More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1411 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_R0067  23S ribosomal RNA  84.33 
 
 		 3132 bp  731    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.459802  decreased coverage  0.00789268 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0024  23S ribosomal RNA  85.12 
 
 		 3102 bp  890    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.105103  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0043  23S ribosomal RNA  85.12 
 
 		 3102 bp  890    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.595466  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0048  23S ribosomal RNA  85.12 
 
 		 3102 bp  890    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0066  23S ribosomal RNA  85.12 
 
 		 3102 bp  890    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0045  23S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 3088 bp  837    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000567155  hitchhiker  0.00126487 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0052  23S ribosomal RNA  85.6 
 
 		 3147 bp  833    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0020  23S ribosomal RNA  84.04 
 
 		 3039 bp  716    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.944496  normal  0.114862 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0012  23S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 3086 bp  866    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.296637  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0064  23S ribosomal RNA  85.22 
 
 		 3123 bp  803    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22210  23S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 3113 bp  918    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.790169  normal  0.277767 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25520  23S ribosomal RNA  85.6 
 
 		 3130 bp  850    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07390  23S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 3086 bp  775    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.170063  normal  0.154032 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0026  23S ribosomal RNA  86.61 
 
 		 3108 bp  900    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0909246  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0038  23S ribosomal RNA  85.76 
 
 		 3119 bp  837    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0315307  normal  0.0121247 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04510  23S ribosomal RNA  83.9 
 
 		 3074 bp  763    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.705654  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12350  23S ribosomal RNA  85.16 
 
 		 3086 bp  783    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.102229  normal  0.0554684 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21640  23S ribosomal RNA  83.9 
 
 		 3074 bp  763    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.211567  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13560  23S ribosomal RNA  83.9 
 
 		 3074 bp  763    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0214535  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0005  23S ribosomal RNA  84.24 
 
 		 3139 bp  731    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1411  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 3046 bp  6038    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0039  23S ribosomal RNA  84.54 
 
 		 3105 bp  728    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0522575  normal  0.211989 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0047  23S ribosomal RNA  84.54 
 
 		 3105 bp  728    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.137502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0016  23S ribosomal RNA  84.26 
 
 		 3109 bp  712    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.244086 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0051  23S ribosomal RNA  85.95 
 
 		 3125 bp  852    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00166158  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06920  23S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 3113 bp  918    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10560  23S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 3113 bp  918    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.491594  normal  0.443852 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0011  23S ribosomal RNA  84.92 
 
 		 3092 bp  779    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0031  23S ribosomal RNA  84.24 
 
 		 3139 bp  731    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.683425  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0043  23S ribosomal RNA  84.24 
 
 		 3139 bp  731    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0012  23S ribosomal RNA  86.16 
 
 		 3079 bp  852    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03870  23S ribosomal RNA  86.08 
 
 		 3093 bp  922    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.322045  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0035  23S ribosomal RNA  85.6 
 
 		 3147 bp  833    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14280  23S ribosomal RNA  86.08 
 
 		 3093 bp  922    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.0043021  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0040  23S ribosomal RNA  86.16 
 
 		 3078 bp  852    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0077  23S ribosomal RNA  84.83 
 
 		 3094 bp  749    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.366535  normal  0.0405336 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0049  23S ribosomal RNA  86.08 
 
 		 3121 bp  866    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.835565  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0023  23S ribosomal RNA  85.36 
 
 		 3146 bp  825    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.338933  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0040  23S ribosomal RNA  85.36 
 
 		 3163 bp  825    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.806858  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0052  23S ribosomal RNA  84.33 
 
 		 3132 bp  731    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0450843  decreased coverage  0.00133177 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0002  23S ribosomal RNA  92.02 
 
 		 2888 bp  1558    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0030  23S ribosomal RNA  84.82 
 
 		 3124 bp  769    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.249642 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0018  23S ribosomal RNA  84.9 
 
 		 3125 bp  783    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0028  23S ribosomal RNA  86.08 
 
 		 3122 bp  866    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0006  23S ribosomal RNA  86.08 
 
 		 3121 bp  866    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0313545  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0017  23S ribosomal RNA  85.22 
 
 		 3138 bp  803    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.421867  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0022  23S ribosomal RNA  85.22 
 
 		 3138 bp  803    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0030  23S ribosomal RNA  85.22 
 
 		 3138 bp  803    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.207274  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0063  23S ribosomal RNA  85.22 
 
 		 3138 bp  803    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0066  23S ribosomal RNA  85.22 
 
 		 3138 bp  803    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0069  23S ribosomal RNA  84.9 
 
 		 3125 bp  783    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0079  23S ribosomal RNA  85 
 
 		 3125 bp  781    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1406  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 3046 bp  6038    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000288708 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0019  23S ribosomal RNA  85.67 
 
 		 3120 bp  833    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.236447  normal  0.130623 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0011  23S ribosomal RNA  92.02 
 
 		 2888 bp  1558    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0035  23S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 3116 bp  765    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.192227 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0055  23S ribosomal RNA  84.9 
 
 		 3125 bp  783    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0180695  normal  0.232411 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0048  23S ribosomal RNA  85.93 
 
 		 3088 bp  844    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000200922  hitchhiker  0.000167099 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0035  23S ribosomal RNA  84.9 
 
 		 3125 bp  783    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14047  23S ribosomal RNA  85.43 
 
 		 3138 bp  823    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000193754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0033  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 3128 bp  759    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.17604  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0042  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 3128 bp  759    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0020  23S ribosomal RNA  85.36 
 
 		 3146 bp  825    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.975491  normal  0.205798 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0037  23S ribosomal RNA  85.36 
 
 		 3163 bp  825    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.12038  normal  0.0152335 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0026  23S ribosomal RNA  86 
 
 		 3154 bp  876    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0041  23S ribosomal RNA  86 
 
 		 3154 bp  876    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0929172  normal  0.0265153 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0016  23S ribosomal RNA  86.61 
 
 		 3108 bp  900    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0115492 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0059  23S ribosomal RNA  86.16 
 
 		 3078 bp  852    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0063  23S ribosomal RNA  86.16 
 
 		 3078 bp  852    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0034  23S ribosomal RNA  84.33 
 
 		 3132 bp  731    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0351192  normal  0.0184688 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05570  23S ribosomal RNA  85.6 
 
 		 3130 bp  850    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0023  23S ribosomal RNA  84.26 
 
 		 3109 bp  712    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102273 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0029  23S ribosomal RNA  84.26 
 
 		 3109 bp  712    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.655069  decreased coverage  0.000196644 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0030  23S ribosomal RNA  85.95 
 
 		 3125 bp  852    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00123294  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0043  23S ribosomal RNA  86.75 
 
 		 3131 bp  938    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425431  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0014  23S ribosomal RNA  85.95 
 
 		 3125 bp  852    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0030  23S ribosomal RNA  84.92 
 
 		 3093 bp  779    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233746  normal  0.0604345 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0020  23S ribosomal RNA  85.36 
 
 		 3147 bp  825    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.268646  normal  0.128175 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0037  23S ribosomal RNA  85.36 
 
 		 3140 bp  825    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0260428  decreased coverage  0.00255969 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0012  23S ribosomal RNA  84.04 
 
 		 3039 bp  716    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0471385  normal  0.17133 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0028  23S ribosomal RNA  86.31 
 
 		 3087 bp  882    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00806626  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0006  23S ribosomal RNA  89.16 
 
 		 3108 bp  642    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.244636  normal  0.640558 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0032  23S ribosomal RNA  89.16 
 
 		 3108 bp  642    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.042272  normal  0.364879 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0042  23S ribosomal RNA  89.16 
 
 		 3108 bp  642    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.448799  decreased coverage  0.00833876 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37130  23S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 3113 bp  918    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.756619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0062  23S ribosomal RNA  85.6 
 
 		 3147 bp  833    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0059  23S ribosomal RNA  85.6 
 
 		 3147 bp  833    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07450  23S ribosomal RNA  85.6 
 
 		 3130 bp  850    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.982491 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0056  23S ribosomal RNA  84.04 
 
 		 3039 bp  716    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.826455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0021  23S ribosomal RNA  85.22 
 
 		 3123 bp  803    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0016  23S ribosomal RNA  85.22 
 
 		 3124 bp  803    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0028  23S ribosomal RNA  85.22 
 
 		 3123 bp  803    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000019415 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0044  23S ribosomal RNA  89.46 
 
 		 3119 bp  642    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000156713 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0031  23S ribosomal RNA  89.46 
 
 		 3119 bp  642    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61901  decreased coverage  0.0000132248 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0006  23S ribosomal RNA  89.46 
 
 		 3119 bp  642    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.13304  normal  0.0554387 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0028  23S ribosomal RNA  86.75 
 
 		 3131 bp  938    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.286035  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0008  23S ribosomal RNA  92.02 
 
 		 2888 bp  1558    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0005  23S ribosomal RNA  92.02 
 
 		 2888 bp  1558    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0003  23S ribosomal RNA  84.92 
 
 		 3092 bp  779    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.100457  hitchhiker  0.0000160445 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0061  23S ribosomal RNA  85.22 
 
 		 3123 bp  803    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>