73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1155 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1155  CRISPR-associated Cas4 family protein  100 
 
 
212 aa  437  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3906  CRISPR-associated Cas4 family protein  68.08 
 
 
212 aa  298  4e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.164887  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0822  CRISPR-associated protein Cas4  60.87 
 
 
206 aa  253  1.0000000000000001e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0652  CRISPR-associated Cas4 family protein  51.67 
 
 
210 aa  221  6e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.915701  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0494  CRISPR-associated exonuclease Cas4 family protein  50 
 
 
214 aa  194  7e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1975  CRISPR-associated protein Cas4  49.49 
 
 
255 aa  188  5e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1478  CRISPR-associated protein Cas4  50.75 
 
 
218 aa  181  6e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.470243 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3372  hypothetical protein  50.79 
 
 
218 aa  178  4.999999999999999e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1070  hypothetical protein  47.12 
 
 
204 aa  177  7e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0265039 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2723  CRISPR-associated Cas4 family protein  47.4 
 
 
208 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31590  CRISPR-associated protein Cas4  47.78 
 
 
199 aa  173  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0235  CRISPR-associated Cas4 family protein  45.23 
 
 
211 aa  172  3.9999999999999995e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1937  hypothetical protein  46.7 
 
 
216 aa  170  2e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.370637  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02697  crispr-associated protein Cas4  46.35 
 
 
210 aa  169  3e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.463213  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2652  CRISPR-associated protein Cas4  45.83 
 
 
212 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0303971  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1006  hypothetical protein  41.71 
 
 
215 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0356084  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0832  CRISPR-associated exonuclease Cas4 family protein  45.05 
 
 
228 aa  159  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0605  CRISPR-associated exonuclease Cas4 family protein  42.13 
 
 
216 aa  155  4e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.452129 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2974  CRISPR-associated Cas4 family protein  44.97 
 
 
212 aa  154  9e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.948346  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1632  CRISPR-associated protein Cas4  47.06 
 
 
218 aa  154  9e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.98908 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1432  CRISPR-associated Cas4 family protein  42.35 
 
 
214 aa  152  2.9999999999999998e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.343364  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3523  CRISPR-associated exonuclease Cas4 family protein  42.93 
 
 
218 aa  149  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1661  CRISPR-associated protein Cas4  40.28 
 
 
214 aa  148  7e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.975016  n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4560  CRISPR-associated protein Cas4  39.18 
 
 
194 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1299  hypothetical protein  40.31 
 
 
214 aa  145  5e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.938866  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0793  CRISPR-associated protein Cas4  46.81 
 
 
209 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.813459  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1006  CRISPR-associated Cas4 family protein  37.5 
 
 
219 aa  139  3e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4331  CRISPR-associated Cas4 family protein  39.9 
 
 
222 aa  137  7.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000854832  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4175  hypothetical protein  36.87 
 
 
196 aa  135  5e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000176829 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1975  CRISPR-associated protein Cas4  38.77 
 
 
220 aa  129  4.0000000000000003e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.360978  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3345  CRISPR-associated Cas4 family protein  40.74 
 
 
221 aa  124  1e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0218123  normal  0.382188 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1625  CRISPR-associated Cas1 family protein  36.13 
 
 
544 aa  123  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.575155  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1717  CRISPR-associated protein Cas4  35.38 
 
 
200 aa  121  9e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  2.73181e-25 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3647  CRISPR-associated protein Cas4  36.41 
 
 
225 aa  121  9e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1481  CRISPR-associated protein Cas4  34.51 
 
 
222 aa  121  9e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0479  RecB family exonuclease  35.47 
 
 
234 aa  120  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.957708  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0851  CRISPR-associated exonuclease Cas4 family protein  35.68 
 
 
224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2187  CRISPR-associated protein Cas4  34.98 
 
 
223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2233  CRISPR-associated Cas4 family protein  36.51 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.874224  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2461  CRISPR-associated protein Cas4  34.18 
 
 
196 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.587961 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0522  CRISPR-associated protein Cas4  31.82 
 
 
196 aa  106  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00230563  hitchhiker  0.00000101589 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0505  CRISPR-associated protein Cas4  31.82 
 
 
196 aa  106  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2974  CRISPR-associated protein Cas1  35.38 
 
 
545 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3507  PE-PGRS family protein  34.34 
 
 
190 aa  100  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.366327 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3119  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  30.26 
 
 
550 aa  91.7  8e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00000141365  normal 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2913  CRISPR-associated protein Cas1  32.46 
 
 
553 aa  90.5  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0184071  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2433  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  30.05 
 
 
570 aa  87.8  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0199418  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0057  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  33.65 
 
 
559 aa  84.7  9e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1872  CRISPR-associated Cas4 family protein  31.66 
 
 
198 aa  80.1  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4852  CRISPR-associated protein Cas1  30.33 
 
 
594 aa  79.3  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.464981  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3577  CRISPR-associated protein Cas4  30.05 
 
 
190 aa  75.5  0.0000000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1859  CRISPR-associated Cas4 family protein  26.4 
 
 
193 aa  75.5  0.0000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.343722  normal  0.533704 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1558  CRISPR-associated Cas4 family protein  27.69 
 
 
190 aa  75.1  0.0000000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.681932  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3305  CRISPR-associated Cas4 family protein  29.95 
 
 
198 aa  73.6  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.143494  normal  0.352212 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1441  CRISPR-associated protein Cas1  27.44 
 
 
598 aa  73.6  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0376991  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0565  CRISPR-associated protein Cas4  29.23 
 
 
202 aa  71.2  0.000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.234335  normal  0.250424 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5519  CRISPR-associated protein Cas1  30.43 
 
 
558 aa  70.1  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.28105 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0179  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  28.92 
 
 
580 aa  65.1  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2343  hypothetical protein  28.92 
 
 
333 aa  65.1  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1287  CRISPR-associated Cas4 family protein  27.23 
 
 
190 aa  62  0.000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.826986  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0536  protein of unknown function DUF83  30.71 
 
 
170 aa  57  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0513907  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15190  CRISPR-associated protein Cas4  21.93 
 
 
198 aa  54.7  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6022  CRISPR-associated protein Cas4  26.18 
 
 
195 aa  53.9  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.318812  normal  0.45154 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0637  CRISPR-associated Cas4 family protein  24.37 
 
 
191 aa  53.1  0.000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.042721  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1765  CRISPR-associated protein Cas4  28.69 
 
 
189 aa  50.8  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0774  CRISPR-associated exonuclease Cas4 family protein  21.28 
 
 
206 aa  48.1  0.0001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.356687  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0126  CRISPR-associated protein Cas4  22.47 
 
 
171 aa  45.4  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2841  CRISPR-associated protein Cas1  33.73 
 
 
525 aa  44.3  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00141566  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0728  CRISPR-associated Cas4 family protein  29.33 
 
 
172 aa  43.9  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0438  hypothetical protein  33.08 
 
 
220 aa  43.9  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.503828  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  27.35 
 
 
1019 aa  42.7  0.004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2603  hypothetical protein  29.05 
 
 
170 aa  42.4  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.519513  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03001  RecB family nuclease  26.67 
 
 
472 aa  41.6  0.009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>