45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HY04AAS1_R0028 on replicon NC_011126
Organism: Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011126  HY04AAS1_R0028  tRNA-Gly  100 
 
 
72 bp  143  6e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000281549  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0014  tRNA-Gly  91.23 
 
 
72 bp  73.8  0.000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156388  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.308145  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0035  tRNA-Gly  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144039  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0017  tRNA-Gly  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0018  tRNA-Gly  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0002  tRNA-Gly  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.101258 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0017  tRNA-Gly  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0040  tRNA-Gly  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0047  tRNA-Gly  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0323697  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0043  tRNA-Gly  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0039  tRNA-OTHER  91.3 
 
 
71 bp  60  0.00000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.022052  normal  0.0225653 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0027  tRNA-Gly  87.72 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000174629  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0083  tRNA-Gly  86.15 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00487262  normal 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-5  tRNA-Ser  90.91 
 
 
67 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0040  tRNA-Gly  84.72 
 
 
75 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.346214  normal  0.248839 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  87.27 
 
 
75 bp  54  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0806  hypothetical protein  90.48 
 
 
108 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000935428 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0001  tRNA-Gly  92.11 
 
 
75 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67209  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0002  tRNA-Gly  92.11 
 
 
75 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0049  tRNA-Gly  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00351411  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0049  tRNA-Gly  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000536409  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19030  tRNA-Gly  93.94 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0002  tRNA-Gly  87.76 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.14234  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0051  tRNA-Gly  96.55 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0038  tRNA-Gly  88.64 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0003  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4556  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0016  tRNA-Gly  83.33 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203763  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0003  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.564977  normal  0.743111 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0024  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.663952  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0037  tRNA-OTHER  88.64 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.125942  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  96.3 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  96.3 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  96.3 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0021  tRNA-Gly  85.45 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.829882 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0015  tRNA-Gly  89.74 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000519668  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0051  tRNA-Ala  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.128011  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0056  tRNA-Ala  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0055  tRNA-Gly  86 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000930206  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0096  tRNA-Gly  86 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000621353  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0002  tRNA-Gly  86 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00924229  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0046  tRNA-Gly  85.19 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0052  tRNA-Gly  93.33 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.616527  hitchhiker  0.00092447 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>