More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1746 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1746  initiation factor 3  100 
 
 
135 aa  275  2e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00682554 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1887  translation initiation factor 3  93.33 
 
 
160 aa  233  8e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.729735  normal  0.011077 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  75.56 
 
 
179 aa  218  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  74.07 
 
 
177 aa  216  6e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  74.07 
 
 
173 aa  213  8e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  71.11 
 
 
174 aa  213  9.999999999999999e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1871  translation initiation factor IF-3  71.54 
 
 
181 aa  204  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1778  translation initiation factor IF-3  71.64 
 
 
156 aa  201  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.843423 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  66.67 
 
 
178 aa  200  5e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1453  translation initiation factor IF-3  71.64 
 
 
156 aa  200  5e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0525841  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4616  translation initiation factor 3  71.64 
 
 
156 aa  200  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00507113  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  71.64 
 
 
156 aa  200  5e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0994  translation initiation factor IF-3  71.64 
 
 
156 aa  200  5e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1360  translation initiation factor IF-3  71.64 
 
 
156 aa  200  5e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485624  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  71.64 
 
 
156 aa  200  5e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1095  translation initiation factor IF-3  71.64 
 
 
156 aa  199  8e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171775  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  71.64 
 
 
156 aa  199  8e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1538  translation initiation factor IF-3  71.64 
 
 
156 aa  199  8e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2594  translation initiation factor IF-3  71.64 
 
 
156 aa  199  8e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1713  translation initiation factor IF-3  71.64 
 
 
156 aa  199  8e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225755  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  71.64 
 
 
156 aa  199  8e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0201  translation initiation factor IF-3  71.64 
 
 
156 aa  199  8e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00116998  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0964  translation initiation factor IF-3  71.64 
 
 
156 aa  199  8e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.698743  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  69.63 
 
 
156 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  68.89 
 
 
156 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  68.15 
 
 
156 aa  197  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2676  translation initiation factor 3  67.41 
 
 
137 aa  196  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.233816 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  66.67 
 
 
173 aa  194  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1337  translation initiation factor IF-3  75.56 
 
 
171 aa  192  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  64.44 
 
 
154 aa  191  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1449  translation initiation factor IF-3  74.81 
 
 
178 aa  191  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2399  translation initiation factor 3  74.81 
 
 
205 aa  191  4e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.414773  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2002  translation initiation factor 3  64.66 
 
 
153 aa  190  6e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0112753  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4615  translation initiation factor IF-3  74.81 
 
 
205 aa  190  7e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.550189  hitchhiker  0.00733617 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  64.93 
 
 
184 aa  189  1e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  64.18 
 
 
173 aa  188  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  63.91 
 
 
155 aa  187  5e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  62.41 
 
 
182 aa  186  7e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000264089  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  61.94 
 
 
169 aa  179  1e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  61.94 
 
 
156 aa  179  1e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  61.07 
 
 
175 aa  179  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0767  translation initiation factor 3  60.47 
 
 
146 aa  178  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  60.31 
 
 
202 aa  177  4e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1725  translation initiation factor IF-3  63.7 
 
 
144 aa  177  4.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00587564  normal  0.500746 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01687  translation initiation factor IF-3  63.7 
 
 
144 aa  175  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00539573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1924  translation initiation factor IF-3  63.7 
 
 
180 aa  175  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000676935  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1799  translation initiation factor IF-3  63.7 
 
 
144 aa  175  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017178  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1936  translation initiation factor IF-3  63.7 
 
 
144 aa  175  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000150093  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1429  translation initiation factor IF-3  63.7 
 
 
144 aa  175  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00177736  hitchhiker  0.00888747 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2011  translation initiation factor IF-3  63.7 
 
 
144 aa  175  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.727215 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1914  translation initiation factor IF-3  63.7 
 
 
180 aa  175  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119522  normal  0.223345 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1473  translation initiation factor IF-3  63.7 
 
 
144 aa  175  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000416491  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1839  translation initiation factor IF-3  63.7 
 
 
144 aa  175  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000057261  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1445  translation initiation factor IF-3  63.7 
 
 
144 aa  175  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0313674  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1462  translation initiation factor IF-3  63.7 
 
 
144 aa  175  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131964  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1960  translation initiation factor IF-3  63.7 
 
 
144 aa  175  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234201  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01676  hypothetical protein  63.7 
 
 
180 aa  175  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0101258  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2436  translation initiation factor IF-3  63.7 
 
 
144 aa  175  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000110655  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1009  translation initiation factor IF-3  64.57 
 
 
169 aa  174  4e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1763  translation initiation factor 3  58.78 
 
 
137 aa  174  4e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0471  translation initiation factor IF-3  58.96 
 
 
171 aa  174  5e-43  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.973019  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  59.85 
 
 
219 aa  174  5e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000273336  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  58.21 
 
 
194 aa  173  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  58.21 
 
 
194 aa  173  6e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  58.21 
 
 
194 aa  173  7e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  60.15 
 
 
159 aa  172  9.999999999999999e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  58.96 
 
 
178 aa  172  1.9999999999999998e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0041  translation initiation factor IF-3  56.06 
 
 
192 aa  171  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  58.21 
 
 
178 aa  171  2.9999999999999996e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2908  translation initiation factor IF-3  62.02 
 
 
185 aa  171  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1952  translation initiation factor IF-3  64.44 
 
 
180 aa  171  3.9999999999999995e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.26259  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  56.06 
 
 
174 aa  170  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  59.09 
 
 
173 aa  170  5.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0341  initiation factor 3  56.82 
 
 
132 aa  170  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  56.82 
 
 
190 aa  169  9e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  56.06 
 
 
176 aa  169  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2098  translation initiation factor IF-3  57.46 
 
 
147 aa  169  1e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1800  translation initiation factor 3  61.72 
 
 
163 aa  169  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00939294  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2019  translation initiation factor IF-3  57.46 
 
 
147 aa  169  1e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  56.3 
 
 
177 aa  168  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  56.3 
 
 
183 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  56.3 
 
 
183 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2181  translation initiation factor IF-3  62.96 
 
 
180 aa  168  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0268784  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1889  translation initiation factor IF-3  62.96 
 
 
180 aa  168  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  56.3 
 
 
183 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1412  translation initiation factor IF-3  56.3 
 
 
143 aa  168  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000852308  normal  0.493061 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1624  translation initiation factor IF-3  56.06 
 
 
176 aa  167  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0101313 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0065  translation initiation factor IF-3  56.06 
 
 
145 aa  167  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2052  translation initiation factor IF-3  62.96 
 
 
180 aa  167  3e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0593383  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1906  translation initiation factor IF-3  56.06 
 
 
173 aa  167  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.387361 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2490  translation initiation factor IF-3  60.45 
 
 
180 aa  167  4e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000196048  hitchhiker  0.0000835818 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1612  translation initiation factor IF-3  56.82 
 
 
173 aa  167  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00252676 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0168  translation initiation factor IF-3  56.06 
 
 
132 aa  167  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2150  translation initiation factor IF-3  61.9 
 
 
173 aa  167  4e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235978  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  58.21 
 
 
180 aa  167  5e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  56.25 
 
 
172 aa  167  6e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  54.55 
 
 
173 aa  167  6e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2242  translation initiation factor IF-3  56.25 
 
 
166 aa  166  8e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000466118  hitchhiker  0.00531509 
 
 
-
 
NC_004310  BR2117  translation initiation factor IF-3  55.3 
 
 
134 aa  165  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0218  translation initiation factor IF-3  56.06 
 
 
200 aa  165  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>