More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1704 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03756  GTP-binding protein  59.47 
 
 
607 aa  730    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4115  GTP-binding protein TypA  59.47 
 
 
607 aa  730    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0770  GTP-binding protein TypA  57.99 
 
 
603 aa  719    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.872449  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0500  GTP-binding protein TypA  54.73 
 
 
598 aa  670    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5044  GTP-binding protein TypA  57.66 
 
 
606 aa  701    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2008  GTP-binding protein TypA  89.57 
 
 
607 aa  1115    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.511019 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0696  GTP-binding protein TypA  52.55 
 
 
615 aa  645    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2852  GTP-binding protein TypA  57.83 
 
 
606 aa  714    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.011881  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0227  elongation factor Tu family protein  52.89 
 
 
609 aa  642    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1296  GTP-binding elongation factor protein  69.09 
 
 
606 aa  850    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.609673  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4003  GTP-binding protein TypA  51.57 
 
 
614 aa  648    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0449963  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0606  GTP-binding protein TypA  58.15 
 
 
605 aa  709    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.226291  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0038  GTP-binding protein TypA  53.24 
 
 
602 aa  651    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.368844  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4378  GTP-binding protein TypA  55.22 
 
 
596 aa  641    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0875  GTP-binding protein TypA  54.98 
 
 
608 aa  654    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367799  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4408  virulence regulator BipA  60.3 
 
 
603 aa  725    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0361  GTP-binding protein TypA  57.5 
 
 
606 aa  699    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3868  GTP-binding protein TypA  51.57 
 
 
614 aa  648    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3701  GTP-binding protein  51.57 
 
 
614 aa  648    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000145642  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3415  virulence regulator BipA  59.64 
 
 
604 aa  726    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.349187 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3716  GTP-binding protein  51.57 
 
 
614 aa  647    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.134306  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1053  GTP-binding protein TypA  68.7 
 
 
608 aa  858    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2875  hypothetical protein  59.97 
 
 
608 aa  734    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2737  hypothetical protein  59.97 
 
 
608 aa  735    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4815  GTP-binding protein TypA  57.66 
 
 
606 aa  700    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0339  putative regulatory protein TypA or elongation factor Tu  57.28 
 
 
615 aa  710    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.597633  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1998  GTP-binding protein TypA  66.23 
 
 
613 aa  820    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.472185  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2101  GTP-binding protein TypA  52.55 
 
 
606 aa  638    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.42621  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2021  GTP-binding protein TypA  69.69 
 
 
606 aa  858    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487667  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2746  GTP-binding protein TypA  87.62 
 
 
607 aa  1092    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.163334  normal  0.214192 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0772  GTP-binding protein TypA  66.78 
 
 
610 aa  835    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.260784 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0554  small GTP-binding protein  53.07 
 
 
614 aa  643    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.478934  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0763  small GTP-binding protein domain-containing protein  54.55 
 
 
596 aa  639    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.202624 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1923  GTP-binding protein TypA  68.7 
 
 
608 aa  858    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.289402  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0720  GTP-binding protein TypA  59.64 
 
 
609 aa  726    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000568805  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0347  GTP-binding protein TypA  58.48 
 
 
606 aa  708    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0448  EF-Tu; elongation factor Tu  52.55 
 
 
606 aa  638    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1211  GTP-binding protein TypA  53.15 
 
 
602 aa  662    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000229587  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4648  GTP-binding protein TypA  68.2 
 
 
608 aa  854    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0457537  normal  0.313247 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4025  GTP-binding protein TypA  54.62 
 
 
606 aa  653    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.759535 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0999  GTP-binding protein TypA  68.7 
 
 
608 aa  858    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.191284  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3380  GTP-binding protein TypA  90.43 
 
 
608 aa  1125    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.465428  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1243  GTP-binding protein TypA  53.63 
 
 
602 aa  640    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.590892 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3013  GTP-binding protein TypA  54.23 
 
 
598 aa  665    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00684443  normal  0.862296 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3506  GTP-binding protein TypA  54.95 
 
 
601 aa  663    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000140002  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0169  GTP-binding protein TypA  57.33 
 
 
607 aa  697    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4166  GTP-binding protein TypA  51.57 
 
 
614 aa  648    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00701473  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0307  GTP-binding protein TypA  58.68 
 
 
609 aa  708    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0237117  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0770  tyrosine binding protein  52.62 
 
 
598 aa  644    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1525  GTP-binding protein TypA  54.45 
 
 
597 aa  645    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00490404 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1770  GTP-binding protein TypA  65.51 
 
 
603 aa  826    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0712941  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3483  GTP-binding virulence regulator protein BipA  59.14 
 
 
607 aa  694    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.325344 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0330  GTP-binding protein TypA/BipA  54.65 
 
 
608 aa  643    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1748  GTP-binding protein TypA  68.86 
 
 
608 aa  859    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.623717  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2557  GTP-binding protein TypA  68.37 
 
 
608 aa  853    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08221  tyrosine binding protein  52.79 
 
 
598 aa  645    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.848748  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0013  GTP-binding protein TypA/BipA  53.31 
 
 
602 aa  650    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0103  GTP-binding protein TypA  55.48 
 
 
607 aa  635    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.101751  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2542  GTP-binding protein TypA  52.93 
 
 
614 aa  645    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0446151  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0077  GTP-binding protein TypA  53.24 
 
 
602 aa  650    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08241  tyrosine binding protein  52.41 
 
 
598 aa  645    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2137  GTP-binding protein TypA  89.07 
 
 
607 aa  1108    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.011912  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0511  regulatory protein TypA  57.64 
 
 
608 aa  695    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2526  GTP-binding protein TypA  54.47 
 
 
607 aa  638    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0540885 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1259  GTP-binding protein TypA  67.49 
 
 
602 aa  823    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.273411 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2429  GTP-binding protein TypA  89.24 
 
 
607 aa  1111    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.456233  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2813  GTP-binding protein TypA  68.2 
 
 
608 aa  853    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.472576 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3455  GTP-binding protein TypA  59.31 
 
 
603 aa  718    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000132117  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0699  GTP-binding protein TypA  55.81 
 
 
607 aa  638    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.170083  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0239  GTP-binding protein TypA  55.23 
 
 
608 aa  688    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0644  GTP-binding protein TypA  55.98 
 
 
627 aa  649    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.770181  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0373  GTP-binding protein TypA  56.63 
 
 
615 aa  704    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0554499  normal  0.0314222 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2024  GTP-binding protein TypA  69.52 
 
 
607 aa  853    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.213403 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0167  GTP-binding protein TypA  68.7 
 
 
608 aa  858    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.139003  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1007  GTP-binding protein TypA  52.22 
 
 
614 aa  640    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000478233  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1235  GTP-binding protein TypA  53.3 
 
 
606 aa  637    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.684296  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1771  GTP-binding protein TypA  68.86 
 
 
608 aa  859    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.374634  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1027  GTP-binding protein TypA  67.87 
 
 
608 aa  853    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1024  GTP-binding protein TypA  60.23 
 
 
623 aa  739    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3364  GTP-binding protein TypA  53.32 
 
 
607 aa  638    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2558  GTP-binding protein TypA  87.79 
 
 
609 aa  1096    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.551008  hitchhiker  0.00829209 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2027  GTP-binding protein TypA  54.58 
 
 
610 aa  646    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1744  GTP-binding protein TypA  54.58 
 
 
610 aa  646    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0417  GTP-binding protein  60.26 
 
 
616 aa  709    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0525699  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4442  GTP-binding protein TypA  54.13 
 
 
596 aa  649    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0306  GTP-binding protein TypA  60.63 
 
 
603 aa  731    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.562357  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3718  GTP-binding protein TypA  60.63 
 
 
603 aa  731    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0941  GTP-binding protein TypA  59.47 
 
 
602 aa  731    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0324  GTP-binding protein TypA  59.8 
 
 
603 aa  725    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000010951  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0339  GTP-binding protein TypA  57.95 
 
 
608 aa  712    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0649933 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1389  GTP-binding protein TypA  68.2 
 
 
608 aa  853    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67560  GTP-binding protein TypA/BipA  58.32 
 
 
605 aa  716    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.24734  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2298  membrane GTPase for stress response  53.05 
 
 
613 aa  643    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08211  tyrosine binding protein  53.39 
 
 
600 aa  644    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.96814  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1918  putative GTP-binding elongation factor protein  80.17 
 
 
610 aa  999    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.23891  normal  0.145014 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0153  GTP-binding protein TypA  56.74 
 
 
605 aa  698    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.143377  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0771  GTP-binding protein TypA/BipA (tyrosine phosphorylated protein A)  52.72 
 
 
615 aa  639    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0726544  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0301  GTP-binding protein TypA  60.96 
 
 
603 aa  732    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00567265 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1507  GTP-binding protein TypA  67.87 
 
 
608 aa  853    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1499  GTP-binding protein TypA  68.7 
 
 
608 aa  858    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.584386  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>