86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1357 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1357  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0037  tRNA-Glu  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0016  tRNA-Glu  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.671374  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0015  tRNA-Glu  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.879975  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0052  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.822673  hitchhiker  0.00818343 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0051  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.63793  hitchhiker  0.00823145 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11080  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18600  tRNA-Glu  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.204503  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18590  tRNA-Glu  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.2903  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0014  tRNA-Glu  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.206321  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0035  tRNA-Glu  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.461495  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0013  tRNA-Glu  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0017  tRNA-Glu  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0013  tRNA-Glu  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.363597 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0047  tRNA-Glu  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.792355  normal  0.693567 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0036  tRNA-Glu  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.661246  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0046  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.404692  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0045  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.427459  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0008  tRNA-Glu  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0006  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.439898 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0052  tRNA-Glu  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.699751  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0060  tRNA-Glu  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.222014  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14035  tRNA-Glu  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00157329  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0007  tRNA-Glu  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0040  tRNA-Glu  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000066395 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0021  tRNA-Glu  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.349986  normal  0.498552 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0019  tRNA-Glu  85.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34010  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.284833  normal  0.536737 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0023  tRNA-Glu  85.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0770759  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0023  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.707978  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0012  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.12218 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0084  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0070  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.251867  normal  0.130321 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0030  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.437879  normal  0.359781 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0022  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0023  tRNA-Glu  85.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.294422  unclonable  0.0000000304821 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0022  tRNA-Glu  85.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.572486  hitchhiker  0.00000059439 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0002  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12539  normal  0.0346433 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0044  tRNA-Glu  85.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0094  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115481  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0004  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0023  tRNA-Glu  85.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0018  tRNA-Glu  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0024  tRNA-Glu  85.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.229893  normal  0.201113 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0048  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.185598  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0067  tRNA-Glu  90.48 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000153878  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0064  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0055  tRNA-Glu  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0009  tRNA-Glu  90.48 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.250307  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0006  tRNA-Glu  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.766786  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0059  tRNA-Glu  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.872199  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0050  tRNA-Glu  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.499869  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0045  tRNA-Glu  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0046  tRNA-Glu  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0048  tRNA-Glu  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.849322 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0050  tRNA-Glu  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190647  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0067  tRNA-Glu  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0066  tRNA-Glu  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.659746  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0053  tRNA-Glu  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.526279 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0029  tRNA-Glu  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  hitchhiker  0.000705455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0030  tRNA-Glu  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0242042  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0032  tRNA-Glu  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00151707  hitchhiker  0.000680514 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0005  tRNA-Glu  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00334016 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0024  tRNA-Glu  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.574829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0066  tRNA-Glu  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000193579  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0053  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0034  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09040  tRNA-Glu  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.431816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0034  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0045  tRNA-Glu  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0700385  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0022  tRNA-Glu  84.29 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.150409  hitchhiker  0.00052092 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0060  tRNA-Glu  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1796  tRNA-Glu  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0041  tRNA-Glu  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000102386  normal  0.397694 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0058  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000216318  unclonable  0.00000608893 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37130  tRNA-Glu  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.179999  normal  0.0419324 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0045  tRNA-Glu  83.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.942532  normal  0.960719 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0046  tRNA-Glu  83.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.960937  normal  0.776399 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t34  tRNA-Glu  90.48 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0907157  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0052  tRNA-Glu  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.662201 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0065  tRNA-Glu  83.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0043  tRNA-Glu  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000194529  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0017  tRNA-Glu  90.48 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0061  tRNA-Glu  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1600  tRNA-Glu  90.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>