95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_0045 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_0045  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 275 aa  571  1.0000000000000001e-162  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0293315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0094  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.95 
 
 		 260 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0745635  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2074  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.47 
 
 		 291 aa  68.9  0.00000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.558135  hitchhiker  0.000000114613 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3964  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  24.76 
 
 		 293 aa  67  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2362  sigma-24 (FecI-like)  29.56 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000744354 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7081  hypothetical protein  30.34 
 
 		 334 aa  58.9  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  29.17 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.3 
 
 		 232 aa  55.5  0.0000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0582871  normal  0.0116011 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2515  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.73 
 
 		 204 aa  53.9  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000238354 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3833  RNA polymerase sigma factor SigE  25.3 
 
 		 294 aa  53.1  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.326287  normal  0.0286461 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.3 
 
 		 222 aa  53.1  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.72 
 
 		 184 aa  52.8  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0981  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.06 
 
 		 195 aa  52.8  0.000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.748497  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 		 185 aa  52.8  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.67 
 
 		 201 aa  52  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3169  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  19.44 
 
 		 273 aa  52  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2921  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.51 
 
 		 195 aa  52  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25900  RNA polymerase, sigma 29 subunit, SigE  24.7 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.933402 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0884  RNA polymerase sigma factor SigE  25.3 
 
 		 305 aa  51.6  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.321151 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11245  RNA polymerase sigma factor SigE  24.31 
 
 		 257 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00634169  normal  0.0158718 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2795  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.56 
 
 		 209 aa  51.6  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.365192  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8248  RNA polymerase sigma factor SigL  29.45 
 
 		 177 aa  50.8  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0601  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.5 
 
 		 201 aa  50.4  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.22 
 
 		 198 aa  50.4  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4872  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.59 
 
 		 312 aa  50.4  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00989255 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.39 
 
 		 190 aa  49.7  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3576  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  28.48 
 
 		 213 aa  48.9  0.00009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.745375  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1857  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  25.15 
 
 		 201 aa  48.9  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.389355  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1123  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.43 
 
 		 196 aa  48.9  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0441  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.39 
 
 		 180 aa  47.4  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4074  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.38 
 
 		 169 aa  48.1  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  unclonable  0.0000000316034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2200  RNA polymerase sigma factor SigE  22.42 
 
 		 282 aa  47  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.681344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5546  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.7 
 
 		 246 aa  46.6  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.753854 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4008  RNA polymerase sigma factor SigE  23.03 
 
 		 253 aa  47  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.290369  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1006  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.95 
 
 		 194 aa  46.6  0.0004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4068  RNA polymerase sigma factor SigE  23.03 
 
 		 260 aa  46.6  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0887025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3994  RNA polymerase sigma factor SigE  23.03 
 
 		 260 aa  46.6  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.622546  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3144  sigma-24 (FecI-like)  29.03 
 
 		 187 aa  46.2  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.283984  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4666  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.6 
 
 		 170 aa  46.2  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4496  RNA polymerase sigma factor SigE  23.03 
 
 		 269 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.11684  normal  0.283711 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3164  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.97 
 
 		 168 aa  45.8  0.0008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0409  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.64 
 
 		 205 aa  45.8  0.0008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.220801 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4026  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.56 
 
 		 198 aa  45.4  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108875  normal  0.868186 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0057  RNA polymerase sigma factor SigL  27.5 
 
 		 177 aa  45.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.84 
 
 		 199 aa  45.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4479  RNA polymerase sigma factor  25.43 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3684  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.58 
 
 		 247 aa  44.7  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.328373  normal  0.718843 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5824  RNA polymerase sigma factor  25.43 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.417668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3889  RNA polymerase sigma factor  25.75 
 
 		 225 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1644  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.94 
 
 		 222 aa  45.4  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0395  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.29 
 
 		 195 aa  45.4  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8781  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.78 
 
 		 183 aa  45.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3106  RNA polymerase sigma factor SigM  26.47 
 
 		 206 aa  45.4  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0504  RNA polymerase sigma factor SigE  22.94 
 
 		 191 aa  45.4  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.221643  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2544  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.97 
 
 		 187 aa  45.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000329231  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.21 
 
 		 192 aa  45.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.68 
 
 		 201 aa  45.4  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.080251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25 
 
 		 200 aa  45.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2243  RNA polymerase sigma-70 factor  23.78 
 
 		 179 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0167321  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.95 
 
 		 200 aa  44.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0811  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.27 
 
 		 177 aa  44.3  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1067  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.84 
 
 		 215 aa  44.3  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0267044  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2077  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.5 
 
 		 197 aa  44.7  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  23.56 
 
 		 236 aa  44.3  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02709  RNA polymerase sigma factor  23.49 
 
 		 185 aa  44.7  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4381  RNA polymerase sigma factor  24.86 
 
 		 250 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.566975 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4650  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.81 
 
 		 299 aa  43.9  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4806  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.18 
 
 		 293 aa  43.9  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2502  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  23.78 
 
 		 177 aa  43.9  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.852383  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2323  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  23.78 
 
 		 179 aa  43.9  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13051  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.13 
 
 		 222 aa  43.5  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.81 
 
 		 299 aa  43.9  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.362656  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4357  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.81 
 
 		 299 aa  43.9  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00533594 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1210  RNA polymerase sigma factor SigE  22.29 
 
 		 230 aa  43.9  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.380405  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2090  sigma-70 region 2 domain-containing protein  26.14 
 
 		 187 aa  43.5  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.71 
 
 		 193 aa  43.5  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.89 
 
 		 220 aa  43.5  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2499  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  23.17 
 
 		 177 aa  43.5  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0272  Fis family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 205 aa  43.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.341377  normal  0.75535 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8702  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.02 
 
 		 314 aa  43.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.193312 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2824  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  23.95 
 
 		 177 aa  43.1  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000658944 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2462  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.27 
 
 		 342 aa  43.1  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0745158  normal  0.0117059 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0456  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  26.75 
 
 		 192 aa  42.7  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.418666  normal  0.546035 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3232  RNA polymerase factor sigma-70  27.12 
 
 		 334 aa  42.7  0.006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0107051  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1223  RNA polymerase sigma factor SigJ  27.04 
 
 		 307 aa  42.7  0.006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1240  RNA polymerase sigma factor SigJ  27.04 
 
 		 307 aa  42.7  0.006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.833908 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2477  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.58 
 
 		 300 aa  42.7  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3917  RNA polymerase sigma factor  24.86 
 
 		 250 aa  42.7  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2517  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  23.17 
 
 		 177 aa  42.4  0.008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0428935 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4749  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.58 
 
 		 204 aa  42.4  0.008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.16 
 
 		 202 aa  42.4  0.008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3639  sigma-24 (FecI-like)  26.92 
 
 		 176 aa  42.4  0.009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2486  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.74 
 
 		 202 aa  42  0.01  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5390  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.71 
 
 		 181 aa  42  0.01  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122052  normal  0.314639 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0444  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.36 
 
 		 212 aa  42  0.01  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0155755  normal  0.700123 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>