134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hlac_2078 on replicon NC_012029
Organism: Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012029  Hlac_2078  translation initiation factor Sui1  100 
 
 
97 aa  197  3.9999999999999996e-50  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.157753  normal  0.161852 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2534  translation initiation factor Sui1  92.78 
 
 
97 aa  188  2.9999999999999997e-47  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0627  translation initiation factor Sui1  91.75 
 
 
97 aa  186  1e-46  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.344568  normal  0.0369514 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1589  translation initiation factor SUI1  85.57 
 
 
97 aa  179  1e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3580  translation initiation factor SUI1  84.54 
 
 
97 aa  176  9e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0366  translation initiation factor Sui1  62.5 
 
 
102 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.485747  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1997  translation initiation factor Sui1  65.59 
 
 
101 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2911  translation initiation factor Sui1  62.37 
 
 
101 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.610007 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2049  translation initiation factor Sui1  60.64 
 
 
102 aa  131  3.9999999999999996e-30  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  9.06796e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0534  translation initiation factor Sui1  58.51 
 
 
102 aa  130  6e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1902  translation initiation factor Sui1  59.14 
 
 
101 aa  128  3e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.445863 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1990  translation initiation factor Sui1  58.06 
 
 
101 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.173468 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0321  translation initiation factor Sui1  54.74 
 
 
101 aa  123  8.000000000000001e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1391  translation initiation factor Sui1  52.63 
 
 
113 aa  108  3e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0622  translation initiation factor SUI1  48.94 
 
 
102 aa  106  1e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0717  translation initiation factor Sui1  48.42 
 
 
107 aa  104  4e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  decreased coverage  0.00154405  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0210  translation initiation factor SUI1  52.81 
 
 
98 aa  103  9e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0172  translation initiation factor Sui1  48.42 
 
 
102 aa  103  1e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0000141332  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0651  translation initiation factor Sui1  48.42 
 
 
102 aa  103  1e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  decreased coverage  0.000000000433453  decreased coverage  0.0000613351 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1267  translation initiation factor Sui1  48.42 
 
 
102 aa  103  1e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  decreased coverage  0.00000000000776224  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2075  translation initiation factor SUI1  55.13 
 
 
98 aa  93.6  8e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2210  translation initiation factor Sui1  54.65 
 
 
99 aa  90.1  9e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000269686 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1423  translation initiation factor SUI1  47.67 
 
 
100 aa  87.8  4e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3637  translation initiation factor SUI1  52.56 
 
 
98 aa  88.2  4e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0505  translation initiation factor SUI1  44.3 
 
 
120 aa  79  0.00000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.583781  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0760  translation initiation factor SUI1  40.96 
 
 
121 aa  67  0.00000000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3853  translation initiation factor SUI1  34.48 
 
 
123 aa  59.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1754  translation initiation factor SUI1  33.33 
 
 
120 aa  58.9  0.00000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  decreased coverage  0.000000113267  hitchhiker  0.00210388 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0413  translation initiation factor Sui1  39.08 
 
 
122 aa  58.5  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3941  translation initiation factor SUI1  35.9 
 
 
110 aa  57.8  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0471  translation initiation factor SUI1  33.72 
 
 
110 aa  57.4  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0413  translation initiation factor Sui1  34.65 
 
 
122 aa  57.4  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.205181  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2806  translation initiation factor Sui1  35.71 
 
 
121 aa  57  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.297006  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1480  translation initiation factor Sui1  33.33 
 
 
120 aa  56.2  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1627  translation initiation factor SUI1  33.68 
 
 
113 aa  56.2  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0438  translation initiation factor 1 (eIF-1/SUI1)  33.33 
 
 
120 aa  56.6  0.0000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1504  translation initiation factor SUI1  34.04 
 
 
107 aa  56.6  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0267  translation initiation factor 1 (eIF-1/SUI1)  31.68 
 
 
124 aa  56.2  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4810  translation initiation factor Sui1  38.67 
 
 
116 aa  55.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.61015 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2838  translation initiation factor SUI1  37.5 
 
 
110 aa  55.8  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.179746  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3549  translation initiation factor SUI1  32.65 
 
 
120 aa  55.8  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0680444 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5669  translation initiation factor SUI1  34 
 
 
120 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0691  translation initiation factor Sui1  34.69 
 
 
121 aa  55.5  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402227  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2854  translation initiation factor 1 (eIF-1/SUI1)  33.75 
 
 
111 aa  55.1  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.339586  normal  0.0877983 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2364  translation initiation factor Sui1  45.16 
 
 
111 aa  55.5  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0271288  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2186  translation initiation factor Sui1  41.94 
 
 
108 aa  55.1  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.019439  hitchhiker  0.000338309 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1757  translation initiation factor SUI1  34.69 
 
 
120 aa  54.3  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0584  translation initiation factor SUI1  31.11 
 
 
120 aa  54.3  0.0000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00019387 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1912  translation initiation factor Sui1  43.55 
 
 
108 aa  54.3  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000470884  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2237  translation initiation factor Sui1  43.55 
 
 
108 aa  54.3  0.0000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0294222  normal  0.0125302 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2023  translation initiation factor Sui1  43.55 
 
 
108 aa  54.3  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.785803  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1443  translation initiation factor SUI1  33.33 
 
 
125 aa  54.3  0.0000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00199904  normal  0.134693 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01715  Sui1 family protein  43.55 
 
 
110 aa  54.3  0.0000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0343  translation initiation factor Sui1  31 
 
 
121 aa  53.9  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000865275  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1917  translation initiation factor Sui1  41.94 
 
 
109 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000003145  hitchhiker  0.00000000000000420932 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2865  translation initiation factor SUI1  29.59 
 
 
119 aa  53.9  0.0000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1574  translation initiation factor SUI1  32.14 
 
 
128 aa  53.5  0.0000008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1511  translation initiation factor Sui1  41.94 
 
 
108 aa  53.5  0.0000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000972273  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10953  putative translation initiation factor  39.06 
 
 
109 aa  53.5  0.0000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.788012  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01259  translation initiation factor Sui1  41.94 
 
 
108 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000686676  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2365  translation initiation factor SUI1  41.94 
 
 
108 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000110904  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2203  translation initiation factor SUI1  31.91 
 
 
114 aa  53.1  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.513989 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1394  translation initiation factor Sui1  41.94 
 
 
108 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000598621  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1485  translation initiation factor Sui1  41.94 
 
 
108 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000305323  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2344  translation initiation factor Sui1  41.94 
 
 
108 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000454927  unclonable  0.000000015805 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1846  translation initiation factor Sui1  41.94 
 
 
109 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000134227  hitchhiker  8.5212e-20 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01270  hypothetical protein  41.94 
 
 
108 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000544894  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0636  translation initiation factor Sui1  40.32 
 
 
103 aa  52.8  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.171454  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0248  translation initation factor SUI1, putative  36.59 
 
 
110 aa  52.4  0.000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3188  translation initiation factor SUI1  30.86 
 
 
118 aa  52.4  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00588203  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2734  translation initiation factor 1 (eIF-1/SUI1)  32.35 
 
 
141 aa  52.8  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.309058  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1704  translation initiation factor SUI1  38.89 
 
 
108 aa  52.4  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00246322  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2580  translation initiation factor 1 (eIF-1/SUI1)  35.48 
 
 
107 aa  52  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0972  translation initiation factor 1 (eIF-1/SUI1)  38.71 
 
 
105 aa  51.6  0.000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000017895  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3343  translation initiation factor Sui1  28.72 
 
 
122 aa  52  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0563  translation initiation factor 1 (eIF-1/SUI1)  40.32 
 
 
83 aa  51.6  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1830  translation initiation factor Sui1  38.71 
 
 
108 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0277649  hitchhiker  8.595610000000001e-28 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1892  translation initiation factor Sui1  38.71 
 
 
108 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.137818  hitchhiker  0.0000000000000626787 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1835  translation initiation factor Sui1  38.71 
 
 
108 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00136333  hitchhiker  0.000244384 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1443  translation initiation factor Sui1  38.71 
 
 
108 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000185964  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1625  translation initiation factor Sui1  38.71 
 
 
108 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00194965  hitchhiker  4.78145e-19 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2964  translation initiation factor Sui1  34.15 
 
 
117 aa  51.6  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.650467 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2059  translation initiation factor SUI1  31.25 
 
 
120 aa  51.2  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1737  translation initiation factor SUI1  40.32 
 
 
108 aa  51.6  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00084137  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3154  translation initiation factor Sui1  34.15 
 
 
117 aa  51.6  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2639  translation initiation factor Sui1  40.32 
 
 
109 aa  50.8  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000116235  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64000  translation initiation factor Sui1  33.68 
 
 
123 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1910  translation initiation factor Sui1  37.84 
 
 
115 aa  50.4  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.101558 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2646  translation initiation factor Sui1  40.32 
 
 
108 aa  50.8  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000146872  hitchhiker  0.00000603572 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5560  translation initiation factor Sui1  33.68 
 
 
123 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000152  translation initiation factor SUI1-related protein  38.71 
 
 
103 aa  50.1  0.000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05783  translation initiation factor Sui1  38.71 
 
 
103 aa  50.4  0.000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0611  translation initiation factor Sui1  31.58 
 
 
123 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0649934 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0566  translation initiation factor Sui1  31.58 
 
 
123 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2142  translation initiation factor Sui1  38.71 
 
 
111 aa  48.5  0.00003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.183879  normal  0.356716 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0024  translation initiation factor SUI1  25.74 
 
 
120 aa  48.5  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.178151  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1568  translation initiation factor Sui1  40.32 
 
 
121 aa  48.9  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.509215  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0605  translation initiation factor SUI1  31.58 
 
 
184 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2419  translation initiation factor 1 (eIF-1/SUI1)  33.33 
 
 
108 aa  48.1  0.00004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1185  translation initiation factor SUI1  34.72 
 
 
114 aa  48.1  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00309802  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>