More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_6643 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_6643  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
225 aa  447  1e-125  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00172132 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.31 
 
 
220 aa  125  7e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2362  sigma-24 (FecI-like)  37.11 
 
 
200 aa  123  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000744354 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2125  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.34 
 
 
205 aa  117  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.726167  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0635  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.02 
 
 
211 aa  116  3e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0459  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.22 
 
 
199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6420  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.33 
 
 
174 aa  112  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.562422 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.59 
 
 
203 aa  112  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0132  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.46 
 
 
194 aa  111  8.000000000000001e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000156135  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2019  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.7 
 
 
193 aa  109  3e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.77 
 
 
206 aa  109  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.42 
 
 
200 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4505  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.02 
 
 
174 aa  108  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.14647  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.71 
 
 
192 aa  108  6e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.16 
 
 
216 aa  108  9.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  107  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.75 
 
 
215 aa  107  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.21 
 
 
200 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.64 
 
 
199 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.75 
 
 
199 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.29 
 
 
193 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.29 
 
 
193 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.08 
 
 
200 aa  106  3e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
192 aa  106  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.42 
 
 
192 aa  105  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.02 
 
 
192 aa  105  5e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.15 
 
 
192 aa  105  6e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.88 
 
 
192 aa  105  6e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35 
 
 
193 aa  105  6e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
199 aa  105  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.64 
 
 
199 aa  105  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.64 
 
 
199 aa  105  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
392 aa  104  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.46 
 
 
192 aa  104  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.76 
 
 
193 aa  104  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.64 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
199 aa  104  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.64 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.64 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.02 
 
 
192 aa  104  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.46 
 
 
192 aa  104  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.64 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.64 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.64 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.64 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.58 
 
 
192 aa  104  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.64 
 
 
199 aa  103  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.12 
 
 
208 aa  103  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.46 
 
 
192 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.46 
 
 
192 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.9 
 
 
193 aa  103  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.46 
 
 
192 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.64 
 
 
199 aa  103  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.46 
 
 
192 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.46 
 
 
192 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.64 
 
 
199 aa  103  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.46 
 
 
192 aa  103  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3077  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.91 
 
 
191 aa  103  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0022477  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1198  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.91 
 
 
191 aa  103  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000152256  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.58 
 
 
192 aa  102  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.88 
 
 
193 aa  102  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3604  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.26 
 
 
191 aa  102  4e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0116592  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.04 
 
 
201 aa  102  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1182  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.26 
 
 
191 aa  102  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0314169  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1129  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.26 
 
 
191 aa  102  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0822674  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.28 
 
 
192 aa  102  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.07 
 
 
192 aa  102  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1006  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.1 
 
 
194 aa  102  5e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  35.29 
 
 
193 aa  102  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
199 aa  101  9e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.33 
 
 
193 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1067  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.45 
 
 
215 aa  101  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0267044  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.33 
 
 
193 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.58 
 
 
201 aa  101  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.33 
 
 
193 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0065  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.21 
 
 
193 aa  100  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0245104  normal  0.695831 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.33 
 
 
193 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3676  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.06 
 
 
191 aa  101  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302795  normal  0.408035 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.76 
 
 
193 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.59 
 
 
198 aa  100  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.28 
 
 
190 aa  99.8  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.42 
 
 
223 aa  99.8  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01711  RNA polymerase sigma factor RpoE  33 
 
 
206 aa  99.8  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45569  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.03 
 
 
208 aa  99.4  4e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.212033  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3047  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.86 
 
 
188 aa  99.4  4e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.495668  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.66 
 
 
191 aa  99.4  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  33.91 
 
 
191 aa  99  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.91 
 
 
191 aa  99  5e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.91 
 
 
191 aa  99  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.91 
 
 
191 aa  99  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.91 
 
 
191 aa  99  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.91 
 
 
191 aa  99  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  33.91 
 
 
191 aa  99  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.91 
 
 
191 aa  99  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>