57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1392 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1392  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0003  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.401979  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0005  tRNA-Asn  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.657067  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0004  tRNA-Asn  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.392598  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0053  tRNA-Asn  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0042  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0025  tRNA-Asn  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000914395 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0026  tRNA-Asn  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117837  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0027  tRNA-Asn  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0793414  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14020  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0049  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000556498  normal  0.485056 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0029  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA44  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366326  normal  0.398045 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0038  tRNA-Asn  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0045  tRNA-Asn  92 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000031214  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0052  tRNA-Asn  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.292372  normal  0.128808 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0653  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0558  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2173  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.206805  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0048  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0033  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0025  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.305446  normal  0.230319 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0002  tRNA-Ile  90.57 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.683512  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0034    94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.025116  hitchhiker  0.0090759 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0009  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.000488659  normal  0.0708326 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0055  tRNA-Phe  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.527907 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34030  tRNA-Phe  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.76483  normal  0.54682 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0007  tRNA-Phe  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00110139 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0008  tRNA-Phe  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06160  tRNA-Phe  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.599114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25110  tRNA-Phe  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0075  tRNA-Phe  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.532419 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0021  tRNA-OTHER  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0370611 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0050  tRNA-Phe  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.849322 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0031  tRNA-Asn  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.167609  hitchhiker  0.00292997 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna118  tRNA-Asn  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000544354  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0033  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000143067  hitchhiker  0.0000025916 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14025  tRNA-Asn  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0003  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.173284  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0027  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.742909  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0052  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0005  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.404272  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0026  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000338371  normal  0.10818 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAsnVIMSS1309287  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.781392 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAsnVIMSS1309105  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.512806  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAsnVIMSS1309178  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAsnVIMSS1309137  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.898434  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0037  tRNA-Asn  89.74 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06350  tRNA-Asn  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0014  tRNA-Asn  88 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.355539  normal  0.911295 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0060  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0044  tRNA-His  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000143676 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0043  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000011951  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0020  tRNA-Asn  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0246205 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0023  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.27509 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02962  tRNA-Asn  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0041  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000311146  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>