36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0141 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0141  outer membrane efflux protein  100 
 
 
412 aa  769    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1739  outer membrane efflux protein  46.83 
 
 
400 aa  290  3e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.329774 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4566  outer membrane efflux protein  38.21 
 
 
449 aa  193  5e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1748  putative outer membrane protein  39.8 
 
 
395 aa  190  5e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.617475  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2620  Outer membrane efflux protein  36.79 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.612539 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2385  outer membrane efflux protein  37.37 
 
 
421 aa  173  5e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00190513  normal  0.103604 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2098  outer membrane efflux protein  37.37 
 
 
421 aa  173  5e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18540  outer membrane efflux protein  34.97 
 
 
426 aa  152  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.134625  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1652  hypothetical protein  37.47 
 
 
431 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.166276  normal  0.447974 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1145  outer membrane efflux protein  32.75 
 
 
442 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.284786  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1332  outer membrane efflux protein  36.64 
 
 
441 aa  136  6.0000000000000005e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.592234  normal  0.169457 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2671  putative outer membrane protein  38.29 
 
 
423 aa  124  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121149  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0206  outer membrane efflux protein  27.46 
 
 
454 aa  104  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00461371  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2211  outer membrane efflux protein  28.68 
 
 
431 aa  99.4  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.603801 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3244  hypothetical protein  32.92 
 
 
417 aa  94.4  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.875703  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2151  outer membrane efflux protein  27.45 
 
 
419 aa  89  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0006  Outer membrane protein-like  25.78 
 
 
397 aa  87  5e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00129905  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2718  hypothetical protein  27.41 
 
 
389 aa  79  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.057627  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00102  Outer membrane protein  26.85 
 
 
374 aa  58.9  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1847  outer membrane efflux protein  27.46 
 
 
451 aa  55.8  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.179966  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0150  Outer membrane efflux protein  27.11 
 
 
415 aa  52.8  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.921658  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0294  Outer membrane efflux protein  30.52 
 
 
420 aa  49.7  0.00009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.757224 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2110  outer membrane efflux protein  26.09 
 
 
437 aa  48.1  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.313002  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0716  hypothetical protein  24.04 
 
 
444 aa  48.9  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3557  outer membrane efflux protein  33.21 
 
 
442 aa  48.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2553  outer membrane efflux protein  28.22 
 
 
421 aa  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2715  outer membrane protein precursor CzcC  28.62 
 
 
428 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3970  Outer membrane efflux protein  29.11 
 
 
426 aa  47.4  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.214282  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5982  cation proton antiporter efflux protein CzcC  31.47 
 
 
418 aa  47  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000196082  normal  0.0745476 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31970  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  26.82 
 
 
428 aa  47  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1714  outer membrane efflux protein  30.29 
 
 
443 aa  45.8  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2096  outer membrane efflux protein  28.52 
 
 
419 aa  45.8  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1764  outer membrane efflux protein  32.47 
 
 
418 aa  45.4  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.715826  normal  0.306921 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2284  outer membrane efflux protein  28.4 
 
 
420 aa  43.9  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.185931  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0828  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  26.07 
 
 
428 aa  43.5  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.885444  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06364  hypothetical protein  24.43 
 
 
463 aa  42.7  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>