123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1268 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1268  hypothetical protein  100 
 
 		 169 aa  347  6e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000147715 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1259  hypothetical protein  67.97 
 
 		 155 aa  211  2.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.233853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0494  hypothetical protein  70.47 
 
 		 158 aa  210  7e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.132085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0448  hypothetical protein  56.47 
 
 		 161 aa  199  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.673346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1636  hypothetical protein  61.9 
 
 		 160 aa  197  6e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.254762  normal  0.0395738 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1775  protein of unknown function DUF411  58.6 
 
 		 162 aa  195  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0856709  normal  0.248389 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0365  RC180  56.79 
 
 		 198 aa  194  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3488  hypothetical protein  69.7 
 
 		 172 aa  194  5.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3675  protein of unknown function DUF411  68.55 
 
 		 155 aa  193  8.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1113  RC180  59.48 
 
 		 162 aa  192  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2881  periplasmic protein  58.82 
 
 		 162 aa  192  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2729  hypothetical protein  59.48 
 
 		 162 aa  192  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2908  hypothetical protein  57.67 
 
 		 182 aa  189  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.579881  normal  0.0130755 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1809  hypothetical protein  60.61 
 
 		 205 aa  187  4e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536973 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1206  protein of unknown function DUF411  63.28 
 
 		 164 aa  186  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.207689  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2602  hypothetical protein  63.28 
 
 		 164 aa  186  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.245258  normal  0.533828 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1668  hypothetical protein  60.98 
 
 		 174 aa  182  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5104  protein of unknown function DUF411  64.52 
 
 		 145 aa  181  6e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0385442 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5340  protein of unknown function DUF411  64.52 
 
 		 163 aa  179  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1723  protein of unknown function DUF411  64.52 
 
 		 163 aa  179  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2485  hypothetical protein  63.52 
 
 		 160 aa  171  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1836  protein of unknown function DUF411  58.64 
 
 		 162 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190449  hitchhiker  0.000714625 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1155  hypothetical protein  49.67 
 
 		 157 aa  160  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0650  hypothetical protein  54.69 
 
 		 146 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.500455 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2261  hypothetical protein  53.38 
 
 		 149 aa  148  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0574  hypothetical protein  53.66 
 
 		 157 aa  147  6e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0152863  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4113  protein of unknown function DUF411  48.34 
 
 		 153 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3790  hypothetical protein  48.67 
 
 		 149 aa  135  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.656472  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1377  protein of unknown function DUF411  51.15 
 
 		 160 aa  134  8e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.826285  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0535  hypothetical protein  49.22 
 
 		 162 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3616  hypothetical protein  48.7 
 
 		 152 aa  131  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0453249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3954  hypothetical protein  48.7 
 
 		 152 aa  131  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.147787  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0801  hypothetical protein  44.85 
 
 		 144 aa  131  5e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1048  protein of unknown function DUF411  50 
 
 		 153 aa  128  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7980  protein of unknown function DUF411  46.2 
 
 		 159 aa  128  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.761701  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0065  hypothetical protein  48.32 
 
 		 160 aa  127  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.310876 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07780  hypothetical protein  46.98 
 
 		 144 aa  127  6e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1108  protein of unknown function DUF411  47.02 
 
 		 158 aa  127  8.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.215685  normal  0.0443803 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1853  hypothetical protein  45.21 
 
 		 142 aa  127  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00728188 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3765  hypothetical protein  43.23 
 
 		 150 aa  126  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.154858  normal  0.256007 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4041  hypothetical protein  43.23 
 
 		 150 aa  126  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.613288  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00387  putative metal-binding protein  46.58 
 
 		 172 aa  126  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.644994  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1928  MerR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 161 aa  125  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.634719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62390  hypothetical protein  51.22 
 
 		 149 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1648  hypothetical protein  41.33 
 
 		 151 aa  125  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0676923  normal  0.293993 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3987  protein of unknown function DUF411  46.94 
 
 		 147 aa  125  4.0000000000000003e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2147  protein of unknown function DUF411  45.45 
 
 		 179 aa  124  6e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.716835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00311  putative metal-binding protein  44.59 
 
 		 172 aa  123  9e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.53204  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5430  hypothetical protein  44.74 
 
 		 149 aa  124  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0360  hypothetical protein  39.86 
 
 		 185 aa  123  1e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.185793 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1002  protein of unknown function DUF411  53.1 
 
 		 158 aa  123  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0636207 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2562  protein of unknown function DUF411  45.22 
 
 		 156 aa  123  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.157715  normal  0.0179855 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1808  hypothetical protein  44.97 
 
 		 150 aa  122  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3534  hypothetical protein  43.97 
 
 		 142 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0653  protein of unknown function, DUF  40.94 
 
 		 151 aa  122  2e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00650125  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4286  hypothetical protein  47.76 
 
 		 171 aa  122  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0248  hypothetical protein  47.76 
 
 		 171 aa  122  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1837  hypothetical protein  48.36 
 
 		 214 aa  120  6e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0757746  normal  0.465801 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1968  hypothetical protein  47.48 
 
 		 171 aa  121  6e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0215  hypothetical protein  45.65 
 
 		 154 aa  121  6e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1826  hypothetical protein  43.26 
 
 		 142 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.202359  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2203  hypothetical protein  43.26 
 
 		 142 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2533  hypothetical protein  49.55 
 
 		 160 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3891  twin-arginine translocation pathway signal  46.71 
 
 		 154 aa  118  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00492832  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2643  hypothetical protein  50.82 
 
 		 151 aa  118  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1018  protein of unknown function DUF411  52.29 
 
 		 156 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.452741 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1707  hypothetical protein  45.24 
 
 		 149 aa  118  4.9999999999999996e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0145  CopG protein  36.67 
 
 		 149 aa  117  7.999999999999999e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5184  hypothetical protein  43.14 
 
 		 151 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.314093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1592  hypothetical protein  45.9 
 
 		 217 aa  115  3e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0709  hypothetical protein  45.9 
 
 		 212 aa  115  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187795 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01267  hypothetical protein  42.95 
 
 		 149 aa  114  5e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0560  hypothetical protein  47.54 
 
 		 150 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1695  hypothetical protein  51.38 
 
 		 146 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.383308  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3246  hypothetical protein  36 
 
 		 170 aa  112  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.441974  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0275  hypothetical protein  46.46 
 
 		 156 aa  112  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.286221  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0829  hypothetical protein  45.99 
 
 		 144 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0011  hypothetical protein  44.67 
 
 		 151 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00250694  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0013  hypothetical protein  44.67 
 
 		 151 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0011  hypothetical protein  44.67 
 
 		 151 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.680921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9870  hypothetical protein  42.21 
 
 		 151 aa  112  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1274  hypothetical protein  36 
 
 		 170 aa  112  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0477826  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2348  hypothetical protein  46.61 
 
 		 160 aa  112  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3937  ATP synthase F0, subunit B  42.96 
 
 		 168 aa  111  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2215  hypothetical protein  45.53 
 
 		 153 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0219296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2553  hypothetical protein  41.45 
 
 		 172 aa  111  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004189  CopG protein  41.61 
 
 		 149 aa  111  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1387  protein of unknown function DUF411  45.53 
 
 		 158 aa  111  6e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.27706  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3547  hypothetical protein  45.9 
 
 		 192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000884847  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4590  hypothetical protein  46.67 
 
 		 162 aa  110  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00406167  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2622  hypothetical protein  45.37 
 
 		 145 aa  109  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.406284  normal  0.5524 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1344  hypothetical protein  43.33 
 
 		 216 aa  108  3e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.259783 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4400  hypothetical protein  38.62 
 
 		 147 aa  108  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0698  hypothetical protein  43.44 
 
 		 212 aa  108  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.564854  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5377  hypothetical protein  43.8 
 
 		 151 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.290226 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1499  hypothetical protein  41.13 
 
 		 153 aa  105  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1353  metal-binding protein-like  43.09 
 
 		 182 aa  106  2e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.184569  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2133  hypothetical protein  43.8 
 
 		 142 aa  106  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3421  hypothetical protein  37.09 
 
 		 146 aa  105  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.600655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4900  hypothetical protein  43.2 
 
 		 157 aa  105  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>