63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_2402 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008789  Hhal_2402  invasion gene expression up-regulator, SirB  100 
 
 
128 aa  243  6.999999999999999e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1287  Invasion gene expression up-regulator SirB  42.5 
 
 
126 aa  102  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0944  hypothetical protein  44.74 
 
 
127 aa  95.9  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1885  invasion gene expression up-regulator, SirB  43.36 
 
 
127 aa  92.4  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.079472  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0725  invasion gene expression up-regulator, SirB  44.44 
 
 
131 aa  91.7  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2564  hypothetical protein  40.54 
 
 
132 aa  90.5  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.44085  normal  0.177533 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3830  hypothetical protein  46.94 
 
 
139 aa  89.4  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0806  invasion gene expression up-regulator, SirB  46.15 
 
 
131 aa  87.8  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3166  invasion gene expression up-regulator, SirB  43.88 
 
 
131 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0800  invasion gene expression up-regulator, SirB  43.88 
 
 
131 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135652  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0772  invasion gene expression up-regulator, SirB  43.88 
 
 
131 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2379  invasion gene expression up-regulator, SirB  41.07 
 
 
129 aa  85.1  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0999  invasion gene expression up-regulator, SirB  40.34 
 
 
126 aa  83.6  8e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2458  hypothetical protein  41.8 
 
 
133 aa  81.6  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.225422  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0922  invasion gene expression up-regulator, SirB  41.84 
 
 
128 aa  82  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0130475  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2177  invasion gene expression up-regulator SirB  41.8 
 
 
133 aa  81.6  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0939064  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2064  sirB family protein  41.8 
 
 
133 aa  81.6  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000433498  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2077  invasion gene expression up-regulator, SirB  40.71 
 
 
129 aa  81.3  0.000000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0412299  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2560  invasion gene expression up-regulator, SirB  33.91 
 
 
125 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0147676  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2335  putative transcriptional regulator  39.2 
 
 
130 aa  79.7  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0700  invasion gene expression up-regulator SirB  41.76 
 
 
131 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3611  invasion gene expression up-regulator SirB  41.76 
 
 
131 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0384528  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3543  Invasion gene expression up-regulator SirB  41.76 
 
 
131 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.637299  hitchhiker  0.0000269359 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2405  Invasion gene expression up-regulator SirB  38.39 
 
 
131 aa  79.3  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3734  invasion gene expression up-regulator SirB  41.76 
 
 
131 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2112  Invasion gene expression up-regulator SirB  38.39 
 
 
131 aa  78.6  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.237229  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2907  invasion gene expression up-regulator, SirB  39.58 
 
 
128 aa  77  0.00000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.493009  normal  0.817295 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1992  invasion gene expression up-regulator SirB  36.89 
 
 
132 aa  77  0.00000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0896381  hitchhiker  0.00421382 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3124  invasion gene expression up-regulator SirB  39.62 
 
 
131 aa  77  0.00000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.129569  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3453  invasion gene expression up-regulator, SirB  36.94 
 
 
131 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3677  invasion gene expression up-regulator SirB  38.83 
 
 
131 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0538155  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03873  Invasion gene expression up-regulator, SirB  37.38 
 
 
112 aa  74.7  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02569  Invasion gene expression up-regulator, SirB  34.26 
 
 
114 aa  72.4  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.351393  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3550  SirB family protein  35.65 
 
 
121 aa  71.6  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.480134  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3554  invasion gene expression up-regulator SirB  33.63 
 
 
133 aa  69.7  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.108856 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1330  invasion gene expression up-regulator, SirB  39.29 
 
 
155 aa  69.3  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.50154  normal  0.673859 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0094  invasion gene expression up-regulator, SirB  40.16 
 
 
131 aa  67.8  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0261  Invasion gene expression up-regulator SirB  37.84 
 
 
140 aa  62  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.98068  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4728  invasion gene expression up-regulator, SirB  36.44 
 
 
129 aa  61.6  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1005  hypothetical protein  41.67 
 
 
136 aa  60.8  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0820181  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0792  protein SirB, invasion gene expression up-regulator  34.26 
 
 
126 aa  60.1  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.101967  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1361  putative transcriptional regulator  36.59 
 
 
130 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00122072  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01252  hypothetical protein  32.03 
 
 
127 aa  59.3  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1694  putative transcriptional regulator  36.59 
 
 
130 aa  58.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0140343  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1462  hypothetical protein  38.2 
 
 
120 aa  59.3  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.211632  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1377  putative transcriptional regulator  36.59 
 
 
130 aa  59.3  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00266632  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01198  hypothetical protein  35.77 
 
 
130 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.384969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2434  Invasion gene expression up-regulator SirB  35.77 
 
 
130 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00146716  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1911  putative transcriptional regulator  36.59 
 
 
125 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1929  putative transcriptional regulator  35.77 
 
 
130 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0183084  normal  0.0776128 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2413  putative transcriptional regulator  35.77 
 
 
130 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.502024  hitchhiker  0.0000200167 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1318  putative transcriptional regulator  35.77 
 
 
130 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000067182  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01188  predicted transcriptional regulator  35.77 
 
 
130 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.392805  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1969  putative transcriptional regulator  36.29 
 
 
125 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0200687  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1905  putative transcriptional regulator  36.29 
 
 
125 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.507373 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1365  putative transcriptional regulator  36.29 
 
 
129 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00583531  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1549  putative transcriptional regulator  36.29 
 
 
125 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.128221 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1754  hypothetical protein  31.75 
 
 
127 aa  52  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000212251  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004201  protein SirB2  30.1 
 
 
101 aa  52.4  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.2374  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6189  hypothetical protein  30.97 
 
 
126 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.209827  normal  0.0285321 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3144  invasion gene expression up-regulator, SirB  30 
 
 
123 aa  45.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0881039  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1689  hypothetical protein  35.45 
 
 
140 aa  44.7  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000187048  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1955  hypothetical protein  32.11 
 
 
124 aa  43.5  0.0009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0066535  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>