278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1333 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1333  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 
322 aa  678    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.782684 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0349  2-dehydropantoate 2-reductase  56.73 
 
 
321 aa  388  1e-107  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0126  2-dehydropantoate 2-reductase  55.95 
 
 
318 aa  379  1e-104  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00267865  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1867  2-dehydropantoate 2-reductase  54.66 
 
 
318 aa  366  1e-100  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0258  ketopantoate reductase  52.56 
 
 
331 aa  341  1e-92  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.466283  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2839  2-dehydropantoate 2-reductase  34.71 
 
 
305 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.748115 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2735  2-dehydropantoate 2-reductase  34.71 
 
 
305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2776  2-dehydropantoate 2-reductase  34.71 
 
 
305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2951  2-dehydropantoate 2-reductase  34.71 
 
 
305 aa  182  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2816  2-dehydropantoate 2-reductase  34.08 
 
 
305 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0771  2-dehydropantoate 2-reductase  31.09 
 
 
309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.794348  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  30.77 
 
 
309 aa  142  7e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000509369  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1477  ketopantoate reductase  29.39 
 
 
337 aa  142  7e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1445  2-dehydropantoate 2-reductase  28.84 
 
 
312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.219462  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0105  2-dehydropantoate 2-reductase  27.36 
 
 
307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000116334  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1285  2-dehydropantoate 2-reductase  27.97 
 
 
311 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1351  2-dehydropantoate 2-reductase  29.26 
 
 
307 aa  122  6e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2022  2-dehydropantoate 2-reductase  29.11 
 
 
310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.29792  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0716  2-dehydropantoate 2-reductase  29.83 
 
 
310 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  29.07 
 
 
314 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2470  2-dehydropantoate 2-reductase  29.17 
 
 
311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2518  2-dehydropantoate 2-reductase  29.17 
 
 
311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.254196  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1997  2-dehydropantoate 2-reductase  28.21 
 
 
315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.515886 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0375  hypothetical protein  27.88 
 
 
302 aa  104  3e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1104  2-dehydropantoate 2-reductase  27.55 
 
 
307 aa  103  5e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1855  2-dehydropantoate 2-reductase  29.24 
 
 
316 aa  102  6e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0707  2-dehydropantoate 2-reductase  29.29 
 
 
310 aa  100  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102156  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5912  2-dehydropantoate 2-reductase  28 
 
 
314 aa  99.8  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.579455  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2605  2-dehydropantoate 2-reductase  27.76 
 
 
314 aa  99.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2500  2-dehydropantoate 2-reductase  27.72 
 
 
314 aa  96.3  6e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.637616 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  25.62 
 
 
315 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  25.75 
 
 
316 aa  92.8  8e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  26.25 
 
 
315 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0889  2-dehydropantoate 2-reductase  28.23 
 
 
318 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.298016  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0095  2-dehydropantoate 2-reductase  28.23 
 
 
318 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0453394  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1893  2-dehydropantoate 2-reductase  29.25 
 
 
310 aa  90.9  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00746651  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2482  2-dehydropantoate 2-reductase  28.23 
 
 
318 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.386001  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0348  2-dehydropantoate 2-reductase  28.23 
 
 
313 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2629  2-dehydropantoate 2-reductase  28.62 
 
 
314 aa  90.9  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1051  2-dehydropantoate 2-reductase  28.42 
 
 
310 aa  90.5  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1970  2-dehydropantoate 2-reductase  27.76 
 
 
314 aa  90.5  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.181266  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0892  2-dehydropantoate 2-reductase  27.89 
 
 
318 aa  90.1  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1546  2-dehydropantoate 2-reductase  24.65 
 
 
312 aa  90.5  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2581  2-dehydropantoate 2-reductase  27.76 
 
 
314 aa  90.5  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.331281  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0647  2-dehydropantoate 2-reductase  27.89 
 
 
318 aa  89.4  7e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00836625  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  25.08 
 
 
316 aa  89.4  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6020  2-dehydropantoate 2-reductase  26.64 
 
 
316 aa  89.4  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.217101  normal  0.377898 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  23.68 
 
 
313 aa  87.4  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  25.6 
 
 
323 aa  86.3  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1323  2-dehydropantoate 2-reductase  25.87 
 
 
316 aa  85.9  8e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.684769  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  26.91 
 
 
312 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  25.34 
 
 
316 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  25.34 
 
 
316 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  24.54 
 
 
309 aa  82.4  0.000000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  24.44 
 
 
298 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  24.06 
 
 
335 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0377  2-dehydropantoate 2-reductase  22.88 
 
 
316 aa  80.5  0.00000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  25.24 
 
 
332 aa  80.1  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0791  2-dehydropantoate 2-reductase  24.23 
 
 
303 aa  80.1  0.00000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0050  2-dehydropantoate 2-reductase  23.72 
 
 
335 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1979  2-dehydropantoate 2-reductase  28.07 
 
 
313 aa  79.7  0.00000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0057409  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  24.48 
 
 
325 aa  78.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1698  2-dehydropantoate 2-reductase  23.47 
 
 
306 aa  78.2  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.656315  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  24.41 
 
 
345 aa  77.4  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2099  2-dehydropantoate 2-reductase  23.96 
 
 
335 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531117  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1713  2-dehydropantoate 2-reductase  22.64 
 
 
306 aa  77  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  23.47 
 
 
299 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2226  2-dehydropantoate 2-reductase  23.29 
 
 
336 aa  76.3  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1115  2-dehydropantoate 2-reductase  24.14 
 
 
309 aa  75.9  0.0000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.275273  normal  0.917906 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2981  2-dehydropantoate 2-reductase  26.39 
 
 
319 aa  75.9  0.0000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.3758  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  21.29 
 
 
295 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2865  2-dehydropantoate 2-reductase  21.64 
 
 
311 aa  75.5  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  23.64 
 
 
335 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  23.64 
 
 
335 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  25.16 
 
 
332 aa  75.1  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2683  2-dehydropantoate 2-reductase  23.66 
 
 
302 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1677  2-dehydropantoate 2-reductase  26.74 
 
 
319 aa  74.3  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  22.9 
 
 
301 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  23.71 
 
 
341 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2382  2-dehydropantoate 2-reductase  25.96 
 
 
314 aa  73.2  0.000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  23.47 
 
 
300 aa  73.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1519  2-dehydropantoate 2-reductase  21.97 
 
 
309 aa  73.2  0.000000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.982841  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4479  2-dehydropantoate 2-reductase  24.21 
 
 
337 aa  73.2  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6401  2-dehydropantoate 2-reductase  25.26 
 
 
316 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.246941 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0328  2-dehydropantoate 2-reductase  23.81 
 
 
315 aa  72  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0244641  normal  0.0158618 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4530  2-dehydropantoate 2-reductase  22.61 
 
 
355 aa  72  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.247613 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  22.22 
 
 
301 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0858  2-dehydropantoate 2-reductase  25.17 
 
 
311 aa  70.9  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00149615  normal  0.0154258 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2408  2-dehydropantoate 2-reductase  26.26 
 
 
306 aa  70.9  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0790989 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4116  2-dehydropantoate 2-reductase  24.32 
 
 
308 aa  70.5  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.605632 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  23.51 
 
 
317 aa  70.5  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4655  2-dehydropantoate 2-reductase  22.47 
 
 
306 aa  70.5  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2967  2-dehydropantoate 2-reductase  24.04 
 
 
311 aa  70.5  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.53344  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1881  2-dehydropantoate 2-reductase  25.4 
 
 
306 aa  70.1  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  22.55 
 
 
301 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1786  2-dehydropantoate 2-reductase  32.52 
 
 
278 aa  69.3  0.00000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.43842 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  23.1 
 
 
329 aa  69.3  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1688  2-dehydropantoate 2-reductase  22.22 
 
 
351 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.754321  normal  0.201139 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  22.68 
 
 
313 aa  68.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1216  2-dehydropantoate 2-reductase  21.73 
 
 
325 aa  68.6  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192364  normal  0.954067 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>