More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0376 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0376  signal recognition particle protein  100 
 
 		 455 aa  908    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00751942 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2793  signal recognition particle protein  70.24 
 
 		 455 aa  636    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3626  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  84.94 
 
 		 459 aa  736    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0560  signal recognition particle protein  71.12 
 
 		 455 aa  640    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276011  hitchhiker  0.000299171 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2514  signal recognition particle protein  70.46 
 
 		 455 aa  639    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1502  signal recognition particle protein  81.42 
 
 		 454 aa  717    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3515  signal recognition particle protein  70.24 
 
 		 455 aa  638    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1509  signal recognition particle protein  84.63 
 
 		 464 aa  748    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3675  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  70.02 
 
 		 455 aa  635    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.460625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3379  signal recognition particle protein  84.71 
 
 		 452 aa  727    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3440  signal recognition particle protein  71.77 
 
 		 455 aa  643    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000127392  hitchhiker  0.000711681 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2643  signal recognition particle protein  72.5 
 
 		 455 aa  644    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1149  signal recognition particle protein  70.68 
 
 		 455 aa  640    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.543894  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3342  signal recognition particle protein  83.1 
 
 		 454 aa  721    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1114  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  85.88 
 
 		 452 aa  726    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0516  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  72.43 
 
 		 455 aa  648    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0962  signal recognition particle protein  82.12 
 
 		 462 aa  712    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0436  signal recognition particle protein  70.46 
 
 		 455 aa  639    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0108  signal recognition particle protein  70.9 
 
 		 455 aa  640    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3517  signal recognition particle protein  70.46 
 
 		 455 aa  639    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0518  signal recognition particle protein  70.68 
 
 		 455 aa  638    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.034328  normal  0.698536 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0493  signal recognition particle protein  70.68 
 
 		 455 aa  638    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3479  signal recognition particle protein  70.46 
 
 		 455 aa  639    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.339852  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0590  signal recognition particle protein  70.9 
 
 		 455 aa  640    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2936  signal recognition particle protein  84.71 
 
 		 459 aa  735    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.949898  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1295  signal recognition particle protein  70.46 
 
 		 455 aa  639    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3268  signal recognition particle protein  70.46 
 
 		 455 aa  639    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3220  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  83.72 
 
 		 457 aa  719    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.604679  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0870  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  84.24 
 
 		 459 aa  731    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.414997  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1178  signal recognition particle protein  68.86 
 
 		 456 aa  627  1e-178  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.520274  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3094  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  70.87 
 
 		 463 aa  619  1e-176  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.724164  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2811  putative signal recognition particle protein  69.93 
 
 		 476 aa  617  1e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.626548  normal  0.183839 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2947  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  69.72 
 
 		 462 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2646  signal recognition particle protein  70.8 
 
 		 471 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3056  signal recognition particle protein  70.58 
 
 		 471 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.554079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0219  signal recognition particle protein  66.16 
 
 		 460 aa  601  1e-170  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.382066  normal  0.73779 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0201  signal recognition particle protein  68.42 
 
 		 460 aa  601  1e-170  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.999189  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0522  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  63.58 
 
 		 450 aa  593  1e-168  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.823996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2134  signal recognition particle protein  65.34 
 
 		 449 aa  584  1.0000000000000001e-165  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0642  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  66.29 
 
 		 455 aa  579  1e-164  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.821014 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2373  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  65.88 
 
 		 447 aa  548  1e-155  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.377557 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1670  signal recognition particle protein  61.22 
 
 		 458 aa  546  1e-154  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4073  signal recognition particle protein  61.76 
 
 		 463 aa  541  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.66452  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0888  signal recognition particle protein  62.36 
 
 		 457 aa  537  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000142989  normal  0.373446 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1062  signal recognition particle protein  60.58 
 
 		 457 aa  533  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0147174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2921  signal recognition particle protein  61.44 
 
 		 457 aa  529  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00726192  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02499  Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs)  62.35 
 
 		 453 aa  522  1e-147  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0363313  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1064  signal recognition particle protein  62.35 
 
 		 453 aa  522  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203805  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1073  signal recognition particle protein  62.35 
 
 		 453 aa  522  1e-147  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0286434  normal  0.0192406 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3849  signal recognition particle protein  62.35 
 
 		 453 aa  522  1e-147  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000605639  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02463  hypothetical protein  62.35 
 
 		 453 aa  522  1e-147  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0259356  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2769  signal recognition particle protein  62.35 
 
 		 453 aa  522  1e-147  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000211534  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2894  signal recognition particle protein  62.35 
 
 		 453 aa  522  1e-147  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000003333  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2999  signal recognition particle protein  62.35 
 
 		 453 aa  522  1e-147  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000534435  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2823  signal recognition particle protein  62.12 
 
 		 453 aa  520  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00851471  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1253  signal recognition particle protein  60.58 
 
 		 457 aa  521  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000049947  hitchhiker  0.0000752283 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2873  signal recognition particle protein  62.12 
 
 		 453 aa  520  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.110714  normal  0.0858138 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0990  signal recognition particle protein  60.04 
 
 		 453 aa  520  1e-146  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00945365  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3005  signal recognition particle protein  62.12 
 
 		 453 aa  520  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.242955  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2861  signal recognition particle protein  59.6 
 
 		 453 aa  518  1e-146  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3365  signal recognition particle protein  60.39 
 
 		 453 aa  519  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.089536  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39570  signal recognition particle protein  59.65 
 
 		 458 aa  519  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.224172  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1048  signal recognition particle protein  60.8 
 
 		 457 aa  519  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000196553  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2891  signal recognition particle protein  62.12 
 
 		 453 aa  520  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0766211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3230  signal recognition particle protein  60.39 
 
 		 453 aa  519  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0218227  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0884  signal recognition particle protein  60.39 
 
 		 453 aa  519  1e-146  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.138728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2762  signal recognition particle protein  62.12 
 
 		 453 aa  519  1e-146  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00925068  normal  0.0680462 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2893  signal recognition particle protein  62.12 
 
 		 453 aa  520  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0469323  normal  0.518118 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1356  signal recognition particle protein  61.45 
 
 		 457 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01690  signal recognition particle protein  59.1 
 
 		 478 aa  517  1.0000000000000001e-145  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00271283  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0384  signal recognition particle protein  58.76 
 
 		 451 aa  515  1.0000000000000001e-145  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0426  signal recognition particle protein  61.31 
 
 		 462 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1158  signal recognition particle protein  60.58 
 
 		 457 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000642448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1123  signal recognition particle protein  58.94 
 
 		 453 aa  511  1e-144  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.279052  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3091  signal recognition particle protein  62 
 
 		 453 aa  513  1e-144  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.113189  normal  0.0737969 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2839  signal recognition particle protein  61.54 
 
 		 457 aa  514  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000124707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2921  signal recognition particle protein  61.76 
 
 		 457 aa  514  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000450795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3018  signal recognition particle protein  61.54 
 
 		 457 aa  514  1e-144  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000039159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0845  signal recognition particle protein  60.13 
 
 		 453 aa  508  1e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1338  signal recognition particle protein  58.43 
 
 		 452 aa  508  1e-143  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3204  signal recognition particle protein  58.72 
 
 		 453 aa  508  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0069181  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2261  Signal recognition particle protein  58.19 
 
 		 452 aa  503  1e-141  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161738  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1253  signal recognition particle protein  60.57 
 
 		 457 aa  504  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000179157  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3104  signal recognition particle protein  61.45 
 
 		 457 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000441877  normal  0.0737294 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1938  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  61.48 
 
 		 456 aa  503  1e-141  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.730231 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1209  signal recognition particle protein  61.45 
 
 		 457 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000238593  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2311  signal recognition particle protein  58.88 
 
 		 485 aa  502  1e-141  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1707  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  57.52 
 
 		 511 aa  500  1e-140  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0983445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0851  signal recognition particle protein  60.84 
 
 		 453 aa  501  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000129048  hitchhiker  0.0000234744 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0094  signal recognition particle protein  62.8 
 
 		 461 aa  499  1e-140  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000225089  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1985  signal recognition particle protein  57.59 
 
 		 515 aa  499  1e-140  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.421506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1286  signal recognition particle protein  61.22 
 
 		 457 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000571618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1167  signal recognition particle protein  61.22 
 
 		 457 aa  497  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000256544  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3402  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  59.35 
 
 		 458 aa  496  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.625555 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2755  signal recognition particle protein  59.48 
 
 		 457 aa  498  1e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000103773  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03481  hypothetical protein  61.76 
 
 		 460 aa  492  9.999999999999999e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0592  signal recognition particle protein  57.34 
 
 		 515 aa  493  9.999999999999999e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0559  signal recognition particle protein  55.7 
 
 		 461 aa  492  9.999999999999999e-139  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000306608  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3368  signal recognition particle protein  59.09 
 
 		 457 aa  492  9.999999999999999e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0648  signal recognition particle protein  60.1 
 
 		 461 aa  490  1e-137  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.773728  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>