More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Haur_2300 on replicon NC_009972
Organism: Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009972  Haur_2300  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
197 aa  400  1e-111  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000153423  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.29 
 
 
70 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  51.47 
 
 
69 aa  74.7  0.0000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.22 
 
 
189 aa  74.7  0.0000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.0000000122537  unclonable  0.00000659676 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.41 
 
 
69 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  50.75 
 
 
70 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  51.47 
 
 
69 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  53.03 
 
 
70 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  51.47 
 
 
69 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.47 
 
 
69 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.41 
 
 
70 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1879  cold-shock DNA-binding domain protein  55.88 
 
 
70 aa  72  0.000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.53 
 
 
189 aa  72  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000124121  normal  0.525075 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  51.52 
 
 
70 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  53.03 
 
 
165 aa  71.2  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
70 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  50.75 
 
 
69 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
69 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
69 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
69 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
73 aa  69.7  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.72 
 
 
69 aa  70.5  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
69 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
73 aa  69.7  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  51.47 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  50 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.03 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.52 
 
 
69 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  51.52 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  51.52 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1099  cold-shock domain-contain protein  48.53 
 
 
69 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0660556  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1139  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.53 
 
 
69 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159877  normal  0.955199 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  50.72 
 
 
69 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2536  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.06 
 
 
69 aa  68.6  0.00000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  50.72 
 
 
69 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
69 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.55 
 
 
69 aa  67  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  50.72 
 
 
69 aa  66.6  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3984  cold shock domain family protein  49.32 
 
 
73 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231003  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1403  cold-shock protein, DNA-binding  49.32 
 
 
73 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.861967  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.25 
 
 
69 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  50.75 
 
 
69 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4415  cold-shock DNA-binding protein  49.32 
 
 
200 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0245079  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  50.75 
 
 
69 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  49.28 
 
 
70 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297742  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2376  cold shock domain family protein  50.72 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.85246  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00522  cold shock protein  48.48 
 
 
69 aa  64.3  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4547  cold-shock protein  50 
 
 
203 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51840  cold-shock protein  50 
 
 
204 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.192967  hitchhiker  0.0041484 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1263  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.27 
 
 
205 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18948  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 
70 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  45.59 
 
 
69 aa  63.5  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.07 
 
 
71 aa  63.5  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.53 
 
 
70 aa  63.5  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0374  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
69 aa  63.9  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000381403  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1209  cold-shock domain-contain protein  47.76 
 
 
91 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953881  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  45.59 
 
 
69 aa  62.8  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4209  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.71 
 
 
197 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0244  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
69 aa  62.8  0.000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
69 aa  62.8  0.000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4006  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
197 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
197 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.267087  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.46 
 
 
66 aa  62.8  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  52.24 
 
 
70 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 
70 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.75 
 
 
70 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.67 
 
 
156 aa  62.4  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.835969 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  42.65 
 
 
69 aa  62.4  0.000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
131 aa  62  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2354  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.97 
 
 
70 aa  62  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.895038  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.69 
 
 
69 aa  62.4  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  29.44 
 
 
311 aa  61.6  0.000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  47.83 
 
 
70 aa  62  0.000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
70 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.48 
 
 
71 aa  61.6  0.000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
71 aa  61.2  0.000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  46.15 
 
 
69 aa  60.8  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
69 aa  60.5  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0555  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.38 
 
 
155 aa  60.8  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.804868  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
69 aa  60.8  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  47.06 
 
 
70 aa  60.8  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  44.12 
 
 
69 aa  60.8  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.15 
 
 
69 aa  60.8  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.15 
 
 
69 aa  60.8  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.15 
 
 
69 aa  60.8  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
69 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.62 
 
 
69 aa  60.5  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 
69 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
69 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  47.69 
 
 
69 aa  60.1  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  47.69 
 
 
69 aa  60.5  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  45.45 
 
 
69 aa  60.1  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 
68 aa  60.1  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
68 aa  60.1  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
69 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  49.18 
 
 
66 aa  59.3  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
68 aa  59.3  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  49.18 
 
 
66 aa  59.3  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>