100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0228 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0228  nuclear protein SET  100 
 
 
179 aa  370  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000325788 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0264  hypothetical protein  72.46 
 
 
173 aa  248  5e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0729977 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3964  nuclear protein SET  69.18 
 
 
177 aa  235  3e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.0564126 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4715  nuclear protein SET  67.97 
 
 
230 aa  232  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155433  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3340  nuclear protein SET  69.18 
 
 
213 aa  225  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3991  nuclear protein SET  65.19 
 
 
213 aa  225  3e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.183073 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3954  nuclear protein SET  70.55 
 
 
159 aa  224  5.0000000000000005e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.344264  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0883  nuclear protein SET  67.81 
 
 
252 aa  220  9e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.606618 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4628  nuclear protein SET  67.3 
 
 
184 aa  220  9e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5201  Histone-lysine N-methyltransferase  67.53 
 
 
210 aa  216  8.999999999999998e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0501783  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0006  hypothetical protein  68.71 
 
 
174 aa  216  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3926  nuclear protein SET  69.39 
 
 
174 aa  216  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0658264  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0072  nuclear protein SET  66.21 
 
 
178 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.837528  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1621  SET domain-containing protein  67.12 
 
 
187 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2980  SET domain-containing protein  67.12 
 
 
187 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0064  nuclear protein SET  66.21 
 
 
178 aa  211  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3254  SET domain-containing protein  66.67 
 
 
176 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.445402 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0073  nuclear protein SET  66.9 
 
 
177 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2921  SET domain-containing protein  67.12 
 
 
170 aa  210  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3389  SET domain-containing protein  67.12 
 
 
170 aa  210  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4081  SET domain-containing protein  67.12 
 
 
170 aa  210  7.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.321393  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3059  nuclear protein SET  69.66 
 
 
160 aa  210  9e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.931028 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_4007  SET domain-containing protein  66.44 
 
 
187 aa  210  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0210  SET domain-containing protein  66.44 
 
 
187 aa  210  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0091  nuclear protein SET  65.97 
 
 
176 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.354373 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2982  nuclear protein SET  65.97 
 
 
176 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3341  SET domain-containing protein  66.21 
 
 
303 aa  209  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0073  nuclear protein SET  65.97 
 
 
176 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3391  nuclear protein SET  64.58 
 
 
172 aa  203  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0187167  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3537  nuclear protein SET  64.58 
 
 
170 aa  200  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0685626  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3358  hypothetical protein  57.06 
 
 
179 aa  196  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3230  nuclear protein SET  60.65 
 
 
179 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3554  nuclear protein SET  56.55 
 
 
179 aa  195  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0004  nuclear protein SET  57.79 
 
 
163 aa  190  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.494883  normal  0.0771529 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0004  nuclear protein SET  56.13 
 
 
164 aa  189  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.437356  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3176  nuclear protein SET  61.31 
 
 
163 aa  190  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.790185  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0581  hypothetical protein  52.41 
 
 
160 aa  160  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.434598 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1219  hypothetical protein  52.45 
 
 
146 aa  157  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4201  nuclear protein SET  53.15 
 
 
146 aa  156  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.054698 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7591  nuclear protein SET  54.55 
 
 
149 aa  156  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.775157  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1186  nuclear protein SET  53.1 
 
 
150 aa  150  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1003  nuclear protein SET  46.58 
 
 
155 aa  147  6e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.285499 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0731  nuclear protein SET  47.74 
 
 
155 aa  144  5e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0820  hypothetical protein  47.74 
 
 
155 aa  144  5e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01981  nuclear protein SET  47.1 
 
 
155 aa  144  5e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.360557  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3934  nuclear protein SET  41.5 
 
 
159 aa  97.4  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2228  nuclear protein SET  38.96 
 
 
158 aa  97.1  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.06924  normal  0.46307 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_6915  predicted protein  38.03 
 
 
139 aa  92  4e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_32740  histone methyltransferase involved in gene regulation  36 
 
 
1055 aa  87.4  9e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_17948  predicted protein  31.74 
 
 
503 aa  85.5  3e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05795  Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific (EC 2.1.1.43)(COMPASS component SET1)(SET domain-containing protein 1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5B0Y5]  35.33 
 
 
1220 aa  85.9  3e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.000000960866 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_19163  predicted protein  31.74 
 
 
503 aa  85.5  3e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_18587  predicted protein  34.67 
 
 
860 aa  85.5  4e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00809953  hitchhiker  0.00803603 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_21456  predicted protein  41.32 
 
 
141 aa  83.6  0.000000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00440745  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03610  conserved hypothetical protein  30.82 
 
 
1469 aa  81.6  0.000000000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.199179  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5473  histone-lysine N-methyltransferase  36.67 
 
 
230 aa  80.1  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0414751  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4528  nuclear protein SET  35.86 
 
 
223 aa  80.9  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.853284  normal 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15937  predicted protein  32.67 
 
 
154 aa  79.7  0.00000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.669488  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_6698  predicted protein  43.93 
 
 
106 aa  78.6  0.00000000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3759  nuclear protein SET  34.01 
 
 
250 aa  78.2  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.349048  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1538  nuclear protein SET  35.54 
 
 
251 aa  78.2  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.69308  normal  0.352116 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4392  nuclear protein SET  37.86 
 
 
245 aa  77.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.304271  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1714  nuclear protein SET  35.65 
 
 
300 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_19017  predicted protein  37.39 
 
 
980 aa  76.6  0.0000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.238798 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01170  histone-lysine N-methyltransferase Clr4 (AFU_orthologue; AFUA_1G11090)  33.33 
 
 
551 aa  76.3  0.0000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_16584  predicted protein  32.89 
 
 
495 aa  75.1  0.0000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_6093  predicted protein  34.75 
 
 
144 aa  74.3  0.0000000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.897859  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2561  nuclear protein SET  35.65 
 
 
197 aa  72.8  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.623984  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2161  nuclear protein SET  36.67 
 
 
196 aa  73.2  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.292458  normal  0.706737 
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_16875  predicted protein  31.08 
 
 
164 aa  72.4  0.000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08825  Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-36 specific (EC 2.1.1.43)(SET domain-containing protein 2) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5ASA5]  31.08 
 
 
980 aa  71.2  0.000000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.10745  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2041  nuclear protein SET  31.69 
 
 
197 aa  70.5  0.00000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.266268  normal  0.332033 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14486  predicted protein  28.47 
 
 
1782 aa  70.5  0.00000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00353687  normal  0.194877 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31672  predicted protein  32.39 
 
 
732 aa  67  0.0000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.418717 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04764  histone-lysine N-methyltransferase (Ash1), putative (AFU_orthologue; AFUA_3G06480)  30.87 
 
 
812 aa  65.9  0.0000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4245  nuclear protein SET  31.65 
 
 
139 aa  64.3  0.0000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0045  hypothetical protein  30.52 
 
 
159 aa  63.5  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00197887  normal  0.249154 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_25709  predicted protein  32.89 
 
 
454 aa  64.3  0.000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0196286 
 
 
-
 
NC_006692  CNG03810  histone-lysine N-methyltransferase, putative  28.68 
 
 
834 aa  57.4  0.0000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_88595  predicted protein  29.94 
 
 
1361 aa  51.2  0.000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.116924  normal  0.0256987 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1432  nuclear protein SET  27.27 
 
 
242 aa  48.5  0.00006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0947387  hitchhiker  0.0000000518275 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1494  nuclear protein SET  27.92 
 
 
155 aa  47  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1893  nuclear protein SET  32.17 
 
 
131 aa  46.6  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05998  SET and MYND domain protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G10080)  35.21 
 
 
497 aa  46.6  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1240  nuclear protein SET  27.14 
 
 
156 aa  45.8  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.320188 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0979  nuclear protein SET  32.14 
 
 
207 aa  45.8  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1482  nuclear protein SET  29.23 
 
 
156 aa  45.4  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006693  CNH00900  conserved hypothetical protein  25.86 
 
 
380 aa  45.1  0.0005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.709683  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_44204  predicted protein  28.38 
 
 
219 aa  45.1  0.0006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15913  predicted protein  35 
 
 
107 aa  45.1  0.0006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32372  predicted protein  24.34 
 
 
931 aa  44.7  0.0008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0843  nuclear protein SET  32.73 
 
 
135 aa  44.7  0.0008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.538109  normal  0.284087 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_44935  predicted protein  30.49 
 
 
2187 aa  44.3  0.0009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1126  nuclear protein SET  28.12 
 
 
154 aa  43.1  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.228592 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1274  nuclear protein SET  28.57 
 
 
151 aa  42.4  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK01150  polycomb protein e(z), putative  29.06 
 
 
717 aa  42  0.005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0731  nuclear protein SET  23.45 
 
 
161 aa  42  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.121833  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00219  SET domain protein (AFU_orthologue; AFUA_4G09180)  36.62 
 
 
598 aa  41.2  0.007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3648  nuclear protein SET  27.73 
 
 
129 aa  41.2  0.009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.598458  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0031  SET domain protein  27.87 
 
 
131 aa  40.8  0.009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00624788 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>