33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1160 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1160  CRISPR-associated Cas5 family protein  100 
 
 		 218 aa  448  1e-125  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0825  CRISPR-associated protein Cas5 family  61.79 
 
 		 221 aa  282  2.0000000000000002e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0656  CRISPR-associated Csd1 family protein  64.79 
 
 		 222 aa  270  1e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1435  CRISPR-associated Cas5 family protein  52.36 
 
 		 237 aa  233  1.0000000000000001e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1296  CRISPR-associated Csd1 family protein  51.5 
 
 		 237 aa  232  4.0000000000000004e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1003  CRISPR-associated Cas5 family protein  49.76 
 
 		 221 aa  209  4e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1065  CRISPR-associated Csd1 family protein  53.05 
 
 		 227 aa  207  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0551157 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1972  CRISPR-associated protein Cas5 family  50.46 
 
 		 221 aa  203  1e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0602  CRISPR-associated Cas5d family protein  50.7 
 
 		 225 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.133599  normal  0.212171 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0476  hypothetical protein  47.83 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0829  CRISPR-associated RAMP Csd5d family protein  48.39 
 
 		 221 aa  192  4e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1629  CRISPR-associated protein Cas5 family  47.93 
 
 		 223 aa  191  1e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.122898  normal  0.364818 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1724  CRISPR-associated Cas5 family protein  49.52 
 
 		 218 aa  188  7e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31620  CRISPR-associated protein Cas5d  48.1 
 
 		 224 aa  185  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1940  CRISPR-associated Csd1 family protein  47.91 
 
 		 230 aa  182  3e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1477  CRISPR-associated protein Cas5 family  43.96 
 
 		 218 aa  181  7e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.540758  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1978  CRISPR-associated protein Cas5 family  41.98 
 
 		 220 aa  178  4.999999999999999e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0116209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2977  CRISPR-associated Cas5 family protein  47.06 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1658  CRISPR-associated protein Cas5 family  43.6 
 
 		 211 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02700  crispr-associated protein Cas5, dvulg subtype  47.94 
 
 		 204 aa  170  1e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.417483  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0497  CRISPR-associated Csd1 family protein  42.38 
 
 		 233 aa  158  6e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1488  Cas5 family CRISPR-associated protein  40.34 
 
 		 247 aa  152  4e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.107953 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3384  hypothetical protein  41.35 
 
 		 248 aa  151  7e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.773092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0238  CRISPR-associated Cas5d family protein  39.32 
 
 		 251 aa  145  6e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3581  Cas5 family CRISPR-associated protein  41.46 
 
 		 231 aa  144  8.000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3342  hypothetical protein  39.44 
 
 		 221 aa  135  5e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00560307  normal  0.552399 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2183  CRISPR-associated protein Cas5  29.76 
 
 		 224 aa  78.6  0.00000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0797  CRISPR-associated protein Cas5  28.5 
 
 		 211 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441473  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4334  CRISPR-associated Cas5 family protein  23.77 
 
 		 242 aa  54.7  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00683979  normal  0.0386207 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1009  CRISPR-associated Csd1 family protein  23.5 
 
 		 238 aa  52.8  0.000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3902  CRISPR-associated Cas5d family protein  24.66 
 
 		 237 aa  51.6  0.000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3520  CRISPR-associated Cas5 family protein  28.33 
 
 		 240 aa  47  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3650  CRISPR-associated protein Cas5 family  22.41 
 
 		 233 aa  45.8  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>