More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1462 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA2724  NAD-reducing hydrogenase, alpha subunit  52.94 
 
 
610 aa  640    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000462044  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0979  NADH dehydrogenase  58.01 
 
 
632 aa  718    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1462  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  100 
 
 
627 aa  1288    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.185641 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1670  hydrogen dehydrogenase  56.76 
 
 
598 aa  694    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3858  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  76.27 
 
 
603 aa  925    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0528  putative NADH dehydrogenase subunit  74.16 
 
 
610 aa  897    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.704697  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2247  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  61.63 
 
 
627 aa  690    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.179824  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1217  hydrogenase, NADP-reducing subunit C  48.88 
 
 
588 aa  575  1.0000000000000001e-163  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.180172 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2751  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  42.95 
 
 
603 aa  478  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4116  hydrogen dehydrogenase  43.46 
 
 
603 aa  465  9.999999999999999e-131  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.502813  normal  0.19956 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1522  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  42.01 
 
 
602 aa  461  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000148322  hitchhiker  0.000569435 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1018  NADH dehydrogenase (quinone)  44.47 
 
 
407 aa  321  1.9999999999999998e-86  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1397  NADH dehydrogenase (quinone)  35.57 
 
 
597 aa  314  2.9999999999999996e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0209404  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4654  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  42.97 
 
 
535 aa  311  2.9999999999999997e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1338  NADH dehydrogenase (quinone)  41.38 
 
 
572 aa  311  2.9999999999999997e-83  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0784  NADH dehydrogenase (quinone)  41.82 
 
 
408 aa  310  5e-83  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0993  NADH dehydrogenase (quinone)  36.95 
 
 
610 aa  310  5.9999999999999995e-83  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1828  NADH dehydrogenase (quinone)  42.31 
 
 
407 aa  310  5.9999999999999995e-83  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1024  NADH dehydrogenase (quinone)  41.03 
 
 
407 aa  309  8e-83  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0919  NADH dehydrogenase (quinone)  37.93 
 
 
596 aa  308  2.0000000000000002e-82  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0173  NADH dehydrogenase (quinone)  36.25 
 
 
597 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1170  NADH dehydrogenase (quinone)  36.34 
 
 
602 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4112  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  35.9 
 
 
656 aa  306  7e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.483313  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0935  NADH dehydrogenase (quinone)  42.34 
 
 
607 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0913  NADH dehydrogenase (quinone)  42.34 
 
 
607 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0845  NADH dehydrogenase (quinone)  39.92 
 
 
572 aa  306  1.0000000000000001e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0991  NADH dehydrogenase (quinone)  40.2 
 
 
539 aa  305  1.0000000000000001e-81  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1248  NADH dehydrogenase (quinone)  37.27 
 
 
604 aa  305  2.0000000000000002e-81  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.600832  normal  0.0289049 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0720  NADH dehydrogenase (quinone)  41.3 
 
 
545 aa  305  2.0000000000000002e-81  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00999729  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0696  NADH dehydrogenase (quinone)  40.41 
 
 
545 aa  304  3.0000000000000004e-81  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000417436  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1274  NADH dehydrogenase (quinone)  41.32 
 
 
562 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.651709 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1686  NADH dehydrogenase (quinone)  40.99 
 
 
545 aa  304  3.0000000000000004e-81  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0157  NADH dehydrogenase (quinone)  36.19 
 
 
626 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0624  NADH dehydrogenase (quinone)  41.6 
 
 
614 aa  304  4.0000000000000003e-81  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000168904  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3350  NADH dehydrogenase I, F subunit  39.01 
 
 
591 aa  301  2e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.50901  normal  0.051471 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0472  NADH dehydrogenase (quinone)  43.2 
 
 
594 aa  301  3e-80  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.524488  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1872  NADH-quinone oxidoreductase F subunit  42.04 
 
 
438 aa  300  4e-80  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.901047  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0098  NADH dehydrogenase (quinone)  36.27 
 
 
535 aa  300  5e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0095  NADH dehydrogenase (quinone)  36.08 
 
 
535 aa  300  6e-80  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.693174 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2713  NADH dehydrogenase (quinone)  37.3 
 
 
552 aa  298  2e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0343  NADH dehydrogenase I, F subunit  38.45 
 
 
591 aa  296  6e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3600  NADH dehydrogenase (quinone)  35.35 
 
 
614 aa  296  9e-79  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0926  NADH dehydrogenase I subunit F  43 
 
 
431 aa  296  9e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0657  NADH dehydrogenase (quinone)  37.62 
 
 
590 aa  295  1e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.210561  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4005  NADH dehydrogenase (quinone)  39.02 
 
 
593 aa  296  1e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42089e-25 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1278  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.93 
 
 
444 aa  295  2e-78  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.327335  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2479  NADH dehydrogenase (quinone)  44.56 
 
 
535 aa  295  2e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.858375  normal  0.575903 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3133  NADH dehydrogenase (quinone)  37.86 
 
 
590 aa  295  2e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.846536  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1168  NADH dehydrogenase (quinone)  38.38 
 
 
538 aa  295  2e-78  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.073062  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0149  NADH dehydrogenase (quinone)  39.06 
 
 
596 aa  295  2e-78  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0429  NADH dehydrogenase (quinone)  36.86 
 
 
624 aa  294  3e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2233  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  37.32 
 
 
597 aa  294  4e-78  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0543  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  43.46 
 
 
443 aa  293  7e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.315884  normal  0.338133 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2708  NADH dehydrogenase I, F subunit  40.75 
 
 
488 aa  293  8e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4239  NADH dehydrogenase (quinone)  38.24 
 
 
593 aa  293  9e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3921  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  43.5 
 
 
593 aa  291  2e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3830  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  34.77 
 
 
677 aa  291  2e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0559  NADH dehydrogenase (quinone)  36.55 
 
 
624 aa  291  2e-77  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.382532  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3618  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  41.02 
 
 
421 aa  290  4e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.997911  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6089  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  43.04 
 
 
447 aa  290  4e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0248618 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2099  NADH dehydrogenase (quinone)  44.07 
 
 
634 aa  290  5.0000000000000004e-77  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0860011  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2160  NADH dehydrogenase (quinone)  40.21 
 
 
562 aa  290  6e-77  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0757022  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1857  NADH dehydrogenase (quinone)  34.83 
 
 
600 aa  289  9e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0914  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.69 
 
 
446 aa  289  9e-77  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0099  NADH dehydrogenase (quinone)  34.25 
 
 
597 aa  289  9e-77  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.953797  hitchhiker  0.000000556523 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06320  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 51 kDa subunit  35.85 
 
 
594 aa  289  1e-76  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000903471  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1086  NADH dehydrogenase (quinone)  40.69 
 
 
526 aa  289  1e-76  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0109  NADH dehydrogenase (quinone)  41.18 
 
 
656 aa  288  2e-76  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2139  NADH dehydrogenase (quinone)  39.39 
 
 
596 aa  288  2e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.306565  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3804  NADH dehydrogenase (quinone)  34.05 
 
 
595 aa  288  2e-76  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1496  NADH dehydrogenase I subunit F  41.99 
 
 
449 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.376582  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1110  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  37.15 
 
 
569 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.163971 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0341  NADH dehydrogenase (quinone)  36.08 
 
 
597 aa  288  2.9999999999999996e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.024737  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2768  NADH dehydrogenase I subunit F  41.99 
 
 
449 aa  287  5e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.261993  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1887  NADH dehydrogenase (quinone)  37.7 
 
 
592 aa  286  5.999999999999999e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2808  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  44 
 
 
452 aa  286  9e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.318521 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0822  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.26 
 
 
426 aa  286  1.0000000000000001e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.76792  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2828  NADH dehydrogenase I subunit F  42.13 
 
 
445 aa  285  1.0000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.208712  normal  0.514139 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0724  NADH dehydrogenase (quinone)  40 
 
 
485 aa  285  2.0000000000000002e-75  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0713  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  42.44 
 
 
426 aa  284  3.0000000000000004e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.591559  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1368  NADH dehydrogenase I subunit F  41.6 
 
 
445 aa  284  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.104051  normal  0.821975 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3423  NADH dehydrogenase I subunit F  41.6 
 
 
445 aa  284  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0225  NADH dehydrogenase (quinone)  41.58 
 
 
417 aa  284  4.0000000000000003e-75  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4052  NADH dehydrogenase (quinone)  41.99 
 
 
543 aa  284  4.0000000000000003e-75  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.166316 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2577  NADH dehydrogenase I subunit F  41.6 
 
 
445 aa  284  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.85076  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2433  NADH dehydrogenase I subunit F  41.6 
 
 
445 aa  284  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2660  NADH dehydrogenase I subunit F  41.6 
 
 
445 aa  284  4.0000000000000003e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.142172  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3542  NADH dehydrogenase (quinone)  38.67 
 
 
537 aa  284  4.0000000000000003e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02209  NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F  41.6 
 
 
445 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1373  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  41.6 
 
 
445 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00215992  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2721  NAD-reducing hydrogenase, alpha subunit  36.89 
 
 
570 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02169  hypothetical protein  41.6 
 
 
445 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4331  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  41.04 
 
 
441 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2804  NADH dehydrogenase (quinone)  34.35 
 
 
636 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.260588 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4354  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  41.04 
 
 
441 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.168378  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0807  NADH dehydrogenase (quinone)  41.21 
 
 
404 aa  283  5.000000000000001e-75  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2438  NADH dehydrogenase I subunit F  41.6 
 
 
445 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0272  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  41.15 
 
 
434 aa  283  5.000000000000001e-75  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4199  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  41.04 
 
 
441 aa  283  6.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0914  NADH:ubiquinone oxidoreductase, NADH-binding (51 kD) subunit  32.25 
 
 
571 aa  283  9e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>