More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_r16S02 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_r00001  16S ribosomal RNA  87.06 
 
 
1542 bp  1437    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.01898  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00006  16S ribosomal RNA  87.19 
 
 
1542 bp  1453    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0446208  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00010  16S ribosomal RNA  87.26 
 
 
1542 bp  1461    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00367496  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00011  16S ribosomal RNA  87.19 
 
 
1542 bp  1453    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0360816  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00014  16S ribosomal RNA  87.26 
 
 
1542 bp  1461    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0514001  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00017  16S ribosomal RNA  87.26 
 
 
1542 bp  1461    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0241491  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00020  16S ribosomal RNA  87.19 
 
 
1542 bp  1453    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0158539  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0003  16S ribosomal RNA  87.09 
 
 
1530 bp  1429    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000874227  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0027  16S ribosomal RNA  87.16 
 
 
1530 bp  1437    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000160494  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0078  16S ribosomal RNA  87.22 
 
 
1530 bp  1445    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000571707  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0090  16S ribosomal RNA  87.16 
 
 
1530 bp  1437    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000103004  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0098  16S ribosomal RNA  87.16 
 
 
1530 bp  1437    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000143523  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0103  16S ribosomal RNA  87.09 
 
 
1530 bp  1429    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00308735  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0113  16S ribosomal RNA  86.96 
 
 
1530 bp  1413    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000562425  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0122  16S ribosomal RNA  87.15 
 
 
1535 bp  1227    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0472105  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_r16S01  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1541 bp  3055    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.301417  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_r16S02  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1541 bp  3055    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000986644  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_r16S03  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1541 bp  3055    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0270408  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_r16S04  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1541 bp  3055    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00428172  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_r16S05  16S ribosomal RNA  99.87 
 
 
1541 bp  3033    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00955184  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0007  16S ribosomal RNA  87.09 
 
 
1535 bp  1211    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150491  normal  0.406366 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0016  16S ribosomal RNA  87.09 
 
 
1535 bp  1211    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201681  hitchhiker  0.0000000136741 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0123  16S ribosomal RNA  87.09 
 
 
1535 bp  1211    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0163335  normal  0.34966 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0132  16S ribosomal RNA  87.09 
 
 
1535 bp  1211    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261242  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0140  16S ribosomal RNA  87.09 
 
 
1535 bp  1211    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00248839  normal  0.547637 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0007  16S ribosomal RNA  87.17 
 
 
1535 bp  1219    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0064778  normal  0.0127919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0020  16S ribosomal RNA  87.24 
 
 
1535 bp  1227    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000189863  hitchhiker  0.00241785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0026  16S ribosomal RNA  87.24 
 
 
1535 bp  1227    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0396739  normal  0.0702195 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0071  16S ribosomal RNA  87.24 
 
 
1535 bp  1227    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00107251  normal  0.159667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0123  16S ribosomal RNA  87.24 
 
 
1535 bp  1227    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00322133  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0141  16S ribosomal RNA  87.24 
 
 
1535 bp  1227    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00125257  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0144  16S ribosomal RNA  87.24 
 
 
1535 bp  1227    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816172  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0001  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 
1535 bp  1253    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000442431  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0004  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 
1535 bp  1253    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000248814  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0013  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 
1535 bp  1253    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000146432  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0027  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 
1535 bp  1253    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000222685  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0030  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 
1535 bp  1253    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000656968  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0061  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 
1535 bp  1253    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000486947  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0121  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 
1535 bp  1253    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000475957  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0128  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 
1535 bp  1253    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000157224  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0133  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 
1535 bp  1253    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000510938  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0069  16S ribosomal RNA  87.18 
 
 
1555 bp  1221    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00426901  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0120  16S ribosomal RNA  87.18 
 
 
1555 bp  1221    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0520691  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0143  16S ribosomal RNA  87.18 
 
 
1555 bp  1221    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.328707  normal  0.910288 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0001  16S ribosomal RNA  87.58 
 
 
1537 bp  1273    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00518638  normal  0.485409 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0004  16S ribosomal RNA  87.63 
 
 
1537 bp  1289    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000279849  hitchhiker  0.00471183 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0014  16S ribosomal RNA  87.56 
 
 
1537 bp  1281    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000324534  normal  0.0910098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0019  16S ribosomal RNA  87.63 
 
 
1537 bp  1289    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000962307  normal  0.557456 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0022  16S ribosomal RNA  87.63 
 
 
1537 bp  1289    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00001194  unclonable  0.0000109151 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0050  16S ribosomal RNA  87.63 
 
 
1537 bp  1289    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0125127  normal  0.898769 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0112  16S ribosomal RNA  87.63 
 
 
1537 bp  1289    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000370609  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0132  16S ribosomal RNA  87.56 
 
 
1537 bp  1281    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000703057  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0001  16S ribosomal RNA  87.07 
 
 
1537 bp  1219    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000407555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0004  16S ribosomal RNA  87.44 
 
 
1537 bp  1273    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000257645  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0008  16S ribosomal RNA  87.07 
 
 
1537 bp  1219    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000302643  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0022  16S ribosomal RNA  87.38 
 
 
1537 bp  1251    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000152089  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0073  16S ribosomal RNA  87.07 
 
 
1537 bp  1219    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000705466  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0117  16S ribosomal RNA  87.44 
 
 
1537 bp  1273    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000829511  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0121  16S ribosomal RNA  87.38 
 
 
1537 bp  1251    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000422881  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0129  16S ribosomal RNA  87.38 
 
 
1537 bp  1251    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000475348  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0138  16S ribosomal RNA  87.07 
 
 
1537 bp  1219    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000622632  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0142  16S ribosomal RNA  87.07 
 
 
1537 bp  1219    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000521528  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0001  16S ribosomal RNA  87.1 
 
 
1555 bp  1213    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00717512  normal  0.153342 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0009  16S ribosomal RNA  87.1 
 
 
1557 bp  1213    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000155519  normal  0.051604 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0085  16S ribosomal RNA  87.1 
 
 
1557 bp  1213    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000147539  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0104  16S ribosomal RNA  87.25 
 
 
1557 bp  1229    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00262578  normal  0.0215304 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0111  16S ribosomal RNA  87.1 
 
 
1557 bp  1213    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0483873  hitchhiker  0.00158714 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0118  16S ribosomal RNA  87.1 
 
 
1557 bp  1213    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00013046  hitchhiker  0.000312087 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0122  16S ribosomal RNA  87.1 
 
 
1557 bp  1213    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0113922  normal  0.0328677 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0125  16S ribosomal RNA  87.1 
 
 
1556 bp  1213    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000165481  normal  0.0694768 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0007  16S ribosomal RNA  87.2 
 
 
1545 bp  1453    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010889  decreased coverage  0.00540958 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0019  16S ribosomal RNA  87.2 
 
 
1545 bp  1453    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000981314  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0068  16S ribosomal RNA  87.2 
 
 
1545 bp  1453    Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000738133  normal  0.0138382 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0088  16S ribosomal RNA  87.2 
 
 
1545 bp  1453    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00544276  normal  0.065042 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0093  16S ribosomal RNA  87.2 
 
 
1545 bp  1453    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0247267  decreased coverage  0.00226048 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0104  16S ribosomal RNA  87.2 
 
 
1545 bp  1453    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000542682  decreased coverage  0.0046973 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0108  16S ribosomal RNA  87.27 
 
 
1545 bp  1461    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0133586  normal  0.0202407 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0001  16S ribosomal RNA  87.09 
 
 
1555 bp  1227    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000995354  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0005  16S ribosomal RNA  87.22 
 
 
1555 bp  1251    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000520718  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0009  16S ribosomal RNA  87.09 
 
 
1555 bp  1227    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000407076  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0021  16S ribosomal RNA  87.15 
 
 
1555 bp  1243    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267003  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0068  16S ribosomal RNA  87.38 
 
 
1555 bp  1267    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000082841  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0115  16S ribosomal RNA  87.09 
 
 
1555 bp  1227    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0123  16S ribosomal RNA  87.09 
 
 
1555 bp  1227    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0112353  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0130  16S ribosomal RNA  87.22 
 
 
1555 bp  1251    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0256321  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0241  16S ribosomal RNA  87.73 
 
 
1536 bp  1314    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000165146  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2076  16S ribosomal RNA  87.87 
 
 
1535 bp  1328    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000346352  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2332  16S ribosomal RNA  87.8 
 
 
1535 bp  1320    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0176289  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2338  16S ribosomal RNA  87.72 
 
 
1535 bp  1312    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000750964  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2460  16S ribosomal RNA  87.72 
 
 
1535 bp  1312    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000585775  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2540  16S ribosomal RNA  87.8 
 
 
1536 bp  1322    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000260054  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2706  16S ribosomal RNA  87.88 
 
 
1536 bp  1330    Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000399166  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2799  16S ribosomal RNA  87.73 
 
 
1536 bp  1314    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000312291  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0001  16S ribosomal RNA  87.22 
 
 
1537 bp  1235    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018503  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0006  16S ribosomal RNA  87.22 
 
 
1537 bp  1235    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000817728  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0015  16S ribosomal RNA  87.22 
 
 
1537 bp  1235    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00010598  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0019  16S ribosomal RNA  87.14 
 
 
1537 bp  1241    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000102694  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0027  16S ribosomal RNA  85.64 
 
 
1537 bp  1275    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000499346  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0033  16S ribosomal RNA  87.07 
 
 
1537 bp  1219    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.48131  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0082  16S ribosomal RNA  87.07 
 
 
1537 bp  1219    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000820075  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>