37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1306 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1306  hypothetical protein  100 
 
 
186 aa  381  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.457256 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3543  hypothetical protein  62.84 
 
 
178 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.9715  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4835  hypothetical protein  56.25 
 
 
183 aa  203  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.261527  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0335  hypothetical protein  55.49 
 
 
190 aa  194  5.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.212424 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0262  hypothetical protein  54.35 
 
 
186 aa  190  8e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4984  hypothetical protein  57.14 
 
 
198 aa  190  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0100  hypothetical protein  53.11 
 
 
179 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0319  hypothetical protein  53.11 
 
 
179 aa  182  3e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.408785 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0384  hypothetical protein  52.25 
 
 
182 aa  182  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0314  hypothetical protein  53.11 
 
 
179 aa  181  6e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.154822  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0427  hypothetical protein  52.72 
 
 
183 aa  169  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0662  hypothetical protein  40.84 
 
 
198 aa  121  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0681  hypothetical protein  44.3 
 
 
191 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5967  hypothetical protein  42.21 
 
 
195 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.239961 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3285  hypothetical protein  44.81 
 
 
195 aa  118  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2556  hypothetical protein  40.84 
 
 
205 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0825  hypothetical protein  40.31 
 
 
207 aa  115  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2416  hypothetical protein  40.31 
 
 
207 aa  115  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0029  hypothetical protein  40.31 
 
 
207 aa  115  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.0034848  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0288  hypothetical protein  40.31 
 
 
207 aa  115  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0583  hypothetical protein  40.31 
 
 
207 aa  115  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.287493  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0986  hypothetical protein  40.31 
 
 
207 aa  115  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.516834  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2683  hypothetical protein  39.79 
 
 
205 aa  115  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0655  hypothetical protein  42.29 
 
 
205 aa  115  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2665  hypothetical protein  40.91 
 
 
195 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2636  hypothetical protein  40.91 
 
 
195 aa  114  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2025  hypothetical protein  40.91 
 
 
195 aa  114  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.135997  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0829  hypothetical protein  39.8 
 
 
207 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0451  hypothetical protein  42.67 
 
 
198 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0472257  normal  0.862422 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2466  hypothetical protein  42.96 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0876741  normal  0.655519 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0488  hypothetical protein  35.86 
 
 
190 aa  107  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0470  hypothetical protein  44.7 
 
 
193 aa  107  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1822  hypothetical protein  44.09 
 
 
206 aa  104  8e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0542  hypothetical protein  36.73 
 
 
191 aa  104  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.348693  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0483  hypothetical protein  54.95 
 
 
193 aa  102  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.515009  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0562  hypothetical protein  51.09 
 
 
195 aa  99.8  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.576832  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2572  hypothetical protein  43.28 
 
 
197 aa  95.9  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00804347  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>