216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_2600 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_2600  Extracellular solute-binding protein  100 
 
 
423 aa  852    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.248833  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4361  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  51.69 
 
 
361 aa  367  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.671906  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3651  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.61 
 
 
351 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0498583 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  54.77 
 
 
350 aa  365  1e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.150064  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1971  putative TRAP-transporter extracellular solute-binding protein  49.23 
 
 
325 aa  311  2e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.418895  normal  0.696077 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1264  extracellular solute-binding protein  40.62 
 
 
354 aa  280  4e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.656157  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3397  TRAP transporter - DctP subunit  41.82 
 
 
348 aa  255  1.0000000000000001e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1815  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.37 
 
 
344 aa  219  6e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3778  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.59 
 
 
345 aa  215  9.999999999999999e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.29277  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.33 
 
 
367 aa  196  9e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.7 
 
 
366 aa  195  1e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.64 
 
 
371 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.04 
 
 
364 aa  185  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3789  periplasmic mannitol-binding protein  32.2 
 
 
368 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0416  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  33.12 
 
 
360 aa  182  1e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000442775  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4436  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.02 
 
 
369 aa  181  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.636208 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.91 
 
 
371 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.97 
 
 
360 aa  180  4.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.72 
 
 
372 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.14 
 
 
366 aa  178  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1750  twin-arginine translocation pathway signal  30.06 
 
 
359 aa  178  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0339  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.35 
 
 
357 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.5 
 
 
371 aa  178  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.72 
 
 
400 aa  178  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2343  hypothetical protein  34.11 
 
 
361 aa  178  2e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.264147 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  29.23 
 
 
374 aa  178  2e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  31.67 
 
 
370 aa  177  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.72 
 
 
400 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  31.96 
 
 
359 aa  177  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.42 
 
 
400 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.42 
 
 
374 aa  177  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0633  trap dicarboxylate transporter- dctp subunit  32.1 
 
 
351 aa  177  3e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  31.63 
 
 
363 aa  177  4e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.71 
 
 
370 aa  177  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  33.22 
 
 
370 aa  176  5e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.17 
 
 
370 aa  176  5e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  30.51 
 
 
378 aa  176  7e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1354  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  30.92 
 
 
372 aa  175  9.999999999999999e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000150608  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3150  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.95 
 
 
359 aa  176  9.999999999999999e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.117485  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2644  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.44 
 
 
373 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.841176  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4440  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.3 
 
 
369 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.270003 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3750  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.94 
 
 
355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.871351 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1450  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  31.82 
 
 
372 aa  175  1.9999999999999998e-42  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.55 
 
 
364 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.79 
 
 
369 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.41 
 
 
368 aa  173  5.999999999999999e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  30.19 
 
 
360 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0040  putative extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 
359 aa  172  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0892  extracellular solute-binding protein  30.46 
 
 
401 aa  172  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000149436  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2999  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.43 
 
 
379 aa  172  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3285  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.76 
 
 
360 aa  172  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0963  CjaC  29.94 
 
 
353 aa  172  1e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000247317  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0345  extracellular solute-binding protein  30.46 
 
 
372 aa  171  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0459  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.15 
 
 
360 aa  171  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.141093  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3120  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.43 
 
 
379 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0172761  normal  0.942467 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0671  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.91 
 
 
361 aa  171  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.45 
 
 
364 aa  171  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0446  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.77 
 
 
372 aa  171  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1560  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.8 
 
 
373 aa  170  3e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198541  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.61 
 
 
360 aa  171  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  31.96 
 
 
359 aa  170  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1404  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 
358 aa  169  6e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219343  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1558  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.75 
 
 
368 aa  169  7e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2244  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.6 
 
 
359 aa  169  8e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.342958  normal  0.0290816 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3676  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.56 
 
 
368 aa  169  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.318097 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3374  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.56 
 
 
368 aa  169  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.630322 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.93 
 
 
367 aa  169  9e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.94 
 
 
360 aa  169  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2882  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.23 
 
 
357 aa  169  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000710816 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3477  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.77 
 
 
358 aa  168  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0097  TRAP-T family sorbitol/mannitol periplasmic binding protein SmoM  30.65 
 
 
365 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.82 
 
 
360 aa  168  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0428  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.01 
 
 
387 aa  167  2e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0280038  normal  0.0226901 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1733  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.65 
 
 
365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2243  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.25 
 
 
360 aa  167  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273001  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.27 
 
 
365 aa  167  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 
362 aa  166  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  30.43 
 
 
362 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  31.15 
 
 
359 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1572  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.13 
 
 
360 aa  166  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  31.86 
 
 
363 aa  166  8e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4422  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.01 
 
 
361 aa  165  1.0000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1899  twin-arginine translocation pathway signal  33.33 
 
 
361 aa  164  2.0000000000000002e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.126096  normal  0.504906 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.51 
 
 
369 aa  165  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2016  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.8 
 
 
359 aa  165  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0633546  normal  0.0167782 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  28.53 
 
 
361 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2657  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.76 
 
 
335 aa  163  6e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1273  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.91 
 
 
360 aa  163  7e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02705  hypothetical protein  28.97 
 
 
364 aa  162  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003132  TRAP transporter solute receptor  28.66 
 
 
363 aa  161  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000514187  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4196  family 1 extracellular solute-binding protein  32.16 
 
 
333 aa  161  2e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  30.33 
 
 
360 aa  161  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0394  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.44 
 
 
379 aa  161  2e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0331945  hitchhiker  0.00125692 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.17 
 
 
360 aa  161  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3396  twin-arginine translocation pathway signal  29.97 
 
 
397 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485475  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3392  twin-arginine translocation pathway signal  28.88 
 
 
362 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  28.39 
 
 
362 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4010  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.37 
 
 
403 aa  160  5e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000079745  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2815  twin-arginine translocation pathway signal  32.68 
 
 
364 aa  159  6e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.793224  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1067  twin-arginine translocation pathway signal  30.36 
 
 
377 aa  159  7e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>