More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1307 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1307  phosphoglycerate mutase family protein  100 
 
 
236 aa  491  9.999999999999999e-139  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1504  broad specificity phosphatase  60 
 
 
237 aa  271  8.000000000000001e-72  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0155  Phosphoglycerate mutase  42.27 
 
 
212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2516  phosphoglycerate mutase  40.55 
 
 
193 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0328326  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1016  Phosphoglycerate mutase  39.19 
 
 
215 aa  136  3.0000000000000003e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0419238 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1372  Phosphoglycerate mutase  40.91 
 
 
193 aa  135  4e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3132  Phosphoglycerate mutase  40.27 
 
 
195 aa  135  4e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0140691  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0598  phosphoglycerate mutase  41.1 
 
 
194 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1570  Phosphoglycerate mutase  40.78 
 
 
198 aa  133  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.638728 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7078  phosphoglycerate mutase  40 
 
 
223 aa  132  6e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4156  phosphoglycerate mutase  40.83 
 
 
194 aa  125  5e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2260  phosphoglycerate mutase  36.7 
 
 
200 aa  122  7e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0173578  normal  0.0323998 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1028  Phosphoglycerate mutase  38.18 
 
 
200 aa  122  7e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.15665  normal  0.688481 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3923  Phosphoglycerate mutase  41.28 
 
 
194 aa  121  9e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5172  Phosphoglycerate mutase  36.7 
 
 
191 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.23568  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2379  phosphoglycerate mutase  37.22 
 
 
203 aa  118  9e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.60758  hitchhiker  0.00228115 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6284  Phosphoglycerate mutase  36.54 
 
 
202 aa  114  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.109151  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09371  putative phosphoglycerate mutase family protein  35.02 
 
 
196 aa  114  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.161361 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4718  Phosphoglycerate mutase  35.48 
 
 
198 aa  112  7.000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0743  putative phosphoglycerate mutase family protein  34.86 
 
 
210 aa  110  1.0000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.84347  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1416  Phosphoglycerate mutase  34.72 
 
 
200 aa  108  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.818067  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1388  acid phosphatase  37.36 
 
 
203 aa  107  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1406  acid phosphatase  37.36 
 
 
203 aa  107  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.537444  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1422  acid phosphatase  36.81 
 
 
203 aa  106  3e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.592625  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1113  Phosphoglycerate mutase  37.02 
 
 
206 aa  105  5e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.28293  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2994  phosphoglycerate mutase  34.25 
 
 
189 aa  105  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.386627  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14910  fructose-2,6-bisphosphatase  36.24 
 
 
240 aa  104  9e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.023343  normal  0.355644 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0586  Phosphoglycerate mutase  34.84 
 
 
193 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.427529  normal  0.250428 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30660  fructose-2,6-bisphosphatase  33.18 
 
 
195 aa  103  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.243141  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1462  phosphoglycerate mutase  35.02 
 
 
190 aa  103  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0541  Phosphoglycerate mutase  35.91 
 
 
193 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0350967  normal  0.247092 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2126  phosphoglycerate mutase  37.27 
 
 
193 aa  103  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.557455 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13240  acid phosphatase  32.69 
 
 
228 aa  100  3e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.550625 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1788  acid phosphatase  37.16 
 
 
203 aa  99.4  5e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.498768  normal  0.567504 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4679  acid phosphatase  37.16 
 
 
227 aa  98.6  7e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.468834  normal  0.128486 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1642  Phosphoglycerate mutase  33.49 
 
 
206 aa  95.1  9e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0394  phosphoglycerate mutase 1 family protein  34.21 
 
 
246 aa  89.7  3e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1779  phosphoglyceromutase  33.68 
 
 
246 aa  87.8  1e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2609  Phosphoglycerate mutase  36.97 
 
 
178 aa  87.8  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.120451 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89865  phosphoglycerate mutase  30.21 
 
 
244 aa  87.4  2e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.889408  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0155  phosphoglycerate mutase family protein  31.48 
 
 
201 aa  85.9  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0334  Phosphoglycerate mutase  31.48 
 
 
201 aa  85.9  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.382121 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08720  phosphoglycerate mutase family protein (AFU_orthologue; AFUA_6G02600)  30.99 
 
 
239 aa  82.8  0.000000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5629  phosphoglycerate mutase  30.62 
 
 
238 aa  82.8  0.000000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0516888  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF00810  conserved hypothetical protein  31.68 
 
 
234 aa  82  0.000000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0146  phosphoglyceromutase  32.51 
 
 
228 aa  79.3  0.00000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000652043  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2111  phosphoglycerate mutase 1 family  31.94 
 
 
248 aa  79  0.00000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.326311  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0444  phosphoglyceromutase  34.76 
 
 
208 aa  78.6  0.00000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.114535  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03720  phosphoglycerate mutase  32.66 
 
 
252 aa  77.8  0.0000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00729363  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1059  phosphoglycerate mutase 1 family  29.7 
 
 
229 aa  77.8  0.0000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3765  phosphoglycerate mutase  27.69 
 
 
240 aa  77  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0167  phosphoglyceromutase  31.58 
 
 
230 aa  77  0.0000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000351468  hitchhiker  1.89085e-19 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5074  bifunctional RNase H/acid phosphatase  32.41 
 
 
378 aa  76.6  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0171562  normal  0.0167384 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4103  phosphoglycerate mutase 1 family  29.19 
 
 
247 aa  76.3  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0667  phosphoglyceromutase  29.95 
 
 
251 aa  75.1  0.0000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000997316  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1152  phosphoglycerate mutase 1 family  29.36 
 
 
201 aa  75.1  0.0000000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2067  phosphoglyceromutase  33.16 
 
 
208 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.91358  hitchhiker  0.00883059 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0886  phosphoglycerate mutase  28.92 
 
 
293 aa  74.3  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.344747 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03670  phosphoglycerate mutase  30.39 
 
 
251 aa  74.7  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.906966  normal  0.209214 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02670  phosphoglycerate mutase  30.88 
 
 
249 aa  74.3  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2313  phosphoglyceromutase  30.41 
 
 
245 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.479703  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2509  phosphoglyceromutase  30.41 
 
 
245 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.805366 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3133  Phosphoglycerate mutase  35.11 
 
 
200 aa  73.9  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2488  phosphoglyceromutase  30.41 
 
 
245 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.415568  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0654  phosphoglycerate mutase 1 family  33.16 
 
 
246 aa  73.6  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.247226  hitchhiker  0.0000836883 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4338  phosphoglycerate mutase 1 family  30.7 
 
 
248 aa  73.6  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.88322 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05411  putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase  29.86 
 
 
442 aa  73.2  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1079  phosphoglycerate mutase  29.77 
 
 
214 aa  72.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119918  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05711  putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase  27.78 
 
 
442 aa  72.4  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0927  phosphoglycerate mutase 1 family protein  29.53 
 
 
250 aa  72  0.000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.224068  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0960  phosphoglycerate mutase  29.77 
 
 
214 aa  71.6  0.000000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000442989  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0958  Bisphosphoglycerate mutase  31.84 
 
 
247 aa  71.6  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.934907  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3502  Phosphoglycerate mutase  32.45 
 
 
200 aa  70.5  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0496  phosphoglycerate mutase 1 family  30.88 
 
 
247 aa  70.5  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.455865  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3570  phosphoglyceromutase  31.02 
 
 
210 aa  70.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1438  bifunctional RNase H/acid phosphatase  30.73 
 
 
378 aa  70.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.246631  normal  0.0428381 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1877  phosphoglycerate mutase  31.07 
 
 
237 aa  70.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1697  phosphoglyceromutase  28.93 
 
 
247 aa  70.1  0.00000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1246  phosphoglyceromutase  31.44 
 
 
250 aa  70.1  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0432438  normal  0.418524 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2250  phosphoglycerate mutase  28.35 
 
 
213 aa  70.1  0.00000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0293006  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3505  phosphoglyceromutase  29.21 
 
 
247 aa  70.1  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.991193  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2234  phosphoglyceromutase  28.42 
 
 
245 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2583  phosphoglyceromutase  27.89 
 
 
245 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000223662  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0651  phosphoglycerate mutase 1 family  31.53 
 
 
248 aa  69.7  0.00000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0707  phosphoglycerate mutase  29.1 
 
 
209 aa  69.7  0.00000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1164  phosphoglyceromutase  29.32 
 
 
250 aa  69.7  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3372  phosphoglyceromutase  32.45 
 
 
211 aa  69.3  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0601  phosphoglycerate mutase 1 family  28.85 
 
 
229 aa  69.3  0.00000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2498  phosphoglycerate mutase  30.35 
 
 
243 aa  69.3  0.00000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.956409  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0287  phosphoglyceromutase  28.35 
 
 
248 aa  68.9  0.00000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1329  phosphoglyceromutase  32.14 
 
 
206 aa  68.9  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2520  phosphoglyceromutase  27.89 
 
 
245 aa  68.9  0.00000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000915293  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1653  phosphoglyceromutase  30.46 
 
 
229 aa  68.9  0.00000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2895  phosphoglyceromutase  29.32 
 
 
250 aa  68.9  0.00000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.148167  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3274  Phosphoglycerate mutase  29.41 
 
 
370 aa  68.6  0.00000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000275954  hitchhiker  0.000874495 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0332  phosphoglycerate mutase 1  30.35 
 
 
229 aa  68.6  0.00000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000043605 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3858  phosphoglyceromutase  27.94 
 
 
247 aa  68.6  0.00000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.744697  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3591  phosphoglyceromutase  31.02 
 
 
206 aa  68.6  0.00000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.863261  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4520  phosphoglycerate mutase 1 family protein  32.82 
 
 
244 aa  68.6  0.00000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.963439  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0764  phosphoglyceromutase  28.14 
 
 
230 aa  67.8  0.0000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00177418  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>