299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_R0025 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_R0025  tRNA-Glu  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.684862 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0024  tRNA-Glu  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.700845 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10740  tRNA-Glu  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0961043  normal  0.333944 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0013  tRNA-Glu  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0014  tRNA-Glu  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0040  tRNA-Glu  97.06 
 
 		 73 bp  119  9e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000066395 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0050  tRNA-Glu  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.499869  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0048  tRNA-Glu  95.59 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.185598  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0021  tRNA-Glu  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.349986  normal  0.498552 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14035  tRNA-Glu  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00157329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0045  tRNA-Glu  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0046  tRNA-Glu  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0067  tRNA-Glu  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0018  tRNA-Glu  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0066  tRNA-Glu  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.659746  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0036  tRNA-Glu  92.65 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.661246  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0014  tRNA-Glu  92.65 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.206321  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0035  tRNA-Glu  92.65 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.461495  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0013  tRNA-Glu  92.65 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0017  tRNA-Glu  92.65 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0013  tRNA-Glu  92.65 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.363597 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0047  tRNA-Glu  92.65 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.792355  normal  0.693567 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0023  tRNA-Glu  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0044  tRNA-Glu  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0022  tRNA-Glu  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.572486  hitchhiker  0.00000059439 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0019  tRNA-Glu  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0023  tRNA-Glu  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0770759  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0024  tRNA-Glu  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.229893  normal  0.201113 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0023  tRNA-Glu  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.294422  unclonable  0.0000000304821 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08680  tRNA-Glu  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0019  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0050  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141779  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0055  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0047  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.877641  normal  0.62194 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0046  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.282187 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34010  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.284833  normal  0.536737 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0064  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09040  tRNA-Glu  89.71 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.431816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0046  tRNA-Glu  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000308892 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08670  tRNA-Glu  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0048  tRNA-Glu  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.580665  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0045  tRNA-Glu  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.427459  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0046  tRNA-Glu  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.404692  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0052  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.822673  hitchhiker  0.00818343 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0047  tRNA-Glu  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0051  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.63793  hitchhiker  0.00823145 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0072  tRNA-Glu  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.514054 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0053  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.526279 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0059  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.872199  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11080  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0048  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.849322 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0052  tRNA-Glu  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0010  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0015  tRNA-Glu  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.652261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0015  tRNA-Glu  88.24 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.879975  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0016  tRNA-Glu  88.24 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.671374  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14011  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.08359e-33  hitchhiker  0.00000339353 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0077  tRNA-Glu  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0015  tRNA-Glu  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0065  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0046  tRNA-Glu  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0058  tRNA-Glu  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.069455  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0052  tRNA-Glu  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0056  tRNA-Glu  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0054  tRNA-Glu  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.208215 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0060  tRNA-Glu  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.790027  normal  0.68606 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0062  tRNA-Glu  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.216976  normal  0.206697 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1796  tRNA-Glu  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0014  tRNA-Glu  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.372263 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0043  tRNA-Glu  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0022  tRNA-Glu  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.150409  hitchhiker  0.00052092 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0005  tRNA-Glu  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00334016 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0061  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.180901  normal  0.112494 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0002  tRNA-Glu  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.509318 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0006  tRNA-Glu  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.766786  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06180  tRNA-Glu  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.75789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0059  tRNA-Glu  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.327246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37130  tRNA-Glu  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.179999  normal  0.0419324 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0007  tRNA-Glu  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.866877  hitchhiker  0.000537745 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0031  tRNA-Glu  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0217674  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0389  tRNA-Glu  89.8 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0245226  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0092  tRNA-Glu  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000633389  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0008  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0082  tRNA-Glu  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000179786  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0007  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0030  tRNA-Glu  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.2294100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0045  tRNA-Glu  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000502563  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0060  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.222014  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0043  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  7.66398e-18  hitchhiker  0.000611065 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0053  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.646689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0045  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000328054  normal  0.0346347 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0055  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.380229  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0027  tRNA-Glu  90.7 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0045  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0700385  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0077  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00689087  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0064  tRNA-Glu  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0073  tRNA-Glu  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0122023  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0097  tRNA-Glu  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000640462  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0099  tRNA-Glu  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000545128  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0045  tRNA-Glu  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.942532  normal  0.960719 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>