111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2553 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_2553  SMC domain protein  100 
 
 
829 aa  1597    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0939  SMC domain-containing protein  27.39 
 
 
812 aa  110  1e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0924914  normal  0.567341 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0948  SMC domain protein  26.55 
 
 
789 aa  83.2  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.217826  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1484  SMC domain-containing protein  31.82 
 
 
1061 aa  72.4  0.00000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0728646  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1617  SMC domain-containing protein  34.65 
 
 
1057 aa  70.1  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2789  SMC domain protein  19.53 
 
 
926 aa  66.6  0.000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0181  chromosome segregation protein  28.65 
 
 
902 aa  64.3  0.000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0448  SMC protein-like protein  29.21 
 
 
955 aa  63.2  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.507994  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1495  SMC domain protein  25.32 
 
 
895 aa  62.8  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  29.27 
 
 
1211 aa  62  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1155  SMC domain-containing protein  24.53 
 
 
852 aa  60.5  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1300  SMC domain-containing protein  24.53 
 
 
852 aa  60.5  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.975813  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0525  SMC domain-containing protein  25.7 
 
 
859 aa  59.7  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0315541  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  28.77 
 
 
1211 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  27.69 
 
 
1214 aa  58.5  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0696  SMC domain protein  24.06 
 
 
618 aa  58.2  0.0000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  29.2 
 
 
1214 aa  57.8  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  28.36 
 
 
1214 aa  57.8  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08420  exonuclease SbcC  29.89 
 
 
1009 aa  57.4  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0549  exonuclease SbcC, putative  24.16 
 
 
859 aa  56.6  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2822  SMC domain-containing protein  38 
 
 
1020 aa  56.6  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1224  nuclease SbcCD, C subunit, putative  31.2 
 
 
723 aa  55.8  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000926455 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0985  SMC domain-containing protein  22.34 
 
 
702 aa  55.8  0.000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000497741 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0762  SMC domain-containing protein  32.76 
 
 
858 aa  56.2  0.000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0108669  decreased coverage  0.00239369 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1821  SMC domain protein  28.38 
 
 
1280 aa  55.8  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137398  normal  0.989347 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0334  chromosome segregation protein SMC  37.36 
 
 
1198 aa  55.1  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.452064  normal  0.638019 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  30.81 
 
 
910 aa  54.7  0.000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0592  condensin subunit Smc  22.01 
 
 
1175 aa  54.3  0.000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4093  SMC domain-containing protein  31.16 
 
 
1022 aa  54.3  0.000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.240758  normal  0.708538 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2355  SMC domain-containing protein  29.03 
 
 
1247 aa  54.3  0.000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_490  DNA repair ATPase  21.25 
 
 
859 aa  54.3  0.000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3179  SMC domain-containing protein  27.59 
 
 
1023 aa  53.5  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0019664  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0360  chromosome segregation protein  25.79 
 
 
1074 aa  53.1  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4031  SMC domain-containing protein  30.81 
 
 
810 aa  53.5  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.515725  normal  0.378288 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1257  SMC domain protein  26.39 
 
 
1019 aa  53.1  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.861215  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0729  DNA repair ATPase  29.81 
 
 
787 aa  52.4  0.00003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  27.32 
 
 
1214 aa  52.4  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0673  SMC domain protein  27.03 
 
 
1116 aa  52.8  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00700495  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1488  SMC domain protein  26.38 
 
 
1114 aa  52.8  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  28.67 
 
 
1020 aa  51.2  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  26.13 
 
 
1013 aa  51.2  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1142  SMC domain protein  24.7 
 
 
857 aa  51.2  0.00008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  30.99 
 
 
1214 aa  50.4  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2951  SMC domain protein  30.88 
 
 
1031 aa  50.8  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00128287  unclonable  0.000000102622 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2305  SMC domain protein  28.04 
 
 
1025 aa  50.4  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000506659 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2843  exonuclease SbcC, putative  26.09 
 
 
1018 aa  50.1  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  26.47 
 
 
1213 aa  50.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2437  SMC domain protein  29.84 
 
 
924 aa  49.7  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0025  chromosome segregation protein SMC  23.21 
 
 
1146 aa  50.1  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.962242  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0627  exonuclease  27.78 
 
 
995 aa  49.7  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246624  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0905  SMC domain-containing protein  28.5 
 
 
1022 aa  49.7  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.995306  hitchhiker  0.000299578 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10590  DNA repair ATPase  32.41 
 
 
1081 aa  50.1  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.659565  hitchhiker  0.0000000614784 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  30.99 
 
 
1214 aa  49.3  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4689  condensin subunit Smc  22.55 
 
 
1208 aa  49.3  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  28.36 
 
 
1101 aa  49.3  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  25.38 
 
 
1018 aa  49.3  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  25.38 
 
 
1018 aa  48.9  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0037  RecF/RecN/SMC domain-containing protein  27.21 
 
 
638 aa  49.3  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000359393  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  24.28 
 
 
1291 aa  49.3  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  27.89 
 
 
953 aa  49.3  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  25.38 
 
 
1018 aa  48.9  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  25.38 
 
 
1018 aa  48.9  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3304  exonuclease SbcC  26.92 
 
 
1227 aa  48.9  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1919  SMC protein, N-terminal  25.47 
 
 
1155 aa  48.5  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2611  exonuclease SbcC, putative  25.36 
 
 
1018 aa  48.5  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153819  hitchhiker  0.0000000100584 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1098  SMC domain-containing protein  29.75 
 
 
917 aa  48.5  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.920672  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1819  SMC domain-containing protein  27.27 
 
 
702 aa  48.5  0.0005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.000524613  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  25.38 
 
 
1018 aa  48.5  0.0006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3139  nuclease SbcCD, C subunit  27.75 
 
 
1229 aa  48.1  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.642669  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3289  nuclease SbcCD, C subunit  27.75 
 
 
1220 aa  48.5  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.267466 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3278  SMC domain-containing protein  27.75 
 
 
1229 aa  48.1  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.116021  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0018  SMC domain protein  29.46 
 
 
862 aa  48.1  0.0006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0623828 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  25.19 
 
 
1018 aa  47.8  0.0008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0371  chromosome segregation protein  27.83 
 
 
890 aa  47.8  0.0008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1422  nuclease SbcCD, C subunit, putative  32 
 
 
724 aa  47.8  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  32.04 
 
 
906 aa  47.4  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0855  SMC domain protein  34.38 
 
 
802 aa  47.8  0.001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.128097  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1811  SMC domain-containing protein  24.81 
 
 
794 aa  47.4  0.001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.305534 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  25.19 
 
 
1018 aa  47.4  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  26.61 
 
 
1018 aa  47.4  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31440  DNA repair ATPase  25 
 
 
986 aa  47  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.651152 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2136  exonuclease SbcC  33.7 
 
 
1029 aa  46.2  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.142558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2122  exonuclease  22.32 
 
 
1029 aa  46.2  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.837048  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2045  condensin subunit Smc  33.33 
 
 
1195 aa  46.6  0.002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.265343  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1039  exonuclease SbcC  27.8 
 
 
1083 aa  46.2  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.772605  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1081  SMC domain-containing protein  33.75 
 
 
804 aa  46.6  0.002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000660429  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2326  putative exonuclease  33.7 
 
 
1029 aa  46.6  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.678825  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2998  putative exonuclease  33.7 
 
 
1029 aa  46.2  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000658197  decreased coverage  0.00861967 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2391  exonuclease, putative  33.7 
 
 
1029 aa  46.2  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.15331  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1271  chromosome segregation SMC protein  26.9 
 
 
1177 aa  45.8  0.003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1882  SMC domain protein  25.34 
 
 
904 aa  45.8  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.600097  normal  0.549876 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  25.48 
 
 
1226 aa  45.8  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2461  putative exonuclease  33.7 
 
 
1029 aa  46.2  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000696116  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2379  putative exonuclease  33.7 
 
 
1029 aa  46.2  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27850  hypothetical protein  33.05 
 
 
729 aa  45.8  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.817554  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4360  putative ATP-dependent dsDNA exonuclease  30.61 
 
 
986 aa  45.4  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.288982  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3443  SMC protein-like  25.82 
 
 
1232 aa  45.8  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05654  DNA repair exonuclease  32.03 
 
 
1018 aa  45.4  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  40.68 
 
 
1085 aa  45.4  0.004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10080  chromosome segregation protein SMC  28.33 
 
 
1174 aa  45.4  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.503151  hitchhiker  0.00000182837 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>