More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hlac_1821 on replicon NC_012029
Organism: Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012029  Hlac_1821  50S ribosomal protein L13P  100 
 
 
149 aa  302  1.0000000000000001e-81  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2594  50S ribosomal protein L13P  74.5 
 
 
148 aa  230  5e-60  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.342919  normal  0.0970947 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2549  ribosomal protein L13  72.48 
 
 
149 aa  229  8.000000000000001e-60  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2519  50S ribosomal protein L13P  73.15 
 
 
146 aa  219  9.999999999999999e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.594581  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0425  ribosomal protein L13  70.27 
 
 
151 aa  218  3e-56  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2389  50S ribosomal protein L13P  49.64 
 
 
139 aa  141  2e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000000134851  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1805  50S ribosomal protein L13P  46.72 
 
 
140 aa  130  9e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.602671  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1427  50S ribosomal protein L13P  47.83 
 
 
140 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0334284 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2897  50S ribosomal protein L13P  46.21 
 
 
140 aa  124  4.0000000000000003e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0230753  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1242  50S ribosomal protein L13P  43.07 
 
 
140 aa  122  1e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0012994  normal  0.58635 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2383  50S ribosomal protein L13P  42.75 
 
 
140 aa  121  3e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000110555  normal  0.666425 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1475  ribosomal protein L13  44.2 
 
 
138 aa  119  9.999999999999999e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2220  50S ribosomal protein L13P  42.34 
 
 
140 aa  118  3e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0482  ribosomal protein L13  40.69 
 
 
136 aa  117  7e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1096  50S ribosomal protein L13P  42.55 
 
 
138 aa  106  1e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1349  50S ribosomal protein L13P  43.51 
 
 
137 aa  102  2e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.499454  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1873  50S ribosomal protein L13P  37.06 
 
 
179 aa  102  2e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.201339 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0569  50S ribosomal protein L13P  43.51 
 
 
137 aa  101  4e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.396644 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0269  50S ribosomal protein L13P  42.42 
 
 
137 aa  99  2e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0635  50S ribosomal protein L13P  41.22 
 
 
137 aa  95.9  2e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0278  ribosomal protein L13  41.26 
 
 
154 aa  95.1  3e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_69349  60S large subunit ribosomal protein  33.33 
 
 
200 aa  92.8  1e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1971  50S ribosomal protein L13P  37.59 
 
 
182 aa  92  2e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.00936727  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2099  50S ribosomal protein L13P  35.81 
 
 
186 aa  90.5  6e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04202  RL16_NEUCR 60S ribosomal protein L16Ribosomal protein L16a ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UVN8]  34.23 
 
 
202 aa  87  8e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.880107 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1050  ribosomal protein L13  35.57 
 
 
149 aa  85.9  2e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0675751  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0695  50S ribosomal protein L13P  35.62 
 
 
185 aa  85.9  2e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.255324  normal  0.102804 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2329  50S ribosomal protein L13P  34.48 
 
 
186 aa  84.3  5e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  unclonable  0.0000000142062  hitchhiker  0.0000169503 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2143  50S ribosomal protein L13P  37.86 
 
 
147 aa  83.6  8e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000000325163  hitchhiker  0.000323505 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0426  50S ribosomal protein L13  31.08 
 
 
154 aa  82.8  0.000000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0183666 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26899  Ribosomal protein L13a, component of cytosolic 80S ribosome and 60S large subunit  31.94 
 
 
199 aa  81.3  0.000000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0138567  normal  0.0149822 
 
 
-
 
NC_006682  CNM02320  structural constituent of ribosome, putative  33.57 
 
 
199 aa  79.3  0.00000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0388877  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25375  predicted protein  30.5 
 
 
201 aa  71.6  0.000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0617  ribosomal protein L13  36.28 
 
 
147 aa  64.3  0.0000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0922  50S ribosomal protein L13  37.5 
 
 
147 aa  62.4  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3106  ribosomal protein L13  35.71 
 
 
147 aa  60.8  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0599  50S ribosomal protein L13  36.44 
 
 
147 aa  61.2  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.413798  normal  0.447745 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3086  50S ribosomal protein L13  30.4 
 
 
142 aa  61.2  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000435691  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2613  ribosomal protein L13  36.61 
 
 
147 aa  60.5  0.000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.888861  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3191  50S ribosomal protein L13  30.4 
 
 
142 aa  60.5  0.000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000050014  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1125  50S ribosomal protein L13  32.23 
 
 
147 aa  58.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.849812 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0661  ribosomal protein L13  35.4 
 
 
149 aa  58.2  0.00000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.07785  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23250  LSU ribosomal protein L13P  34.82 
 
 
147 aa  58.5  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3075  50S ribosomal protein L13  31.58 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2681  50S ribosomal protein L13  31.58 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0031  50S ribosomal protein L13  28.8 
 
 
142 aa  57.8  0.00000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1062  50S ribosomal protein L13  31.86 
 
 
144 aa  57.4  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000039802  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4284  ribosomal protein L13  35.59 
 
 
147 aa  57  0.00000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0401  50S ribosomal protein L13  32.03 
 
 
150 aa  56.2  0.0000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.245435  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3797  50S ribosomal protein L13  31.3 
 
 
142 aa  56.6  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000189229  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0969  50S ribosomal protein L13  31.86 
 
 
144 aa  56.2  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.476944 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0737  50S ribosomal protein L13  33.33 
 
 
142 aa  56.6  0.0000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.664104  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0971  50S ribosomal protein L13  33.93 
 
 
147 aa  56.6  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.704336  normal  0.0786185 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0911  50S ribosomal protein L13  32.48 
 
 
142 aa  55.8  0.0000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0721  ribosomal protein L13  34.96 
 
 
151 aa  55.8  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03091  50S ribosomal protein L13  30.43 
 
 
142 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000630317  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0475  ribosomal protein L13  30.43 
 
 
142 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000038374  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03042  hypothetical protein  30.43 
 
 
142 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000311613  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0791  50S ribosomal protein L13  31.11 
 
 
154 aa  55.5  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.532879  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3527  50S ribosomal protein L13  30.43 
 
 
142 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000295186  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0475  50S ribosomal protein L13  30.43 
 
 
142 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000136634  normal  0.174588 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3714  50S ribosomal protein L13  30.43 
 
 
142 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000482392  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3420  50S ribosomal protein L13  30.43 
 
 
142 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.0043600000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3536  50S ribosomal protein L13  30.43 
 
 
142 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000942951  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0787  50S ribosomal protein L13  31.11 
 
 
154 aa  55.5  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.945783  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3643  50S ribosomal protein L13  30.43 
 
 
142 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000310969  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3537  50S ribosomal protein L13  30.43 
 
 
142 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000244686  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4548  50S ribosomal protein L13  30.43 
 
 
142 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000032614  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3705  50S ribosomal protein L13  30.43 
 
 
142 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000756717  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3608  50S ribosomal protein L13  30.43 
 
 
142 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000171486  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2876  50S ribosomal protein L13  30.58 
 
 
143 aa  54.7  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000282289  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2762  50S ribosomal protein L13  32.76 
 
 
144 aa  54.7  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2614  50S ribosomal protein L13  34.4 
 
 
149 aa  54.7  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.784186  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0401  50S ribosomal protein L13  27.82 
 
 
149 aa  54.7  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.195211  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3639  50S ribosomal protein L13  30.43 
 
 
142 aa  55.1  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0081105  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2426  50S ribosomal protein L13  29.53 
 
 
164 aa  55.1  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0464276  normal  0.161189 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3039  50S ribosomal protein L13  30.95 
 
 
147 aa  54.7  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0862388  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0946  50S ribosomal protein L13  33.05 
 
 
145 aa  55.1  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000305629  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1514  50S ribosomal protein L13  28.36 
 
 
154 aa  54.7  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.8697  normal  0.477541 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0387  50S ribosomal protein L13  31.43 
 
 
141 aa  54.7  0.0000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29360  LSU ribosomal protein L13P  34.51 
 
 
147 aa  54.7  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220541  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2635  50S ribosomal protein L13  31.9 
 
 
144 aa  54.3  0.0000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_15678  Plastid ribosomal protein L13 large ribosomal subunit  33.62 
 
 
218 aa  54.7  0.0000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0368905  hitchhiker  0.00903198 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21990  LSU ribosomal protein L13P  30.65 
 
 
145 aa  54.7  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000237961  hitchhiker  0.00551635 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3545  50S ribosomal protein L13  28.8 
 
 
142 aa  54.3  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.43146e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3666  50S ribosomal protein L13  32.17 
 
 
142 aa  54.3  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000138225  normal  0.0768978 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20530  LSU ribosomal protein L13P  33.93 
 
 
149 aa  54.3  0.0000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.780175  normal  0.443705 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1049  50S ribosomal protein L13  30.58 
 
 
143 aa  54.3  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000177368  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3703  50S ribosomal protein L13  30.71 
 
 
142 aa  53.9  0.0000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000271958  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0110  ribosomal protein L13  35.59 
 
 
147 aa  53.9  0.0000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00100259  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01510  50S ribosomal protein L13  32.2 
 
 
142 aa  53.9  0.0000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.25739e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02460  50S ribosomal protein L13  32.2 
 
 
142 aa  53.9  0.0000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000118525  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0904  50S ribosomal protein L13  32.2 
 
 
142 aa  53.5  0.0000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.222508  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0606  50S ribosomal protein L13  32.23 
 
 
143 aa  53.9  0.0000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.43755e-16  hitchhiker  0.00414003 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0225  50S ribosomal protein L13  31.06 
 
 
151 aa  53.9  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2242  50S ribosomal protein L13  34.51 
 
 
142 aa  53.5  0.0000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0222  50S ribosomal protein L13  31.06 
 
 
151 aa  53.9  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0145687  normal  0.0118859 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1827  50S ribosomal protein L13  33.33 
 
 
147 aa  53.5  0.0000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000510048  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2495  50S ribosomal protein L13  30.37 
 
 
154 aa  53.5  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2586  50S ribosomal protein L13  32.31 
 
 
151 aa  53.1  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>