More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0057 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_22220  16S ribosomal RNA  91.53 
 
 
1527 bp  1959    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.755159 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0029  16S ribosomal RNA  89.65 
 
 
1513 bp  1191    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.174101 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06910  16S ribosomal RNA  91.66 
 
 
1527 bp  1974    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0005  16S ribosomal RNA  91.19 
 
 
1512 bp  1257    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.564871  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0045  16S ribosomal RNA  90.46 
 
 
1520 bp  1241    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000645163  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0036  16S ribosomal RNA  89.65 
 
 
1513 bp  1191    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223825  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0052  16S ribosomal RNA  90.55 
 
 
1519 bp  1245    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0363262  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0017  16S ribosomal RNA  89.65 
 
 
1513 bp  1191    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10550  16S ribosomal RNA  91.59 
 
 
1527 bp  1966    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0842683  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0063  16S ribosomal RNA  92.55 
 
 
1512 bp  1415    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0044  16S ribosomal RNA  88.01 
 
 
1511 bp  1542    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.249572  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0046  16S ribosomal RNA  91.82 
 
 
1505 bp  1405    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000115462  hitchhiker  0.000268456 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14290    90.1 
 
 
2926 bp  1505    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.1458  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0023  16S ribosomal RNA  89.41 
 
 
1505 bp  1503    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0039  16S ribosomal RNA  89.41 
 
 
1505 bp  1503    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0057  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1532 bp  3037    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.829074  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0079  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1532 bp  3037    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.308939  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0070  16S ribosomal RNA  99.87 
 
 
1534 bp  3019    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0736404  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21650  16S ribosomal RNA  91.2 
 
 
1523 bp  1927    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0589371  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0039  16S ribosomal RNA  91.46 
 
 
1517 bp  1990    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0163381  hitchhiker  0.00923101 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0015  16S ribosomal RNA  87.69 
 
 
1501 bp  1538    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.484535 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0056  16S ribosomal RNA  89.65 
 
 
1513 bp  1191    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.219213 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0022  16S ribosomal RNA  87.69 
 
 
1501 bp  1538    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00263982 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0007  16S ribosomal RNA  87.12 
 
 
1526 bp  975    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0028  16S ribosomal RNA  87.69 
 
 
1501 bp  1538    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00232778 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0030  16S ribosomal RNA  89.94 
 
 
1519 bp  1645    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000413782 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0005  16S ribosomal RNA  89.94 
 
 
1519 bp  1645    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0297907 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0027  16S ribosomal RNA  89.57 
 
 
1510 bp  1132    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000781199 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0062  16S ribosomal RNA  89.57 
 
 
1510 bp  1132    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0032  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1532 bp  3037    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.596174 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0015  16S ribosomal RNA  89.57 
 
 
1510 bp  1132    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0023  16S ribosomal RNA  87.29 
 
 
1498 bp  821    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.582465  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0044  16S ribosomal RNA  87.29 
 
 
1498 bp  821    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0068  16S ribosomal RNA  88.38 
 
 
1507 bp  1596    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.253796  decreased coverage  0.00746602 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0053  16S ribosomal RNA  88.38 
 
 
1507 bp  1596    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0136831  normal  0.0232267 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0029  16S ribosomal RNA  90.55 
 
 
1519 bp  1245    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.247127  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0018  16S ribosomal RNA  91.46 
 
 
1517 bp  1990    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.298469  normal  0.903608 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13550  16S ribosomal RNA  91.2 
 
 
1523 bp  1927    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0361691  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0060  16S ribosomal RNA  89.41 
 
 
1505 bp  1503    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0027  16S ribosomal RNA  88.07 
 
 
1511 bp  1550    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0013  16S ribosomal RNA  90.55 
 
 
1519 bp  1245    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0080  16S ribosomal RNA  89.65 
 
 
1513 bp  1191    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0019  16S ribosomal RNA  99.87 
 
 
1534 bp  3019    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.233739 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0070  16S ribosomal RNA  89.65 
 
 
1513 bp  1191    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1407  16S ribosomal RNA  87.98 
 
 
1474 bp  961    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00014225 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0027  16S ribosomal RNA  91.3 
 
 
1512 bp  1251    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.931505  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0001  16S ribosomal RNA  87.02 
 
 
1525 bp  959    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.892874  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0004  16S ribosomal RNA  87.02 
 
 
1526 bp  967    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0050  16S ribosomal RNA  91.3 
 
 
1512 bp  1251    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.27302  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0060  16S ribosomal RNA  92.55 
 
 
1512 bp  1415    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.889945  normal  0.79365 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0010  16S ribosomal RNA  87.12 
 
 
1526 bp  975    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0049  16S ribosomal RNA  91.82 
 
 
1505 bp  1405    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000269121  hitchhiker  0.000017659 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03860  16S ribosomal RNA  91.07 
 
 
1632 bp  1919    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0341976  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0011  16S ribosomal RNA  89.41 
 
 
1505 bp  1503    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0065  16S ribosomal RNA  89.57 
 
 
1510 bp  1132    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0025  16S ribosomal RNA  88.95 
 
 
1471 bp  1455    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0044  16S ribosomal RNA  88.95 
 
 
1471 bp  1455    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0049  16S ribosomal RNA  88.88 
 
 
1471 bp  1447    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0067  16S ribosomal RNA  89.02 
 
 
1471 bp  1463    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04500  16S ribosomal RNA  91.2 
 
 
1523 bp  1927    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0035  16S ribosomal RNA  88.38 
 
 
1507 bp  1596    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000731111  normal  0.0208084 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12340  16S ribosomal RNA  90.67 
 
 
1527 bp  1879    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.220883  normal  0.136388 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0045  16S ribosomal RNA  89.94 
 
 
1519 bp  1645    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000428453 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37140  16S ribosomal RNA  91.53 
 
 
1527 bp  1959    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.691102  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0020  16S ribosomal RNA  89.57 
 
 
1510 bp  1132    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0040  16S ribosomal RNA  89.08 
 
 
1512 bp  876    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.618682  normal  0.154867 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0048  16S ribosomal RNA  89.08 
 
 
1512 bp  876    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.089973  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0024  16S ribosomal RNA  88.95 
 
 
1515 bp  1431    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.707954  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0041  16S ribosomal RNA  87.11 
 
 
1515 bp  1425    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00000734371  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05560  16S ribosomal RNA  90.79 
 
 
1527 bp  1296    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0064  16S ribosomal RNA  89.34 
 
 
1506 bp  1489    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07380  16S ribosomal RNA  90.67 
 
 
1527 bp  1879    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0389035  normal  0.172558 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25530  16S ribosomal RNA  90.79 
 
 
1527 bp  1296    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07440  16S ribosomal RNA  90.79 
 
 
1527 bp  1296    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.496613 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0016  16S ribosomal RNA  91 
 
 
1517 bp  1935    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.672174  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0021  16S ribosomal RNA  91 
 
 
1517 bp  1935    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0029  16S ribosomal RNA  91 
 
 
1517 bp  1935    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0064  16S ribosomal RNA  91 
 
 
1517 bp  1935    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0067  16S ribosomal RNA  91 
 
 
1517 bp  1935    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0036  16S ribosomal RNA  89.22 
 
 
1509 bp  866    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.18027 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0032  16S ribosomal RNA  89.31 
 
 
1520 bp  1564    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.000901783  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0041  16S ribosomal RNA  89.31 
 
 
1520 bp  1564    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0021  16S ribosomal RNA  88.95 
 
 
1515 bp  1431    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.222363 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0038  16S ribosomal RNA  87.11 
 
 
1515 bp  1425    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.000160883  decreased coverage  0.00357812 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0027  16S ribosomal RNA  88.72 
 
 
1515 bp  1407    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0042  16S ribosomal RNA  88.72 
 
 
1515 bp  1407    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0519048  normal  0.0131861 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1412  16S ribosomal RNA  87.98 
 
 
1474 bp  961    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0024  16S ribosomal RNA  83.36 
 
 
1536 bp  842    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0004  16S ribosomal RNA  88.67 
 
 
1511 bp  1614    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.738852  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0032  16S ribosomal RNA  88.67 
 
 
1511 bp  1614    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0021  16S ribosomal RNA  88.95 
 
 
1515 bp  1431    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.812892  normal  0.0276093 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0038  16S ribosomal RNA  88.95 
 
 
1515 bp  1431    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00000101805  decreased coverage  0.0014476 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0023  16S ribosomal RNA  88.86 
 
 
1513 bp  1437    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.15759 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0040  16S ribosomal RNA  88.86 
 
 
1513 bp  1437    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.179293 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0005  16S ribosomal RNA  89.73 
 
 
1528 bp  1635    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.022366  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0031  16S ribosomal RNA  89.73 
 
 
1528 bp  1635    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.00134109  normal  0.111523 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0043  16S ribosomal RNA  89.73 
 
 
1528 bp  1635    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.942291  normal  0.0921912 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14046  16S ribosomal RNA  89.39 
 
 
1540 bp  1467    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.73486e-38  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0036  16S ribosomal RNA  92.55 
 
 
1512 bp  1415    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0700117  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0053  16S ribosomal RNA  92.55 
 
 
1512 bp  1415    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>