More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1272 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1272  ABC transporter-related protein  100 
 
 
548 aa  1091    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000618356 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1639  ABC peptide transporter, ATPase subunit  59.21 
 
 
543 aa  625  1e-178  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0125273  normal  0.22661 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5368  ABC transporter, ATPase subunit  59.78 
 
 
540 aa  622  1e-177  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181181  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1981  ABC transporter, ATP-binding protein  60.33 
 
 
544 aa  619  1e-176  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000154276  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2498  ABC transporter related  59.03 
 
 
544 aa  620  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000299365  normal  0.0176936 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2078  ABC transporter related  59.6 
 
 
540 aa  619  1e-176  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0240438  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6018  ABC transporter related  59.78 
 
 
540 aa  618  1e-176  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.685553  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1961  ABC transporter related  59.89 
 
 
540 aa  621  1e-176  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.323177  normal  0.323319 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2091  ABC transporter related  59.89 
 
 
540 aa  621  1e-176  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.160498  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2059  ABC transporter related  59.78 
 
 
540 aa  618  1e-176  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0427547  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1380  ABC transporter related  58.7 
 
 
539 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0115992  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1217  ABC transporter related  59.6 
 
 
540 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.322449  normal  0.502892 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2990  ABC transporter, ATPase subunit  58.11 
 
 
559 aa  598  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2126  ABC transporter related  58.5 
 
 
556 aa  592  1e-168  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2143  ABC transporter-related protein  57.71 
 
 
549 aa  590  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1604  ABC transporter, ATP-binding protein  59.6 
 
 
549 aa  588  1e-166  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000882575  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3207  peptide/opine/nickel uptake ABC transporter ATP-binding protein  59.6 
 
 
549 aa  588  1e-166  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000664332  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2631  ABC transporter, ATP-binding protein  59.6 
 
 
549 aa  587  1e-166  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000111605  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4998  ABC transporter, ATPase subunit  57.66 
 
 
547 aa  588  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.465618 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2106  peptide/opine/nickel uptake ABC transporter ATP-binding protein  59.6 
 
 
549 aa  588  1e-166  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00388823  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1451  ABC transporter related  57.09 
 
 
555 aa  588  1e-166  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2544  peptide/opine/nickel uptake ABC transporter ATP-binding protein  59.6 
 
 
549 aa  588  1e-166  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303665  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2490  peptide/opine/nickel uptake ABC transporter ATP-binding protein  59.42 
 
 
549 aa  585  1e-166  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0280689  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2014  ABC transporter related  57.71 
 
 
534 aa  586  1e-166  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0103436  normal  0.550427 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1379  peptide/opine/nickel uptake ABC transporter ATP-binding protein  59.6 
 
 
549 aa  588  1e-166  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1722  ABC transporter related  57.22 
 
 
544 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.185167  normal  0.489331 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1111  ABC transporter related  57.65 
 
 
551 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3811  ABC transporter related  56.94 
 
 
563 aa  578  1e-164  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.148208 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1017  ABC transporter related  57.4 
 
 
551 aa  580  1e-164  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0546481 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6371  ABC transporter related  57.04 
 
 
544 aa  581  1e-164  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1707  ABC transporter related  57.04 
 
 
544 aa  581  1e-164  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1176  ABC transporter ATP-binding protein  57.73 
 
 
551 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000161898  normal  0.341996 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2423  ABC transporter related  55.76 
 
 
563 aa  575  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00102758  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2976  ABC transporter related  57.99 
 
 
562 aa  575  1.0000000000000001e-163  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.100933  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3251  ABC transporter-related protein  57.07 
 
 
570 aa  573  1.0000000000000001e-162  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1915  ABC transporter related  57.14 
 
 
545 aa  574  1.0000000000000001e-162  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1813  ABC transporter related  57.14 
 
 
545 aa  574  1.0000000000000001e-162  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.279903  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1540  ABC transporter related  55.8 
 
 
533 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.478578 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2131  ABC transporter related  57.22 
 
 
565 aa  567  1e-160  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2744  ABC transporter related  58.74 
 
 
544 aa  558  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3002  ABC transporter related  55.09 
 
 
531 aa  555  1e-157  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0011  ABC transporter related  54.46 
 
 
553 aa  555  1e-157  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0817  ABC transporter related  55.66 
 
 
545 aa  548  1e-155  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.252314  normal  0.0669471 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2209  ABC transporter related  55.45 
 
 
542 aa  550  1e-155  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326804  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1933  ABC transporter related  55.09 
 
 
542 aa  546  1e-154  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.120655  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1824  ABC transporter related  54.91 
 
 
542 aa  548  1e-154  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.160839  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4080  ABC transporter related  52.19 
 
 
542 aa  548  1e-154  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3363  ABC transporter related  54.11 
 
 
542 aa  542  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29680  ABC transporter, ATP binding component  54.74 
 
 
537 aa  543  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0246021  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3489  glutathione import ATP-binding protein GsiA  54.74 
 
 
537 aa  542  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3722  ABC transporter related  54.2 
 
 
535 aa  545  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00680128  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0247  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (peptide)  53.47 
 
 
542 aa  540  9.999999999999999e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0006  ABC transporter, ATP-binding protein  53.37 
 
 
550 aa  540  9.999999999999999e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0296287  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2057  ABC transporter related  53.83 
 
 
537 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0471715  normal  0.693771 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0982  ABC transporter related protein  52.9 
 
 
564 aa  539  9.999999999999999e-153  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.073817  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4150  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  54.74 
 
 
534 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.971322  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1101  ABC transporter related  54 
 
 
545 aa  536  1e-151  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0006  ABC transporter, ATP-binding protein  53.19 
 
 
541 aa  538  1e-151  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3720  ABC transporter, ATP-binding protein  53.47 
 
 
536 aa  537  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.59645  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1478  ABC oligopeptide transporter, fused ATPase subunits  54.01 
 
 
539 aa  536  1e-151  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0559812  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3919  ABC transporter related  52.75 
 
 
543 aa  536  1e-151  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2636  ABC transporter related  53.16 
 
 
547 aa  536  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.723017  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1715  ABC transporter related  54.74 
 
 
535 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7051  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  53.47 
 
 
545 aa  536  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1234  ABC transporter related  53.36 
 
 
545 aa  538  1e-151  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0129  ABC transporter related  53.83 
 
 
539 aa  535  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4449  ABC transporter related  52.91 
 
 
545 aa  532  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.875798 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0534  ABC transporter, ATP-binding protein  52.01 
 
 
536 aa  533  1e-150  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.574456  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3032  peptide ABC transporter, ATP-binding protein, putative  52.68 
 
 
525 aa  533  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158001  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3723  ABC transporter related  53.8 
 
 
545 aa  534  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41160  putative ATP-binding component of ABC transporter  54.56 
 
 
536 aa  532  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0464  ABC transporter, ATP-binding protein  52.01 
 
 
536 aa  531  1e-149  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4210  ABC transporter related  53.08 
 
 
545 aa  531  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.355372  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1755  ABC transporter  53.1 
 
 
536 aa  530  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0108432 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2905  ABC transporter  51.94 
 
 
525 aa  530  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.252651 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3117  ABC transporter-like  53.32 
 
 
527 aa  531  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.70609  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2887  ABC transporter related  53.1 
 
 
539 aa  529  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.873295  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0382  ABC transporter related  53.99 
 
 
543 aa  528  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0292  ABC transporter, ATPase subunit  53.36 
 
 
545 aa  526  1e-148  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3744  ABC transporter-like  53.31 
 
 
537 aa  526  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.398747  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1541  ABC transporter related  52.38 
 
 
541 aa  526  1e-148  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4135  ABC transporter related  52.92 
 
 
545 aa  527  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2549  ABC transporter related  52.74 
 
 
530 aa  528  1e-148  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.165477 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0245  ABC transporter related  51.72 
 
 
542 aa  525  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5135  ABC transporter related  54.26 
 
 
571 aa  523  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.423456  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3076  ABC transporter-like  51.85 
 
 
524 aa  523  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3602  ABC transporter related  50.92 
 
 
534 aa  525  1e-147  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121107  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0658  ABC peptide transporter  53.45 
 
 
533 aa  523  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37840  putative ATP-binding component of ABC transporter  54.29 
 
 
536 aa  522  1e-147  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000360917  normal  0.225303 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0532  putative peptide ABC transporter, ATP-binding protein  51.26 
 
 
530 aa  518  1e-146  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2178  ABC transporter-like  52.28 
 
 
536 aa  520  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1774  ABC transporter related  52.99 
 
 
545 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.846994  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3860  ABC transporter related  52.64 
 
 
531 aa  518  1e-146  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4520  ABC transporter related  54.36 
 
 
539 aa  520  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.425757 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3530  ABC transporter related  52.63 
 
 
545 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.463612  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0701  peptide ABC transporter ATPase  52.37 
 
 
543 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3475  ABC transporter related  53.65 
 
 
536 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0529  ABC transporter related  52.65 
 
 
533 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.328091 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2329  ABC transporter, ATP-binding protein  52.1 
 
 
529 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.787685  normal  0.0242694 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1804  ABC transporter related  51.91 
 
 
537 aa  516  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.147708 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>