49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0848 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0848  cytochrome c class I  100 
 
 
121 aa  237  2.9999999999999997e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2412  cytochrome c class I  35.35 
 
 
120 aa  55.1  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000673714  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0159  cytochrome c class I  43.75 
 
 
120 aa  52.4  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3190  cytochrome c class I  39.58 
 
 
111 aa  49.7  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1478  cytochrome CytM  35.62 
 
 
145 aa  48.9  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.611234 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3005  cytochrome c class I  42.22 
 
 
110 aa  47.4  0.00006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000505825  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2102  cytochrome c, class I  37.97 
 
 
268 aa  47  0.00009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.895116  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1021  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c subunit  29.46 
 
 
307 aa  46.2  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.121328  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3018  cytochrome c class I  40 
 
 
118 aa  46.2  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0223373  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3662  cytochrome c class I  34.67 
 
 
124 aa  46.2  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2650  hypothetical protein  37.7 
 
 
97 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0656  cytochrome c, class I  33.72 
 
 
283 aa  45.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.93712 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3640  cytochrome c class I  30.14 
 
 
417 aa  44.7  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.102782  normal  0.70332 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09091  cytochrome cM  35.44 
 
 
125 aa  44.7  0.0005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.670452 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0828  cytochrome c-550  34.67 
 
 
118 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000131619  hitchhiker  6.35976e-19 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4020  cytochrome c, class I  30 
 
 
124 aa  44.3  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.442148  normal  0.970341 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4408  cytochrome c-550  37.25 
 
 
118 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000137345  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0942  cytochrome c class I  32.86 
 
 
329 aa  43.9  0.0007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.240089 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4371  cytochrome c-550  34.67 
 
 
118 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00063902  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4425  cytochrome c-550  34.67 
 
 
118 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000170237  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3942  cytochrome c class I  28.44 
 
 
109 aa  43.9  0.0008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.914915 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  41.54 
 
 
675 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19980  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  39.68 
 
 
306 aa  43.5  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.181448  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4143  cytochrome c class I  33.33 
 
 
118 aa  43.5  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000375642  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2140  cytochrome c class I  31.71 
 
 
124 aa  43.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.986487  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2096  cytochrome c oxidase cbb3-type subunit III  32.26 
 
 
287 aa  42.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.04303  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8678  cytochrome c class I  30.34 
 
 
185 aa  42.4  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00176651  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4313  cytochrome c-550  33.33 
 
 
118 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.74805e-54 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4236  cytochrome c class I  26.97 
 
 
343 aa  42.7  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185461  normal  0.468789 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0557  cytochrome c, class I  38.67 
 
 
683 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4193  cytochrome c-550  33.33 
 
 
118 aa  42.4  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000176262  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4514  cytochrome c-550  33.33 
 
 
118 aa  42.4  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000708555  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4031  cytochrome c-550  33.33 
 
 
118 aa  42  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000040592  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2213  cytochrome c, mono- and diheme variant  35.21 
 
 
435 aa  41.6  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1948  cytochrome cM  32.39 
 
 
137 aa  41.6  0.003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1378  Quinoprotein glucose dehydrogenase  34.72 
 
 
769 aa  42  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.618452 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1680  cytochrome c oxidase, subunit II  39.29 
 
 
402 aa  42  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.450721  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4390  hypothetical protein  33.33 
 
 
110 aa  41.6  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.828991 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4041  cytochrome c-550  32 
 
 
118 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000123285  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11331  cytochrome cM  29.33 
 
 
130 aa  41.6  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.969799 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1140  cytochrome c, mono- and diheme variant  28 
 
 
269 aa  41.6  0.004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000421025  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0152  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  30.68 
 
 
195 aa  41.2  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16190  cytochrome c, mono- and diheme variants family  38.16 
 
 
263 aa  41.2  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.188569  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3836  putative p-cresol methylhydroxylase subunit  36.62 
 
 
106 aa  40.4  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2147  cytochrome c class I  28.77 
 
 
124 aa  40.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.620434 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2103  cytochrome c class I  28.77 
 
 
124 aa  40.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1687  menaquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b/c subunit  33.33 
 
 
255 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.615326  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2561  iron permease FTR1  43.33 
 
 
647 aa  40.4  0.009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  44 
 
 
675 aa  40  0.009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>