49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hlac_3287 on replicon NC_012030
Organism: Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012030  Hlac_3287  transcription factor  100 
 
 
181 aa  362  1e-99  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3413  transcription factor  44.75 
 
 
186 aa  136  2e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1250  transcription factor  41.11 
 
 
186 aa  124  8.000000000000001e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0721  TATA-box binding family protein  39.44 
 
 
186 aa  123  1e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1863  TATA-box binding family protein  40.78 
 
 
186 aa  123  2e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.304276  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0133  TATA-box binding family protein  40.22 
 
 
186 aa  120  7e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1523  transcription factor  45 
 
 
186 aa  120  8e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.302764  normal  0.0166402 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0152  transcription factor  36.31 
 
 
183 aa  114  6.9999999999999995e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.939058  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2629  transcription factor  39.66 
 
 
185 aa  114  8.999999999999998e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0595  transcription factor  38.55 
 
 
183 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1320  transcription factor  35.75 
 
 
186 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0186  transcription factor  40.45 
 
 
181 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.537167  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1206  transcription factor  36.93 
 
 
194 aa  107  8.000000000000001e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.693601  hitchhiker  0.00093313 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0916  transcription factor  35.75 
 
 
186 aa  107  1e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.000000134892  hitchhiker  0.00000000296214 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0447  transcription factor  37.21 
 
 
189 aa  105  4e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1927  TATA-box binding family protein  38.04 
 
 
181 aa  105  4e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.688895  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1078  transcription factor  37.57 
 
 
199 aa  105  5e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0568  transcription factor  36.9 
 
 
186 aa  104  6e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.279117  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1260  transcription factor  37.08 
 
 
181 aa  103  1e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0729165  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1496  transcription factor  38.75 
 
 
206 aa  103  1e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000221739  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0807  transcription factor  37.7 
 
 
199 aa  103  1e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.364807  hitchhiker  0.00198948 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1917  TATA-box binding family protein  43.12 
 
 
291 aa  103  2e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2818  TATA-box binding family protein  49.5 
 
 
123 aa  103  2e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1388  transcription factor  34.64 
 
 
187 aa  102  2e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1270  transcription factor  36.52 
 
 
181 aa  102  3e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1728  transcription factor  38.04 
 
 
176 aa  102  4e-21  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.419666  normal  0.701049 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0971  TATA-box binding family protein  38.07 
 
 
181 aa  101  6e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1062  transcription factor  34.94 
 
 
184 aa  101  6e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0696  transcription factor  37.64 
 
 
181 aa  101  6e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0806  transcription factor  36.87 
 
 
201 aa  100  8e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1352  transcription factor  36.16 
 
 
197 aa  100  1e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.496063  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1416  transcription factor  37.08 
 
 
181 aa  99  4e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.223382  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0864  transcription factor  34.76 
 
 
183 aa  98.2  6e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0612  transcription factor  35.33 
 
 
174 aa  96.3  2e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.298266  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0323  transcription factor  31.11 
 
 
184 aa  95.9  3e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.940017  normal  0.981502 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1252  transcription factor  31.32 
 
 
193 aa  95.1  5e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1680  transcription factor  27.78 
 
 
184 aa  94.4  7e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01090  general RNA polymerase II transcription factor, putative  31.82 
 
 
232 aa  94  1e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2006  transcription factor  32.22 
 
 
184 aa  92.8  2e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.720701  normal  0.180889 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2099  transcription factor  30.56 
 
 
184 aa  92.8  2e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_38880  TATA-binding protein  31.95 
 
 
247 aa  92  4e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.130977  normal  0.751023 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0593  transcription factor  32.02 
 
 
192 aa  92  4e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.516283  normal  0.112679 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0440  transcription factor  30 
 
 
188 aa  88.6  4e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0598  2-alkenal reductase  31.64 
 
 
186 aa  88.6  5e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1519  TATA-box binding family protein  32.4 
 
 
187 aa  87  1e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00147991 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26716  predicted protein  29.59 
 
 
226 aa  86.3  2e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.258569  normal  0.155129 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04976  TATA-box-binding protein (TATA-box factor)(TATA-binding factor)(TATA sequence-binding protein)(TBP)(Transcription initiation factor TFIID TBP subunit) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q12731]  32.48 
 
 
284 aa  85.9  3e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.419076  normal  0.827915 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10199  predicted protein  31.25 
 
 
203 aa  77.4  0.0000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.478324  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0293  TATA-box binding  36.5 
 
 
142 aa  76.6  0.0000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00000761553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>