More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4879 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_4879  Exodeoxyribonuclease V  100 
 
 
1284 aa  2578    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.274715 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.46 
 
 
1204 aa  310  8e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1459  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.69 
 
 
1226 aa  288  5.999999999999999e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.71 
 
 
1230 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.32 
 
 
1207 aa  274  1e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.13 
 
 
1168 aa  259  2e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.72 
 
 
1274 aa  258  7e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.5 
 
 
1251 aa  256  2.0000000000000002e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.42 
 
 
1269 aa  255  3e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.42 
 
 
1223 aa  255  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.62 
 
 
1263 aa  253  1e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01028  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.48 
 
 
1336 aa  251  5e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.79 
 
 
1269 aa  245  5e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.55 
 
 
1259 aa  239  2e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.07 
 
 
1229 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.23 
 
 
1200 aa  230  1e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3232  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.49 
 
 
1240 aa  229  3e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0067022  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.31 
 
 
1203 aa  228  5.0000000000000005e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.32 
 
 
1251 aa  227  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1901  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.5 
 
 
1224 aa  225  4e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0929  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.03 
 
 
1216 aa  224  7e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.38 
 
 
1199 aa  223  9.999999999999999e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.32 
 
 
1273 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4568  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.16 
 
 
1263 aa  221  5e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.36 
 
 
1273 aa  221  5e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  29.36 
 
 
1273 aa  221  5e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.23 
 
 
1273 aa  221  6e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.43 
 
 
1273 aa  220  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  27.12 
 
 
1208 aa  216  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1359  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.53 
 
 
1226 aa  213  2e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.3 
 
 
1229 aa  213  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1624  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.82 
 
 
1240 aa  212  3e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.547512  normal  0.545211 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0681  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.93 
 
 
1230 aa  211  5e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.639627  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1401  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.27 
 
 
1221 aa  211  6e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1748  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.02 
 
 
1241 aa  209  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3320  exonuclease V subunit beta  27.82 
 
 
1181 aa  206  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.602721 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3206  exonuclease V subunit beta  27.98 
 
 
1181 aa  204  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.146819  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3220  exonuclease V subunit beta  28.04 
 
 
1181 aa  204  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3140  exonuclease V subunit beta  27.71 
 
 
1181 aa  204  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3157  exonuclease V subunit beta  27.49 
 
 
1181 aa  203  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4671  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.31 
 
 
1224 aa  202  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000828259 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0997  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.06 
 
 
1203 aa  202  3.9999999999999996e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.749431 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0011  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.17 
 
 
1241 aa  201  7e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0521  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.29 
 
 
1274 aa  200  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000558508 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.46 
 
 
1085 aa  199  3e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4537  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.12 
 
 
1224 aa  194  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.227788  normal  0.354601 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3231  exonuclease V subunit beta  26.04 
 
 
1220 aa  193  2e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0991  exonuclease V subunit beta  26.04 
 
 
1220 aa  192  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1043  exonuclease V subunit beta  26.04 
 
 
1220 aa  193  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.99 
 
 
1200 aa  192  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2352  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.34 
 
 
1355 aa  192  2.9999999999999997e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4673  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.8 
 
 
1224 aa  191  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.214082 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1614  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.79 
 
 
1232 aa  192  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0364449  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3814  exonuclease V subunit beta  26.57 
 
 
1183 aa  190  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565336  normal  0.0108471 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2171  Exodeoxyribonuclease V  26.12 
 
 
1152 aa  189  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28 
 
 
1226 aa  187  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0914  exonuclease V subunit beta  28.11 
 
 
1194 aa  186  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2932  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.55 
 
 
1198 aa  184  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2547  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.55 
 
 
1198 aa  184  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.789149 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0324  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.98 
 
 
1129 aa  183  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.904758 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.6 
 
 
1272 aa  182  2.9999999999999997e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000848552 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0252  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.16 
 
 
1111 aa  182  2.9999999999999997e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.103947  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.7 
 
 
1130 aa  182  4e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.23 
 
 
1203 aa  182  4.999999999999999e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1904  exodeoxyribonuclease V, 135 kDa subunit  32.53 
 
 
1208 aa  181  9e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.8 
 
 
1109 aa  180  2e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.915993  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4851  exodeoxyribonuclease V beta chain  27.24 
 
 
1244 aa  179  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.44 
 
 
1238 aa  178  6e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1848  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.05 
 
 
1321 aa  175  5e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1209  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.49 
 
 
1097 aa  174  1e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1757  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.51 
 
 
1320 aa  172  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  30.78 
 
 
1224 aa  172  4e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2025  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.51 
 
 
1224 aa  171  8e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2295  Exodeoxyribonuclease V  26.96 
 
 
1110 aa  171  1e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2768  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.05 
 
 
1286 aa  168  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  31.26 
 
 
1212 aa  168  6.9999999999999995e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0993  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.68 
 
 
1125 aa  167  1.0000000000000001e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00861563  normal  0.126412 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10641  exonuclease V beta subunit recB  29.53 
 
 
1094 aa  166  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000417929  normal  0.0791919 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03906  exodeoxyribonuclease V beta chain  29.86 
 
 
1357 aa  165  5.0000000000000005e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0906  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.02 
 
 
1115 aa  164  9e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.025647 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.54 
 
 
1223 aa  164  9e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0804  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.79 
 
 
1242 aa  164  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.888497  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1981  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.64 
 
 
1259 aa  163  2e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.335433  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0900  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.02 
 
 
1115 aa  163  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.274913  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0917  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.02 
 
 
1115 aa  163  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.45261  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09621  UvrD/REP helicase subunit B  25.29 
 
 
1274 aa  162  4e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.484397 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2967  exonuclease V subunit beta  29.56 
 
 
1170 aa  160  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.483472  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02668  exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit  29.08 
 
 
1180 aa  160  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501353  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0871  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.08 
 
 
1180 aa  160  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0895  exonuclease V subunit beta  29.08 
 
 
1180 aa  160  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.861993  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3042  exonuclease V subunit beta  29.37 
 
 
1180 aa  160  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3140  exonuclease V subunit beta  29.08 
 
 
1180 aa  160  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02629  hypothetical protein  29.08 
 
 
1180 aa  160  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2966  exonuclease V subunit beta  29.08 
 
 
1180 aa  160  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4014  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.24 
 
 
1226 aa  160  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.398722 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1986  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.52 
 
 
1209 aa  159  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0259297  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4085  exonuclease V subunit beta  29.37 
 
 
1180 aa  159  4e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3263  exonuclease V subunit beta  29.26 
 
 
1181 aa  159  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3907  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.45 
 
 
1139 aa  155  7e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0574999  normal  0.0165259 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2746  Exodeoxyribonuclease V  25.76 
 
 
1134 aa  150  2.0000000000000003e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>