20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0646 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0646  DNA polymerase beta subunit  100 
 
 
99 aa  192  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1806  DNA polymerase beta domain protein region  51.52 
 
 
100 aa  96.3  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.897412  hitchhiker  0.0000000124073 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0863  DNA polymerase beta subunit  53 
 
 
107 aa  95.5  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1984  DNA polymerase beta subunit  50.51 
 
 
99 aa  90.9  5e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0233  DNA polymerase beta subunit  44.44 
 
 
105 aa  83.2  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0008  DNA polymerase beta domain protein region  39 
 
 
97 aa  69.3  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1818  hypothetical protein  44.66 
 
 
101 aa  67.4  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000143268  hitchhiker  0.0000000000225377 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3271  hypothetical protein  43.56 
 
 
101 aa  66.2  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0744  hypothetical protein  41.35 
 
 
102 aa  60.5  0.000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0151  hypothetical protein  36.36 
 
 
96 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.000205386  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1147  DNA polymerase beta domain protein region  30.3 
 
 
104 aa  56.6  0.0000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1467  hypothetical protein  40.4 
 
 
96 aa  56.2  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2462  DNA polymerase, beta-like region  41.86 
 
 
94 aa  53.9  0.0000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2611  DNA polymerase beta domain protein region  45.35 
 
 
94 aa  52.8  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0242  DNA polymerase beta domain protein region  34.52 
 
 
98 aa  52.4  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0817  DNA polymerase beta subunit  36.36 
 
 
100 aa  50.4  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3387  DNA polymerase beta subunit  37.37 
 
 
93 aa  50.4  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0753  DNA polymerase beta subunit  37 
 
 
112 aa  50.4  0.000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0206  DNA polymerase, beta-like region  43.08 
 
 
93 aa  46.6  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2721  DNA polymerase, beta-like region  39.78 
 
 
93 aa  46.6  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.0000000000295369  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>