61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1158 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1158  CRISPR-associated Csd2 family protein  100 
 
 		 302 aa  627  1e-179  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0654  CRISPR-associated Csh2 family protein  68.83 
 
 		 309 aa  420  1e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0823  CRISPR-associated protein, Csd2 family  69.42 
 
 		 291 aa  411  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.582934  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1067  CRISPR-associated Csh2 family protein  63.83 
 
 		 284 aa  357  1.9999999999999998e-97  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0472036 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1298  CRISPR-associated Csh2 family protein  63.54 
 
 		 299 aa  355  5.999999999999999e-97  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.841348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2975  CRISPR-associated Csd2 family protein  63.03 
 
 		 290 aa  352  5.9999999999999994e-96  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.989998  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31600  CRISPR-associated protein Csd2  58.25 
 
 		 302 aa  349  3e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0831  CRISPR-associated Csd2 family protein  58.15 
 
 		 317 aa  345  4e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1938  CRISPR-associated Csh2 family protein  57.93 
 
 		 316 aa  337  1.9999999999999998e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.364907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0604  CRISPR-associated Csh2 family protein  59.22 
 
 		 293 aa  333  1e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.520474  normal  0.472142 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02698  crispr-associated protein, Csd2 family  58.1 
 
 		 288 aa  330  2e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.820948  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1631  CRISPR-associated protein, Csd2 family  54.69 
 
 		 312 aa  324  1e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.835293  normal  0.948126 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1974  CRISPR-associated protein, Csd2 family  56.57 
 
 		 317 aa  322  4e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0478  hypothetical protein  53.29 
 
 		 288 aa  321  9.999999999999999e-87  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1433  CRISPR-associated Csd2 family protein  49.44 
 
 		 366 aa  316  4e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.562068  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1005  CRISPR-associated Csd2 family protein  52.33 
 
 		 288 aa  315  4e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0495  CRISPR-associated Csh2 family protein  52.51 
 
 		 297 aa  306  4.0000000000000004e-82  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1726  CRISPR-associated Csd2 family protein  49.57 
 
 		 359 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1976  CRISPR-associated protein, Csd2 family  51.64 
 
 		 299 aa  298  9e-80  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.856064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1660  CRISPR-associated protein, Csd2 family  46.35 
 
 		 346 aa  296  4e-79  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1480  CRISPR-associated protein, Csd2 family  48.81 
 
 		 294 aa  286  2e-76  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1486  Csd2 family CRISPR-associated protein  48.58 
 
 		 326 aa  274  1.0000000000000001e-72  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.177259 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3382  CRISPR-associated RAMP protein, Cmr1 family  45.89 
 
 		 327 aa  257  2e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.860383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0236  CRISPR-associated Csd2 family protein  50 
 
 		 325 aa  254  1.0000000000000001e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3344  CRISPR-associated Csh2 family protein  47.48 
 
 		 295 aa  246  2e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00748339  normal  0.380655 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3579  Csd2 family CRISPR-associated protein  45.23 
 
 		 293 aa  238  5.999999999999999e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3522  CRISPR-associated Csd2 family protein  34.59 
 
 		 272 aa  138  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1007  CRISPR-associated Csh2 family protein  35.38 
 
 		 280 aa  132  6e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.143713  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3904  CRISPR-associated Csh2 family protein  31.27 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.264914  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3648  CRISPR-associated protein, Csd2 family  34.56 
 
 		 286 aa  126  5e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4332  CRISPR-associated Csd2 family protein  31.29 
 
 		 324 aa  115  7.999999999999999e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000155089  normal  0.180837 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0847  hypothetical protein  31.83 
 
 		 307 aa  109  5e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2325  CRISPR-associated Csh2 family protein  32.11 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2426  CRISPR-associated protein, Csh2 family  31.8 
 
 		 319 aa  95.1  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0614729  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0639  CRISPR-associated Csh2 family protein  29.74 
 
 		 321 aa  94  2e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00285412  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3202  CRISPR-associated Csh2 family protein  30.41 
 
 		 305 aa  93.6  3e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1072  CRISPR-associated Csh2 family protein  30.36 
 
 		 330 aa  93.2  5e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.618984  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0306  CRISPR-associated protein, Csh2 family  29.02 
 
 		 318 aa  91.7  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0623  CRISPR-associated protein, Csh2 family  29.21 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15240  CRISPR-associated protein, Csh2 family  26.28 
 
 		 302 aa  87.4  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.105097  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0269  CRISPR-associated Csh2 family protein  29.44 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2663  CRISPR-associated protein, Csh2 family  29.03 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1184  CRISPR-associated protein, Csh2 family  29.96 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1019  CRISPR-associated Csh2 family protein  26.75 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3938  CRISPR-associated protein, CT1132 family  28.7 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0938  CRISPR-associated Csh2 family protein  28.1 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1453  CRISPR-associated protein, Csh2 family  28.38 
 
 		 359 aa  77.8  0.0000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1881  CRISPR-associated Csh2 family protein  26.98 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.576122  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2520  hypothetical protein  26.79 
 
 		 301 aa  76.6  0.0000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1420  CRISPR-associated protein, Csh2 family  27.12 
 
 		 313 aa  75.9  0.0000000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.634971  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0973  CRISPR-associated protein, Csh2 family  31.31 
 
 		 334 aa  75.5  0.0000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2834  CRISPR-associated protein, Csh2 family  27.95 
 
 		 351 aa  74.7  0.000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2185  CRISPR-associated protein TM1801  26.82 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4290  CRISPR-associated protein, CT1132 family  26.88 
 
 		 356 aa  71.2  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0770  CRISPR-associated Csh2 family protein  25.71 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0795  CRISPR-associated protein TM1801  25.09 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0231  CRISPR-associated Csh2 family protein  23.77 
 
 		 291 aa  70.5  0.00000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.748958  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3331  CRISPR-associated protein, Csh2 family  27.92 
 
 		 340 aa  68.9  0.0000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2735  hypothetical protein  25.93 
 
 		 236 aa  67.8  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1292  CRISPR-associated protein, Csh2 family  25.65 
 
 		 306 aa  59.3  0.00000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0537  CRISPR-associated Csh2 family protein  28.75 
 
 		 329 aa  57.4  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>