More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HY04AAS1_0061 on replicon NC_011126
Organism: Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011126  HY04AAS1_0061  RNA binding S1 domain protein  100 
 
 
525 aa  1029    Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000665212  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1149  RNA binding S1 domain protein  31.76 
 
 
565 aa  197  3e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  28.55 
 
 
557 aa  168  2e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  26.56 
 
 
577 aa  153  8.999999999999999e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  27.96 
 
 
584 aa  152  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  27.96 
 
 
584 aa  151  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  27.09 
 
 
577 aa  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  26.7 
 
 
573 aa  150  4e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  27.59 
 
 
584 aa  150  6e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  26.85 
 
 
586 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  27.44 
 
 
570 aa  146  8.000000000000001e-34  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  25.67 
 
 
575 aa  146  8.000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  26.02 
 
 
562 aa  146  9e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  26.06 
 
 
720 aa  144  5e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  26.63 
 
 
596 aa  144  5e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2080  cytidylate kinase/ribosomal protein S1  28.05 
 
 
811 aa  141  1.9999999999999998e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  26.92 
 
 
574 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  26.46 
 
 
553 aa  141  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  28.02 
 
 
574 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  26.2 
 
 
593 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  25.33 
 
 
588 aa  136  8e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  25.22 
 
 
579 aa  136  8e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  24.77 
 
 
591 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  27.27 
 
 
608 aa  135  1.9999999999999998e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  28.02 
 
 
597 aa  135  1.9999999999999998e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  27.08 
 
 
561 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0873  30S ribosomal protein S1  26.56 
 
 
551 aa  133  6.999999999999999e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0435842  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  29.72 
 
 
570 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  26.57 
 
 
556 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1951  30S ribosomal protein S1  27.16 
 
 
606 aa  131  3e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.275526  normal  0.0589831 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1337  RNA-binding S1 domain-containing protein  26.72 
 
 
543 aa  131  3e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.0000610744  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0964  30S ribosomal protein S1  29.31 
 
 
562 aa  131  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  26.39 
 
 
556 aa  130  5.0000000000000004e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  24.49 
 
 
592 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4724  30S ribosomal protein S1  28.94 
 
 
561 aa  130  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271218  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  25.67 
 
 
558 aa  130  8.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5663  RNA binding S1 domain protein  27.63 
 
 
595 aa  129  9.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726551  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  25.33 
 
 
586 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  27.01 
 
 
604 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3285  30S ribosomal protein S1  29.31 
 
 
561 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00279338  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  25.18 
 
 
557 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  23.87 
 
 
592 aa  128  3e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  25.22 
 
 
560 aa  127  5e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000740795  hitchhiker  0.0000000202949 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2469  30S ribosomal protein S1  29.1 
 
 
561 aa  127  5e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.327946  normal  0.369216 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  25.48 
 
 
560 aa  127  5e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  28.31 
 
 
555 aa  127  5e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3124  30S ribosomal protein S1  29.31 
 
 
562 aa  127  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00164205  normal  0.0119703 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1391  30S ribosomal protein S1  29.1 
 
 
561 aa  127  6e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00553115  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  24.74 
 
 
556 aa  127  7e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1732  30S ribosomal protein S1  24.49 
 
 
589 aa  127  7e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000125222  decreased coverage  0.00441133 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0613  RNA binding S1 domain protein  26.67 
 
 
558 aa  127  7e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000620529  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1027  RNA binding S1 domain protein  29.82 
 
 
504 aa  126  8.000000000000001e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000173139  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  25.09 
 
 
555 aa  126  9e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  24.02 
 
 
591 aa  126  9e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  29.09 
 
 
561 aa  126  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  25.48 
 
 
559 aa  126  1e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0694  RNA binding S1 domain protein  26.27 
 
 
554 aa  126  1e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1614  30S ribosomal protein S1  29.31 
 
 
562 aa  125  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  25.85 
 
 
556 aa  125  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  28.31 
 
 
555 aa  125  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  27.27 
 
 
411 aa  124  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  24.86 
 
 
560 aa  124  3e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1789  30S ribosomal protein S1  27.33 
 
 
561 aa  124  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00123989 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  26.06 
 
 
559 aa  124  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  26.06 
 
 
559 aa  124  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  28.31 
 
 
555 aa  124  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1349  RNA-binding S1 domain-containing protein  25.92 
 
 
543 aa  124  5e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.143474  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2796  30S ribosomal protein S1  28.08 
 
 
561 aa  124  6e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355849  hitchhiker  0.000269522 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  25.62 
 
 
609 aa  123  7e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  28.05 
 
 
555 aa  123  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1540  30S ribosomal protein S1  28.83 
 
 
558 aa  123  8e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1597  30S ribosomal protein S1  28.83 
 
 
558 aa  123  8e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  25.85 
 
 
557 aa  122  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0200  30S ribosomal protein S1  28.93 
 
 
558 aa  122  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.977671  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0172  SSU ribosomal protein S1P  25.71 
 
 
570 aa  122  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0487527  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  29.36 
 
 
577 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  29.06 
 
 
561 aa  122  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2163  30S ribosomal protein S1  24.21 
 
 
559 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0054934  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0127  30S ribosomal protein S1  24.91 
 
 
551 aa  122  1.9999999999999998e-26  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  24.11 
 
 
573 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  29.36 
 
 
571 aa  121  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  29.36 
 
 
589 aa  121  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  28.64 
 
 
562 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1566  30S ribosomal protein S1  28.28 
 
 
566 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  28.43 
 
 
559 aa  120  6e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  26.28 
 
 
559 aa  120  7e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  27.53 
 
 
555 aa  120  7e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2244  30S ribosomal protein S1  27.48 
 
 
571 aa  120  7e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.777167  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0500  30S ribosomal protein S1  27 
 
 
557 aa  120  7.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.170768  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3013  30S ribosomal protein S1  26.24 
 
 
556 aa  120  7.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000348916  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  27.53 
 
 
555 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  25.34 
 
 
599 aa  119  9.999999999999999e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  27.53 
 
 
555 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  27.53 
 
 
555 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  27.53 
 
 
555 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  27.53 
 
 
555 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  28.41 
 
 
562 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  27.53 
 
 
555 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0902  30S ribosomal protein S1  26.58 
 
 
556 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  27.79 
 
 
555 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>