42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0430 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0430  zinc finger CDGSH-type domain-containing protein  100 
 
 		 79 aa  165  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3396  Zinc finger, CDGSH-type  64.56 
 
 		 79 aa  115  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3910  zinc finger CDGSH-type domain protein  64.94 
 
 		 82 aa  115  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2606  hypothetical protein  64.1 
 
 		 80 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223152 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0489  ferredoxin-dependent glutamate synthase  50.63 
 
 		 502 aa  102  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2171  hypothetical protein  58.44 
 
 		 93 aa  103  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00528546  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1719  zinc finger CDGSH-type domain-containing protein  57.14 
 
 		 79 aa  101  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.703607 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2984  ferredoxin-dependent glutamate synthase  53.25 
 
 		 516 aa  97.8  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3007  ferredoxin-dependent glutamate synthase  50.65 
 
 		 516 aa  95.5  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.806511 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3552  ferredoxin-dependent glutamate synthase  49.37 
 
 		 516 aa  95.9  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1903  glutamate synthase domain-containing protein  50.65 
 
 		 515 aa  95.1  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0329367  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1679  zinc finger CDGSH-type domain protein  45.57 
 
 		 79 aa  94  7e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3227  ferredoxin-dependent glutamate synthase  48 
 
 		 514 aa  92.8  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0957  zinc finger CDGSH-type domain protein  50.65 
 
 		 81 aa  92.4  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.446917  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0862  hypothetical protein  46.84 
 
 		 83 aa  91.7  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0041853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1481  zinc finger CDGSH-type domain protein  46.84 
 
 		 78 aa  89.7  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000532674 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4778  cupin 2 domain-containing protein  46.91 
 
 		 350 aa  85.5  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2957  ferredoxin-dependent glutamate synthase  45.57 
 
 		 510 aa  84.3  5e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1518  Glutamate synthase (NADPH)  41.77 
 
 		 518 aa  82.4  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.532472  hitchhiker  0.00131604 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1927  zinc finger CDGSH-type domain protein  50 
 
 		 82 aa  80.1  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.138644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0104  zinc finger CDGSH-type domain protein  45.07 
 
 		 74 aa  70.9  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000101684  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0916  zinc finger CDGSH-type domain protein  46.97 
 
 		 113 aa  71.2  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0808  hypothetical protein  40.74 
 
 		 98 aa  68.2  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1168  zinc finger CDGSH-type domain protein  42.67 
 
 		 77 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000181861 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0779  hypothetical protein  41.03 
 
 		 90 aa  64.7  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2662  zinc finger CDGSH-type domain-containing protein  43.94 
 
 		 74 aa  63.2  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00723724  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0138  zinc finger CDGSH-type domain protein  42.25 
 
 		 76 aa  62  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3093  zinc finger CDGSH-type domain protein  42.67 
 
 		 76 aa  62  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000193762  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1697  Zn-finger, CDGSH type  42.25 
 
 		 93 aa  62  0.000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.214083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0099  Zn-finger, CDGSH type  39.73 
 
 		 77 aa  60.8  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.15953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0126  zinc finger CDGSH-type domain protein  46.43 
 
 		 77 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000192409  decreased coverage  0.000678625 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1000  Zinc finger, CDGSH-type  36.99 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.68088  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1219  zinc finger CDGSH-type domain-containing protein  40 
 
 		 94 aa  57.8  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.273189  normal  0.107466 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0266  zinc finger CDGSH-type domain-containing protein  54.55 
 
 		 68 aa  47.8  0.00005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00519486  normal  0.318668 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3158  zinc finger CDGSH-type domain protein  47.62 
 
 		 74 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000868245 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2809  zinc finger CDGSH-type domain protein  47.62 
 
 		 74 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4406  hypothetical protein  48.78 
 
 		 74 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00107323  normal  0.281597 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2912  hypothetical protein  46.34 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.213928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1509  zinc finger CDGSH-type domain protein  58.62 
 
 		 62 aa  40.8  0.006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000655444  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3576  hypothetical protein  40.82 
 
 		 256 aa  40.4  0.008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.327098  normal  0.196355 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2298  hypothetical protein  53.33 
 
 		 241 aa  40  0.01  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.561327 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3413  hypothetical protein  29.58 
 
 		 89 aa  40  0.01  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.979804 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>