35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0016 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2276  putative signal peptide protein  45.46 
 
 		 948 aa  714    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806007  normal  0.316994 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5546  putative signal peptide protein  43.83 
 
 		 942 aa  726    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0016  polysaccharide deacetylase  100 
 
 		 922 aa  1839    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00621285 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0773  polysaccharide deacetylase  45.22 
 
 		 943 aa  743    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.430568  normal  0.0849732 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1043  putative signal peptide protein  44.2 
 
 		 941 aa  725    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2475  TM1410 hypothetical-related protein  44.63 
 
 		 980 aa  699    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4155  hypothetical protein  42.07 
 
 		 953 aa  665    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432055  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3207  TM1410 hypothetical-related protein  42.97 
 
 		 918 aa  668    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.107139  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1962  hypothetical protein  40.35 
 
 		 917 aa  667    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000223558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5290  hypothetical protein  40.04 
 
 		 961 aa  617  1e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.287428  normal  0.279625 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2432  putative signal peptide protein  35.67 
 
 		 939 aa  548  1e-154  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0164247  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3067  hypothetical protein  37.32 
 
 		 919 aa  532  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3413  hypothetical protein  36.77 
 
 		 925 aa  526  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.443698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0535  hypothetical protein  31.43 
 
 		 908 aa  503  1e-141  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000617771  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1491  hypothetical protein  35.29 
 
 		 970 aa  483  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2975  hypothetical protein  35.43 
 
 		 923 aa  474  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0958467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1839  hypothetical protein  34.54 
 
 		 948 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000860206 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24480  hypothetical protein  37.26 
 
 		 948 aa  472  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.24132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2073  hypothetical protein  37.5 
 
 		 933 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1904  hypothetical protein  32.18 
 
 		 917 aa  412  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3137  hypothetical protein  39.03 
 
 		 985 aa  332  3e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1736  hypothetical protein  29.83 
 
 		 1002 aa  331  3e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.525409  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1831  hypothetical protein  47.91 
 
 		 321 aa  244  7e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124467 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1499  hypothetical protein  51.54 
 
 		 305 aa  241  5e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.555638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1647  putative signal peptide protein  38.31 
 
 		 262 aa  167  6.9999999999999995e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.053126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2975  hypothetical protein  36.28 
 
 		 795 aa  127  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.549239 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4072  hypothetical protein  27.73 
 
 		 764 aa  125  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0374389  normal  0.138857 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1621  putative signal peptide protein  33.21 
 
 		 286 aa  106  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.174255  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2974  hypothetical protein  30.26 
 
 		 282 aa  98.2  6e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261416 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0372  TM1410 hypothetical-related protein  26.94 
 
 		 518 aa  82.8  0.00000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1836  hypothetical protein  32.11 
 
 		 231 aa  72.8  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2532  TM1410 hypothetical-related protein  30.12 
 
 		 262 aa  65.9  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0653448  normal  0.537266 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1422  hypothetical protein  25.71 
 
 		 322 aa  48.9  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3272  cysteinyl-tRNA synthetase  21.99 
 
 		 392 aa  47.8  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1423  hypothetical protein  25.51 
 
 		 253 aa  44.7  0.009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.294221  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>