755 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0441  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein  54.88 
 
 
749 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.721247  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0908  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein, putative  54.88 
 
 
761 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0721  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  54.88 
 
 
746 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1394  ABC transporter related  52.85 
 
 
250 aa  240  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.665987 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1899  ABC transporter related  53.39 
 
 
250 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.200717 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2652  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein, putative  53.66 
 
 
741 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0934  ABC transporter related  52.44 
 
 
250 aa  238  5e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00957205  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1416  ABC transporter related  52.44 
 
 
250 aa  238  5e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.908871  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1335  ABC transporter related  52.05 
 
 
249 aa  234  8e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0569483  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4560  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  50.61 
 
 
250 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0886359  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1296  ABC transporter related  51.65 
 
 
249 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1447  ABC transporter related  45.42 
 
 
256 aa  209  3e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0752148  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1285  ABC transporter related  45.42 
 
 
256 aa  209  3e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.270535  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0546  ABC transporter related  47.79 
 
 
260 aa  206  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.747453 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3555  ABC transporter related  46.22 
 
 
256 aa  204  1e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0799958  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2028  ABC transporter related  46.64 
 
 
252 aa  204  1e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.480224  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2026  ABC transporter related  44.66 
 
 
252 aa  203  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2123  ABC transporter-like protein  44.94 
 
 
250 aa  202  5e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.542398 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3522  ABC transporter related  45.56 
 
 
250 aa  202  6e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0311765  normal  0.543543 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2928  ABC transporter related  45.75 
 
 
252 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5130  ABC transporter related  44.44 
 
 
250 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0104997 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3049  ABC transporter related  43.39 
 
 
263 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6436  ABC transporter related  43.27 
 
 
261 aa  196  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2517  ABC transporter related  43.44 
 
 
256 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.547475  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3371  ABC transporter related  43.5 
 
 
258 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6266  ABC transporter related  42.68 
 
 
258 aa  194  8.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3736  putative branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  41.74 
 
 
251 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2955  ABC transporter related  42.62 
 
 
251 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.26025  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3520  ABC transporter-related protein  42.46 
 
 
257 aa  194  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.341337 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5164  ABC transporter related  42.28 
 
 
256 aa  193  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3457  ABC transporter related  44 
 
 
254 aa  194  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.257726  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3167  ABC transporter related  43.03 
 
 
251 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.449942  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1049  ABC transporter related  43.2 
 
 
254 aa  193  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3487  ABC transporter related  43.03 
 
 
256 aa  193  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.170607  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2329  ABC transporter related  42.62 
 
 
251 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.170291  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4701  ABC transporter related  40.57 
 
 
840 aa  192  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676085  normal  0.601296 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4073  ABC transporter related  43.85 
 
 
256 aa  192  4e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.572778 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2468  ABC transporter related  42.68 
 
 
256 aa  191  8e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2892  ABC transporter related protein  45.19 
 
 
266 aa  191  9e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1176  ABC transporter related  42.97 
 
 
252 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3331  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  43.39 
 
 
259 aa  191  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3591  ABC transporter-related protein  43.57 
 
 
250 aa  190  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3755  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  42.44 
 
 
240 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2305  ABC transporter related protein  41.37 
 
 
251 aa  190  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0085  ABC transporter related  43.39 
 
 
259 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3122  ABC transporter related  42.26 
 
 
256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.30892  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3246  ABC transporter related  46.52 
 
 
262 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.373982  normal  0.0991744 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0074  ABC transporter related  43.39 
 
 
259 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2934  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  43.39 
 
 
259 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0200  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  43.39 
 
 
259 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.519343  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4607  ABC transporter related  44.49 
 
 
251 aa  189  4e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1609  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  43.39 
 
 
259 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2992  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  43.39 
 
 
259 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4819  ABC transporter related  43.39 
 
 
257 aa  189  4e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3915  ABC transporter related  42.15 
 
 
259 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3993  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  43.39 
 
 
259 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4067  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  43.39 
 
 
259 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1435  ABC transporter related  42.26 
 
 
256 aa  189  4e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.446323 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3377  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  43.39 
 
 
259 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3527  ABC transporter related  41.63 
 
 
257 aa  188  5.999999999999999e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1075  ABC transporter related  42.04 
 
 
278 aa  187  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00032373  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4075  ABC transporter related  41.63 
 
 
268 aa  187  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.231771 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1280  ABC transporter-related protein  42.28 
 
 
277 aa  187  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.78204  normal  0.312074 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1904  ABC transporter related  42.62 
 
 
254 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.410553 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4046  ABC transporter related  43.62 
 
 
251 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0101  ABC transporter related  42.56 
 
 
259 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.611585  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4001  ABC transporter related  44.31 
 
 
251 aa  186  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.172922  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0017  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  41.74 
 
 
263 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>