196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1861 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_1861  transcription factor WhiB  100 
 
 
109 aa  223  6e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.254853  hitchhiker  0.00875656 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09060  transcription factor WhiB  69.7 
 
 
111 aa  142  2e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.039305  normal  0.196781 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2347  transcription factor WhiB  68.04 
 
 
108 aa  140  6e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00874285  hitchhiker  0.00000418594 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2549  transcription factor WhiB  70.1 
 
 
108 aa  137  3.9999999999999997e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3765  transcription factor WhiB  82.72 
 
 
95 aa  135  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4070  transcription factor WhiB  78.31 
 
 
87 aa  134  4e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.233037  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6331  transcription factor WhiB  74.44 
 
 
102 aa  134  4e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0016166  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31070  transcription factor WhiB  72.53 
 
 
95 aa  134  5e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.621889  normal  0.666972 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2515  WhiB family transcriptional regulator  88.57 
 
 
97 aa  131  3e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1411  transcription factor WhiB  79.01 
 
 
84 aa  130  5e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4172  transcription factor WhiB  81.33 
 
 
92 aa  130  7.999999999999999e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.632092  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0751  transcription factor WhiB  87.14 
 
 
85 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.393905  normal  0.114525 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13289  transcriptional regulatory protein whib-like whiB2  87.88 
 
 
123 aa  128  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1206  transcription factor WhiB  69.39 
 
 
105 aa  127  3e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.56216 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3301  transcription factor WhiB  76.19 
 
 
153 aa  128  3e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.70725  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4729  transcription factor WhiB  80.52 
 
 
133 aa  127  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0996749  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1325  transcription factor WhiB  81.58 
 
 
129 aa  127  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.19841  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1342  transcription factor WhiB  81.58 
 
 
129 aa  127  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.743036 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1361  transcription factor WhiB  81.58 
 
 
129 aa  127  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.373176  normal  0.483357 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3850  transcription factor WhiB  75.56 
 
 
155 aa  127  5.0000000000000004e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.146989  normal  0.0930032 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1184  transcription factor WhiB  89.39 
 
 
108 aa  125  2.0000000000000002e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.824369  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1734  transcription factor WhiB  61.95 
 
 
133 aa  124  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.740577 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7609  transcription factor WhiB  81.16 
 
 
103 aa  124  5e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20790  transcription factor WhiB  81.16 
 
 
99 aa  119  9.999999999999999e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.116368  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1382  transcription factor WhiB  81.43 
 
 
86 aa  119  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0457  transcription factor WhiB  74.07 
 
 
106 aa  118  1.9999999999999998e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0155662  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1263  transcription factor WhiB  82.81 
 
 
177 aa  117  3.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000566735 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1192  transcription factor WhiB  81.25 
 
 
181 aa  117  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0679165  n/a   
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4662  transcriptional regulatory protein WhiB-like WhiB2  72 
 
 
96 aa  116  9e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.160816 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0746  transcription factor WhiB  85 
 
 
210 aa  115  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4303  transcription factor WhiB  73.97 
 
 
112 aa  114  3e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.956694  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08530  transcription factor WhiB  82.54 
 
 
88 aa  113  6.9999999999999995e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.590298 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5864  transcription factor WhiB  83.33 
 
 
213 aa  113  7.999999999999999e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0507295  normal  0.151599 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0947  transcription factor WhiB  85.96 
 
 
85 aa  111  3e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.865842 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05270  Transcription factor WhiB  60.87 
 
 
176 aa  109  1.0000000000000001e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.463527  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0761  hypothetical protein  72.58 
 
 
99 aa  104  5e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.0000133988  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2403  transcription factor WhiB  79.03 
 
 
110 aa  103  7e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.715181  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0317  transcription factor WhiB  62.69 
 
 
127 aa  92  2e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1766  transcription factor WhiB  52.24 
 
 
80 aa  82.8  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0586  transcription factor WhiB  50.65 
 
 
90 aa  76.6  0.0000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.470912 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0566  transcription factor WhiB  50 
 
 
121 aa  74.3  0.0000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.656098  n/a   
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3459  transcription factor WhiB  64.71 
 
 
164 aa  72.4  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0328  transcription factor WhiB  48.44 
 
 
97 aa  70.5  0.000000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08190  transcription factor WhiB  51.39 
 
 
95 aa  70.1  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4685  transcription factor WhiB  45.95 
 
 
84 aa  68.2  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.067273  normal  0.154546 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0764  hypothetical protein  48.05 
 
 
92 aa  68.6  0.00000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0534059  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5308  transcription factor WhiB  47.76 
 
 
107 aa  68.2  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.538653  normal  0.906858 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1713  transcription factor WhiB  47.3 
 
 
83 aa  67.8  0.00000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1782  transcription factor WhiB  45.95 
 
 
84 aa  67.8  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.554271  normal  0.754693 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0560  transcription factor WhiB  50 
 
 
83 aa  67.4  0.00000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.824957 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0971  transcription factor WhiB  49.33 
 
 
82 aa  67.4  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.616847 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20500  transcription factor WhiB  47.22 
 
 
82 aa  66.6  0.00000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.490693  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3759  transcription factor WhiB  48 
 
 
82 aa  66.6  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1383  transcription factor WhiB  44.59 
 
 
84 aa  66.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.260043  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1401  transcription factor WhiB  44.59 
 
 
84 aa  66.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1417  transcription factor WhiB  44.59 
 
 
84 aa  66.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.660558  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13245  transcriptional regulatory protein whib-like whiB1  44.59 
 
 
84 aa  66.6  0.0000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.608613 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6289  transcription factor WhiB  45.95 
 
 
84 aa  66.6  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0833  transcription factor WhiB  52.31 
 
 
97 aa  66.2  0.0000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.503059  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2396  transcription factor WhiB  46.05 
 
 
82 aa  65.9  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.483285  hitchhiker  0.000868268 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1057  transcription factor WhiB  46.38 
 
 
103 aa  65.5  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30700  transcription factor WhiB  47.3 
 
 
84 aa  65.1  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.588059  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1110  transcription factor WhiB  44.44 
 
 
84 aa  65.1  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.126652  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2326  transcription factor WhiB  51.52 
 
 
150 aa  64.7  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4184  transcription factor WhiB  47.44 
 
 
83 aa  64.7  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3521  transcription factor WhiB  44.44 
 
 
84 aa  64.7  0.0000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.922627  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5161  transcription factor WhiB  47.3 
 
 
88 aa  63.9  0.0000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13712  transcriptional regulatory protein whib-like whiB4  42.25 
 
 
118 aa  63.5  0.0000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0618249 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1412  transcription factor WhiB  44.44 
 
 
83 aa  63.2  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3716  transcription factor WhiB  41.54 
 
 
129 aa  63.2  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8306  transcription factor WhiB  44.44 
 
 
84 aa  62.4  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.161409  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07590  Transcription factor WhiB  51.32 
 
 
99 aa  62.8  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.882581  normal  0.470516 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4081  transcription factor WhiB  41.89 
 
 
85 aa  62.4  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0252513 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6686  hypothetical protein  46.97 
 
 
104 aa  62  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.429738  normal  0.109812 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1741  transcription factor WhiB  42.5 
 
 
101 aa  62  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0449249  normal  0.98439 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5441  transcription factor WhiB  37.93 
 
 
118 aa  62  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.331052 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1366  transcription factor WhiB  43.48 
 
 
118 aa  61.2  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.460048 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0236  transcription factor WhiB  44.78 
 
 
97 aa  61.6  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.512712  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1232  hypothetical protein  44.93 
 
 
87 aa  60.8  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00353561 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0428  transcription factor WhiB  43.48 
 
 
116 aa  60.8  0.000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.229171 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3701  transcription factor WhiB  40.54 
 
 
85 aa  60.5  0.000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.853386  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4097  transcription factor WhiB  40 
 
 
131 aa  60.5  0.000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1883  putative regulatory protein  44.12 
 
 
99 aa  60.1  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.264414  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2241  transcription factor WhiB  43.94 
 
 
104 aa  60.1  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.105854 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3938  transcription factor WhiB  41.1 
 
 
103 aa  60.1  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.593836  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5211  transcription factor WhiB  38.37 
 
 
89 aa  59.3  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.198734  normal  0.560641 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2805  transcription factor WhiB  42.65 
 
 
99 aa  58.9  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188246  normal  0.210828 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3695  transcription factor WhiB  43.24 
 
 
85 aa  58.9  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.698036 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0299  regulatory protein  39.33 
 
 
88 aa  58.5  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4824  transcription factor WhiB  38.89 
 
 
118 aa  58.5  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4910  transcription factor WhiB  38.89 
 
 
118 aa  58.5  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.695176  normal  0.54067 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5211  transcription factor WhiB  38.89 
 
 
118 aa  58.5  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534412 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1816  transcription factor WhiB  43.02 
 
 
95 aa  57  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5494  transcription factor WhiB  38.96 
 
 
90 aa  57  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0552744  normal  0.028254 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1721  transcription factor WhiB  44.59 
 
 
98 aa  56.2  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7711  transcription factor WhiB  41.79 
 
 
83 aa  55.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.685734 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2328  transcription factor WhiB  43.24 
 
 
98 aa  56.2  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1877  transcription factor WhiB  43.28 
 
 
82 aa  55.8  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0694985  normal  0.908657 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3795  transcription factor WhiB  43.28 
 
 
82 aa  55.8  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.335539  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0901  transcription factor WhiB  43.24 
 
 
98 aa  55.5  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>